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标题: 求用高斯计算一水草酸钙热分解的热力学和动力学数据 [打印本页]

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战神白起    时间: 2016-7-30 15:35
标题: 求用高斯计算一水草酸钙热分解的热力学和动力学数据
谁会用高斯软件计算一水草酸钙热分解的热力学和动力学数据的不,因我老师最近催的比较紧,我这急着要这些数据,我愿出1200元做为帮我计算热力学和动力学数据的酬谢,非诚勿扰。
要做的热力学部分东西是求出一水草酸钙在298K-1873K热分解的反应焓和熵,和吉布斯自由能。
要做的动力学的东西是求出一水草酸钙热分解的活化能、动力学方程、以及一水草酸钙在热分解过程中的电子、几何结构的变化以及温度和压力对反应的影响。拜托各位大神。






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liyuanhe211    时间: 2016-7-30 15:51
“一水草酸钙”是个晶体,晶体用Gaussian几乎不可能算好。
作者
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战神白起    时间: 2016-7-30 16:06
liyuanhe211 发表于 2016-7-30 15:51
“一水草酸钙”是个晶体,晶体用Gaussian几乎不可能算好。


我看过一篇英文文献上用高斯软件算过

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Frank    时间: 2016-7-30 20:49
liyuanhe211 发表于 2016-7-30 15:51
“一水草酸钙”是个晶体,晶体用Gaussian几乎不可能算好。

请问为什么高斯做不好晶体?
作者
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liyuanhe211    时间: 2016-7-30 20:53
战神白起 发表于 2016-7-30 16:06
我看过一篇英文文献上用高斯软件算过

请提供一下相关文献,学习一下
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liyuanhe211    时间: 2016-7-30 20:55
Frank 发表于 2016-7-30 20:49
请问为什么高斯做不好晶体?

Gaussian的三维PBC计算晶体非常差,几乎没有使用价值。计算三维周期性要么截取团簇来做,要么用其他软件
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sobereva    时间: 2016-7-30 23:39
让别人算必须把更充分的信息给出来,包括分解反应具体路径信息,如果有类似文章提供类似文章。要不然零零碎碎一大堆要算的,要求的数据不具体,谁也不好算。
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战神白起    时间: 2016-8-1 09:03
sobereva 发表于 2016-7-30 23:39
让别人算必须把更充分的信息给出来,包括分解反应具体路径信息,如果有类似文章提供类似文章。要不然零零碎 ...

好的
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战神白起    时间: 2016-8-1 09:05
这就是那篇英文文献
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杨小狗    时间: 2016-8-1 17:05
liyuanhe211 发表于 2016-7-30 20:55
Gaussian的三维PBC计算晶体非常差,几乎没有使用价值。计算三维周期性要么截取团簇来做,要么用其他软件

PBC就能画个盒子,做个平移操作啥的吧?
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liyuanhe211    时间: 2016-8-1 22:15
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-8-1 22:17 编辑
战神白起 发表于 2016-8-1 09:05
这就是那篇英文文献

这文献简直瞎扯淡,毫无意思。
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草酸钙画个一个草酸螯合的一个Ca也就罢了;
水合物的定义就是晶体也不和它计较;
但CaO画一个Ca一个O组成的双原子分子是什么瞎扯淡的模型?!

“水合物”本来就是晶体里的定义("water molecules combined in a definite ratio as an integral part of the crystal",什么水合茚三酮除外、是另一回事),这也是为什么一说“一水合草酸钙”就意味着晶体计算,只说“草酸钙”还能argue是孤立分子的计算。

按这篇文章的计算方法,虽然实现、重复它的计算是很简单的,几十分钟就能做的比他更好;但有任何实验数据(应该)能和这个过程对应吗?!

是,它最后还真和热失重比了比,按刘文剑老师的话说,一个极差的模型(这里如用双原子分子CaO代替热失重中的CaO固体)配以精度很低的方法(MP2/cc-pVDZ)结果得到了和实验吻合的结果,然后顺理成章的就发表了,而不思考这里面从各方面带来的误差都哪去了,这不是很可笑的事情吗?!







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liyuanhe211    时间: 2016-8-1 22:18
杨小狗 发表于 2016-8-1 17:05
PBC就能画个盒子,做个平移操作啥的吧?

是可以做周期性计算的,比如算个(真·)DOS什么的,但一位能算,二维难,三维就渣的基本不能用了。
作者
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战神白起    时间: 2016-8-2 16:21
liyuanhe211 发表于 2016-8-1 22:15
这文献简直瞎扯淡,毫无意思。

哥,请教下如何画模型使得这热力学计算更有意义。拜托了
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卡开发发    时间: 2016-8-2 17:11
#11(http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 724&fromuid=308)对模型上的问题阐明得很清楚了,我猜到你给的文献是这么处理的,实在有点憋不住了,我就说说按照固体计算的难点吧:

先说热力学的问题,每一步几乎都是固体分解为固体和气体,按照你的要求
一水草酸钙在298K-1873K热分解的反应焓和熵,和吉布斯自由能
用最简单的模型就是固体按照3D的PBC来算,气体按照孤立的分子算,如果只是简单得到电子对能量的贡献是ok的;如果考虑体系的能量,固体在温度不高又不低的情况可以采用准谐近似,气体则近似可以按照理想气体统计来考虑(振动也是按照准谐考虑),但温度高了之后,准谐近似就不是好的近似了,需要考虑非谐效应,这样的计算几乎没有几个第一性原理计算的程序可以做。

再说动力学的问题,
要做的动力学的东西是求出一水草酸钙热分解的活化能、动力学方程、以及一水草酸钙在热分解过程中的电子、几何结构的变化以及温度和压力对反应的影响。
这些要求大概按照3D的PBC模型是实现不了的,除非构造一个表面,可是有很多个可能的晶面;即便同一个晶面上每一层的原子也都不是等价的,尤其是高温下每一个结晶水、草酸根、碳酸根都有可能分解气体,如果每个都算工作量又相当庞大;再考虑前面提到的自由能计算准谐近似的问题,即便能算也没办法得到可靠的结果;如果对这样的表面进行从头算动力学似乎计算量庞大到无法实现。

综上所述,个人觉得这个计算要严格实现可能性不大,实验本身也不是什么新的内容,这样的计算做起来很可能吃力不讨好。
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战神白起    时间: 2016-8-3 08:03
卡开发发 发表于 2016-8-2 17:11
#11(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=3815&pid=29724&fromuid=308)对 ...

如果我从一水草酸钙、草酸钙、碳酸钙、氧化钙中的晶体团截取一个出来计算行不。
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卡开发发    时间: 2016-8-3 09:41
战神白起 发表于 2016-8-3 08:03
如果我从一水草酸钙、草酸钙、碳酸钙、氧化钙中的晶体团截取一个出来计算行不。

可以啊,团簇取多大和边界怎么处理会是问题,高温下的热力学量计算依然会是个问题。
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杨小狗    时间: 2016-8-26 09:42
liyuanhe211 发表于 2016-8-1 22:18
是可以做周期性计算的,比如算个(真·)DOS什么的,但一位能算,二维难,三维就渣的基本不能用了。

谢谢




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