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标题: gromacs grompp 时出现这样的错误怎么办 [打印本页]

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-22 16:18
标题: gromacs grompp 时出现这样的错误怎么办
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Program:    gmx grompp, version 2021.4-Ubuntu-2021.4-2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/topio.cpp (line 556)

Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 4
Last line read:
'[ defaults ]'
Invalid order for directive defaults

在模拟蛋白质配体复合物，配体的itp是在ATB上下载的，同时也下载了对应的力场文件gromos54a7_atb.ff。
后面总的top文件我是这样添加的
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "JZ4.itp"
; Include water topology
#include "gromos43a1.ff/spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-23 01:22
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif
放#include "JZ4.itp"后头去

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-23 23:42

sobereva 发表于 2023-6-23 01:22
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

老师您好，我已经改了，还是提示一样的错误怎么办

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-24 01:32
老生常谈的周经问题

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-24 11:36

sobereva 发表于 2023-6-24 01:32
老生常谈的周经问题

不好意思老师，我是新手入门，我改了一下，出现了这样的问题
Fatal error:
Syntax error - File forcefield.itp, line 6
Last line read:
' 1

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-24 18:55

zwy123 发表于 2023-6-24 11:36
不好意思老师，我是新手入门，我改了一下，出现了这样的问题
Fatal error:
Syntax error - File forcef ...

我知道解决方法了，我引用了两个力场，把其中一个注释掉就可以了

作者
Author: ppisoncomputer 时间: 2024-6-16 21:05

zwy123 发表于 2023-6-24 18:55
我知道解决方法了，我引用了两个力场，把其中一个注释掉就可以了

你好想请教一下是怎么注释的呀

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