计算化学公社

标题: 求助：xtb跑动力学时跑出的结构数量远超预期 [打印本页]

作者
Author: 2907327767 时间: 2023-6-21 11:54
标题: 求助：xtb跑动力学时跑出的结构数量远超预期
各位老师好，我参照sob老师使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)帖子中想对一个分子用xtb跑动力学然后筛选构象，帖子中sob老师设置time=100ps，dump=50fs，step=1fs，所以最后有100000/50=2000帧。
我之后自己设置md.in文件如下
  temp=500       # in K, thermostat temperature
time=10.0       # in ps, total run time of simulation
dump=50.0       # in fs, interval for trajectory printout
step=1.0       # in fs, time step for propagation
velo=false    # also write out velocities
nvt=true       # perform simulation in NVT ensemble
hmass=1       # do not change mass of hydrogens (default:4 times)
shake=1       # use SHAKE algorithm to constrain bonds 0 = off, 1 = X-H only, 2 = all bonds
sccacc=2.0    # accuracy of xTB calculation in dynamics
restart=false # read velocities from "mdrestart"
按理说只有10000/50=200帧，但是最终输出了1042帧，我的调用指令如下：
xtb --input md.in --omd --chrg 0 --uhf 0 --gfn 0 xtbopt.xyz
请各位老师看看是哪里有问题，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-21 13:51
看xtb显示的信息判断
如果是windows版，用linux

作者
Author: 2907327767 时间: 2023-6-21 15:08

sobereva 发表于 2023-6-21 13:51
看xtb显示的信息判断
如果是windows版，用linux

感谢老师回复，我用的是linux版本的xtb，附件是xtb的输出信息，请老师帮忙看看是哪里有问题 (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-21 15:31

2907327767 发表于 2023-6-21 15:08
感谢老师回复，我用的是linux版本的xtb，附件是xtb的输出信息，请老师帮忙看看是哪里有问题

MD time /ps : 50.00
dt /fs : 4.00
这和你描述的都不一样

作者
Author: 2907327767 时间: 2023-6-21 16:15

sobereva 发表于 2023-6-21 15:31
MD time /ps : 50.00
dt /fs : 4.00
这和你描述的都不一样

经过老师提醒我重新检查了各种输入文件，发现是我自己粗心，脚本在生成md.in时没有生成$md和$end，导致没法读到目前的md.in文件，改了以后就解决了

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