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标题: 关于pdb文件里面的expression tag [打印本页]

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2014-12-2 10:29
标题: 关于pdb文件里面的expression tag
本帖最后由舍命为江山于 2014-12-2 10:41 编辑

是这样的
我弄的蛋白质长度应该是23-260残基
但是pdb是从14-260残基
一开始没有注意这个问题
后来注意到14-22在pdb文件里是形如这样的：
LEU A 14 UNP P32568 EXPRESSION TAG
应该是属于实验上的一种表达载体，不是蛋白本身的
可是建立拓扑文件的时候都把这些弄进去了，现在都跑了好久了
唉，难道要重新弄吗。。。。悲剧啊

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-2 12:53
看看实际模拟的结构里面到底有没有出现这段的结构。如果被leap自动空过去了，没表现在实际模拟中，那就没事。

作者
Author: 舍命为江山 时间: 2014-12-2 13:23
谢谢sob
存在与实际模拟的结构里面，看样子是要手动去掉重新弄了，唉

作者
Author: wangxinyu 时间: 2014-12-5 09:27
楼主不要慌张的改，
模拟总是要和实验结果比较的，我们之前提蛋白也用标签，一般也不切下来，但电泳显示带/不带标签的都有，
既然是标签，大家一般也都认为对蛋白质功能没有影响。
所以，带标签的模拟可能更符合实际，虽然你研究的蛋白本身没有那段序列。
楼主不妨试着比较一下，带/ 不带标签模拟结果有何不同？
如果不涉及保密的话，将来能否把结果放上来？或者等文章发表后放上来。
很好奇。

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