计算化学公社

标题: MM/GBSA结果，deltaG中，EEL为正值，EGB为负值，大概原因有哪些？ [打印本页]

作者
Author: 逍遥的猫科动物 时间: 2016-7-29 17:40
标题: MM/GBSA结果，deltaG中，EEL为正值，EGB为负值，大概原因有哪些？
如题
小分子比较大，加上氢原子有50多个原子。配体先高斯优化，然后算了resp电荷。电荷检查了下也正常。

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-7-29 22:56
本帖最后由 fhh2626 于 2016-7-29 22:59 编辑

dG=dE(MM)+dE(GB)+dE(SA)-TdS，其中每一项都有可能是正值，也都有可能是负值，你说的E(el)是那一项？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-29 23:01
最好把MMGBSA完整输出贴出来

作者
Author: 逍遥的猫科动物 时间: 2016-7-30 09:47
本帖最后由逍遥的猫科动物于 2016-7-30 10:37 编辑

@sobereva @fhh2626
| Run on Thu Jul 28 21:30:09 2016
|
|Input file:
|--------------------------------------------------------------
|input file for running PB and GB in serial
|&general
| endframe=1, verbose=1,keep_files=1,
|/
|&gb
|  igb=2, saltcon=0.00,
|/
|--------------------------------------------------------------
|MMPBSA.py Version=14.0
|Solvated complex topology file:  ../prolig-water-box.prmtop
|Complex topology file:          ../com.prmtop
|Receptor topology file:       ../receptor.prmtop
|Ligand topology file:          ../ligand.prmtop
|Initial mdcrd(s):             min-hold-pro-lig.rst
|
|Receptor mask:                ":1-265"
|Ligand mask:                   ":266"
|Ligand residue name is "DWZ"
|
|Calculations performed using 1 complex frames.
|
|Generalized Born ESURF calculated using 'LCPO' surface areas
|
|All units are reported in kcal/mole.
-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

GENERALIZED BORN:

Complex:
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                -2201.0960             0.0000             0.0000
EEL                   -18085.2819             0.0000             0.0000
EGB                   -3245.3827             0.0000             0.0000
ESURF                      74.0223             0.0000             0.0000

G gas                -20286.3779             0.0000             0.0000
G solv                -3171.3604             0.0000             0.0000

TOTAL                -23457.7383             0.0000             0.0000

Receptor:
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                -2183.8563             0.0000             0.0000
EEL                   -18111.4037             0.0000             0.0000
EGB                   -3138.3135             0.0000             0.0000
ESURF                      75.4363             0.0000             0.0000

G gas                -20295.2600             0.0000             0.0000
G solv                -3062.8772             0.0000             0.0000

TOTAL                -23358.1372             0.0000             0.0000

Ligand:
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                   7.4399             0.0000             0.0000
EEL                      26.0293             0.0000             0.0000
EGB                      -96.4098             0.0000             0.0000
ESURF                      3.8536             0.0000             0.0000

G gas                      33.4692             0.0000             0.0000
G solv                   -92.5562             0.0000             0.0000

TOTAL                   -59.0870             0.0000             0.0000

Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
VDWAALS                   -24.6796             0.0000             0.0000
EEL                         0.0925             0.0000             0.0000
EGB                      -10.6594             0.0000             0.0000
ESURF                      -5.2676             0.0000             0.0000

DELTA G gas             -24.5871             0.0000             0.0000
DELTA G solv             -15.9270             0.0000             0.0000

DELTA TOTAL             -40.5141             0.0000             0.0000

-------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------

作者
Author: 逍遥的猫科动物 时间: 2016-7-30 09:53
我先自己找了下原因，我的小分子总的带电量是-1，当我把总电荷调成0的时候，EEL就为负，EGB就为正了。在google上搜到类似的问题是蛋白质与DNA相互作用的，那人解释的大概意思是蛋白质带负电荷，DNA也是，形成复合物比较勉强，在水的参与下缓解了这种作用。不知道这种解释对不对。
网址：http://archive.ambermd.org/201504/0526.html

作者
Author: 逍遥的猫科动物 时间: 2016-7-30 10:46
本帖最后由逍遥的猫科动物于 2016-7-30 10:49 编辑

再补充一点，总电荷为-1 或0 时，两次MM/GBSA算下来，DELTA TOTAL变化不大，EEL与EGB的和变化也不大：
小分子总电荷为-1时：
EEL                   0.0925
EGB                -10.6594
DELTA TOTAL    -40.5141
小分子总电荷为0时：
EEL                      -105.4233
EGB                         95.354
DELTA TOTAL    -39.9157

http://ambermd.org/tutorials/adv ... script/section1.htm里对EEL和EGB的解释
EEL = electrostatic energy as calculated by the MM force field.
      EPB/EGB = the electrostatic contribution to the solvation free energy       calculated by PB or GB respectively.

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-30 14:41

逍遥的猫科动物发表于 2016-7-30 10:46
再补充一点，总电荷为-1 或0 时，两次MM/GBSA算下来，DELTA TOTAL变化不大，EEL与EGB的和变化也不大：
小 ...

倒也合理。
一般都是EEL变化为负，体现小分子与蛋白在气相下静电作用起到吸引作用，但如果两个都带负的净电荷，EEL接近0或为正，起到一定程度的静电互斥作用，是正常的。
溶剂可以缓和静电相互作用，中性分子溶剂化能小，而带电体系溶剂化能大。总效果导致delta total受净电荷影响不大。

作者
Author: 逍遥的猫科动物 时间: 2016-7-30 17:39

sobereva 发表于 2016-7-30 14:41
倒也合理。
一般都是EEL变化为负，体现小分子与蛋白在气相下静电作用起到吸引作用，但如果两个都带负的 ...

MM/GBSA里面关于静电相互作用的算法难道不应该和一般对接软件（如DOCK）里的算法一样吗？我用DOCK算了两次，发现Grid_es变化不大。我理解有误？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-30 23:45

逍遥的猫科动物发表于 2016-7-30 17:39
MM/GBSA里面关于静电相互作用的算法难道不应该和一般对接软件（如DOCK）里的算法一样吗？我用DOCK算了两 ...

amber的静电相互作用就是常规按照原子电荷根据库仑公式计算的，一般MD程序在这点没区别。和对接程序我没比较过。

作者
Author: caohuiming 时间: 2016-12-8 00:22

sobereva 发表于 2016-7-30 14:41
倒也合理。
一般都是EEL变化为负，体现小分子与蛋白在气相下静电作用起到吸引作用，但如果两个都带负的 ...

中性分子溶剂化能小，而带电体系溶剂化能大。这句话是否能够理解为：带-1电荷的分子（如磺酸或者羧酸分子）更易溶于水，其EGB比起中性分子（例如某些疏水性分子）为更负的值，因此表现为更有利的溶剂化能的贡献。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-8 14:17

caohuiming 发表于 2016-12-8 00:22
中性分子溶剂化能小，而带电体系溶剂化能大。这句话是否能够理解为：带-1电荷的分子（如磺酸或者羧酸分子 ...

是

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)