标题: 利用sobtop生成kaolinite的输入文件求助 [打印本页] 作者Author: chenchen1 时间: 2023-6-23 10:01 标题: 利用sobtop生成kaolinite的输入文件求助 各位大佬，模仿sobtop中例9生成高岭石的top文件,在中间过程中sobtop意外关闭，以下是演示细节。
1.利用multiwfn构建超胞生成kaolinite.pdb文件
2.修改kaolinite.pdb文件原子类型
3.修改sobtop参数文件（参考Molecular Models of Hydroxide, Oxyhydroxide, and Clay Phases and the Development of a General Force Field，J. Phys. Chem. B 2004）
4.参照例九依次输入
启动Sobtop，然后输入
kaolinite.pdb[url=]kaolinite.pdb[/url]
1 //产生拓扑文件
5 //根据assign_AT.dat里的规则指认原子类型。之后从屏幕上的信息可见所有原子都被正确指认了原子类型
0 //进入下一步
4 //用预置的力场参数，缺失的自动猜
[回车] //用默认的top文件产生路径
[回车] //用默认的itp文件产生路径
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