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标题: pdb数据库中蛋白结构分辨率不够高时如何处理 [打印本页]

作者
Author: fffff 时间: 2023-6-23 01:20
标题: pdb数据库中蛋白结构分辨率不够高时如何处理
请问老师们，如果想做蛋白-蛋白对接或者蛋白质的分子动力学模拟，但是pdb数据库中该蛋白质结构分辨率不够高的情况如何处理呢？
我最近做的一个体系pdb数据库中只有一个使用电子显微镜解析的结构，分辨率为4.6埃。如果按照XRD的话这个分辨率太低了。
我现在纠结的是问题有两个：
1.这个分辨率为4.6埃的结果是否可以直接拿来用于MD或Docking
2.如果直接使用Swiss Model同源模建(非人源蛋白，不考虑AF2)的话合理吗？会不会引起审稿人质疑。好像一般有实验结构就要尽可能用实验结构
提前感谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-23 01:31
再多搜搜，看看有没有其它来源的解析度更高的结构，比如结合了配体的。

如果只有这个能用，对于跑MD，看具体目的是什么。如果对结构准确度有一定要求，可以考虑比如给骨架原子带上一定程度的位置限制势跑较长时间MD，令结构自发变得可能更合理一些后再跑做正经的MD研究。

至于docking，如果被对接的区域的可靠性不高，最好也如上先弛豫一下。

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