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标题: 求助Fe配合物的自旋极化单重态的计算 [打印本页]

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2023-6-24 21:58
标题: 求助Fe配合物的自旋极化单重态的计算
各位老师好，最近细读了卢老师的关于自旋极化单重态的计算的帖子，但仍有几个问题想请教各位老师。首先是https://gaussian.com/afc/中的job2（见图1），我看不明白为什么他说找到了一个低能量的高自旋态，感觉输出信息中并没有看到。还有就是他第一次优化是用ub3lyp,为什么第二次优化变为b3lyp呢？接下来就是我自己的体系（PDI-Fe，见图2），我在gaussview将体系设置为3部分，Fe（II）为五重态（四个alpha电子），配体为-1（二重态，一个beta电子），最后是丙酸部分（-1价，单重态），见图3。下面是我的输入文本，不知道为什么跑完的结构再拉回高斯查看Atom group，就完全变化了，三个部分全部变成0价。学生愚昧，谢谢老师解答！
%chk=PDI-CH3CH2COOFe-BS41-04-1.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
# opt freq b3lyp scrf=(smd,solvent=tetrahydrofuran) def2svp emp=gd3 scf=xqc

fe-dcpe-ts6-7-T-2

0 4 2 5 -1 -2 -1 1
Fe(Fragment=1)    0.00003300 -0.87356600 0.00003400
N(Fragment=2)    -1.93911800 -0.53970500 0.00007400
N(Fragment=2)    -0.00005300 0.95662400 0.00012100
N(Fragment=2)    1.93916700 -0.53951000 0.00006600
C(Fragment=2)    -3.75269400 1.15773800 0.00010200
H(Fragment=2)    -4.28213200 0.76616200 -0.88519900
H(Fragment=2)    -4.28206700 0.76622800 0.88547300
H(Fragment=2)    -3.85587300 2.25018100 0.00006600
C(Fragment=2)    -2.31539200 0.73105900 0.00007700
C(Fragment=2)    -1.20527500 1.64785200 0.00008100
C(Fragment=2)    -1.21340900 3.04410900 0.00003000
H(Fragment=2)    -2.16257700 3.58338500 0.00000400
C(Fragment=2)    -0.00019400 3.74888000 0.00000100
H(Fragment=2)    -0.00024900 4.84077300 -0.00004200
C(Fragment=2)    1.21309300 3.04423100 0.00001700
H(Fragment=2)    2.16220600 3.58360400 -0.00002100
C(Fragment=2)    1.20509700 1.64797300 0.00006700
C(Fragment=2)    2.31530800 0.73129000 0.00005500
C(Fragment=2)    3.75256700 1.15811800 0.00005300
H(Fragment=2)    4.28199600 0.76666800 0.88541600
H(Fragment=2)    4.28202700 0.76658900 -0.88525600
H(Fragment=2)    3.85563500 2.25057100 0.00000600
C(Fragment=2)    -2.94520700 -1.58815500 0.00006500
H(Fragment=2)    -2.44852800 -2.56718000 -0.00001700
H(Fragment=2)    -3.59614900 -1.53243900 0.89057900
H(Fragment=2)    -3.59624600 -1.53234600 -0.89037200
C(Fragment=2)    2.94536100 -1.58785600 0.00006100
H(Fragment=2)    2.44878800 -2.56693500 0.00004600
H(Fragment=2)    3.59635200 -1.53202000 -0.89041000
H(Fragment=2)    3.59634100 -1.53203600 0.89054100
C(Fragment=3)    -0.13913826 -3.08217927 0.30365985
C(Fragment=3)    -0.13840274 -4.60550664 0.42638056
H(Fragment=3)    0.91438258 -4.88134118 0.58999823
H(Fragment=3)    -0.67554045 -4.89178029 1.34088048
O(Fragment=3)    0.02048883 -2.66892074 -0.93857577
O(Fragment=3)    -0.23187084 -2.32544045 1.26689945
C(Fragment=3)    -0.64303483 -5.25170560 -0.87721959
H(Fragment=3)    0.09378173 -5.13094707 -1.64365207
H(Fragment=3)    -0.81971148 -6.29422466 -0.71339231
H(Fragment=3)    -1.55379562 -4.77892726 -1.18036217

--link1--
%chk=PDI-CH3CH2COOFe-BS41-04-1.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
# b3lyp/def2svp emp=gd3 scf=xqc Geom=AllCheck guess=read

--link1--
%chk=PDI-CH3CH2COOFe-BS41-04-1.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
# b3lyp/def2tzvp emp=gd3 scf=xqc Geom=AllCheck guess=read

--link1--
%chk=PDI-CH3CH2COOFe-BS41-04-1.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
# m06l/def2tzvp emp=gd3 scf=xqc Geom=AllCheck guess=read

--link1--
%chk=PDI-CH3CH2COOFe-BS41-04-1.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
# m06/def2tzvp emp=gd3 scf=xqc Geom=AllCheck guess=read

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-25 04:12
看我的博文就足够了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

没必要看官网上说的

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2023-6-25 11:11

sobereva 发表于 2023-6-25 04:12
看我的博文就足够了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

老师您好，下面这句话我有点没看懂。重新编辑一个新输入文件是什么意思呢，是加一个link吗老师

“现在开始计算自旋极化单重态·CH2-CH2-CH2-CH2·波函数。可以重新编辑一个新输入文件，也可以直接把上面的输入文件的route section改成
# ub3lyp/6-31g(d) guess=read nosymm
并进行运算（其它的都无需改动）。guess=read说明计算时从chk文件中读取片段组合波函数作为初猜，nosymm让程序在迭代过程中允许波函数对称性的改变。迭代结束后，会看到Mulliken自旋布居在两边的碳上分别接近1和-1，说明这正是所希望的态，从Multiwfn绘制的自旋密度的等值面图上能更直观地验证（等值面0.025，绿色和蓝色分别代表正值和负值）：”

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2023-6-25 15:38

sobereva 发表于 2023-6-25 04:12
看我的博文就足够了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

老师您好，我查了一些资料，我是否可以这样理解那句话。我首先通过下面的命令得到了稳定的波函数O3-T-ub3lyp-stableopt.chk，如下所示。

%chk=O3-T-ub3lyp-stableopt.chk
%mem=24GB
%nprocshared=24
# ub3lyp def2svp stable=opt

随后我将其log文件导出存成新的gjf，将输入改为下面，其中oldchk是上述chk文件的路径位置，下面是新生成的chk文件。那么我读取的应该是oldchk的波函数对吧，谢谢老师的解答。

%oldchk=/home/zhuyoucai/g09/BS-calculation/O3-T-ub3lyp-stableopt/O3-T-ub3lyp-stableopt.chk
%chk=O3-T-ub3lyp-opt.chk
%mem=60GB
%nprocshared=20
# opt freq ub3lyp def2svp guess=read

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 04:08

zhuyoucai 发表于 2023-6-25 15:38
老师您好，我查了一些资料，我是否可以这样理解那句话。我首先通过下面的命令得到了稳定的波函数O3-T-ub3 ...

对

作者
Author: zhuyoucai 时间: 2023-6-26 13:37

sobereva 发表于 2023-6-26 04:08
对

谢谢老师

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