计算化学公社

标题: 关于能否使用membed将蛋白插入到预平衡后的膜结构中的水里的求助 [打印本页]

作者
Author: Toodqi 时间: 2023-6-25 19:46
标题: 关于能否使用membed将蛋白插入到预平衡后的膜结构中的水里的求助

尊敬的各位专家：

老师们好！我是一名使用GROMACS的新手，刚开始学习。我最近的研究课题涉及聚赖氨酸的抗菌活性，希望模拟聚赖氨酸对于细菌细胞膜的影响。我参与学习了Sob老师讲授的第12届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班，通过补充视频了解了生物膜与膜蛋白的模拟。

我仿照膜蛋白的模拟方法，用membed方法将聚赖氨酸蛋白插入到DPOPG（Kukol膜力场中作者事先经过40ns充分后的膜结构文件）上外侧的水层中，请问这是可行的吗？

我仿照了讲义（讲义中的对应部分我想扫描一下放到这里，如果涉及侵权的话，还请Sob老师联系我）中的办法，在把蛋白插入到水中时，第一组我选了Protein，第二个组选Water（也尝试了SOL），但运行生成的top文件都是空的，这也是我在利用VMD构建模型时结构不合理导致的吗？（mix.pdb文件请见链接：https://pan.baidu.com/s/1KMa6TLVDlLuExJcP6eO0WA?pwd=kgrk 提取码：kgrk ）

如果是的话，这种情况下什么样的模型才是合理的呢？如果membed本就不能把蛋白插入水中，有其他工具可以实现我的上述目的吗？

大家在做配体对膜结构的影响时都是怎么操作的呢？请大家多多指教，谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 04:29
membed根本不是干这个的，那个是专门把蛋白插入膜里设计的

你的情况，先把Z方向盒子尺寸弄大一些，用solvate在真空区里加上水。然后，手动把蛋白质的原子复制到膜+水的gro文件末尾。然后把这个gro文件载入VMD，保存结构时利用恰当的选择语句扣除掉与蛋白质距离过近的水即可。注意选择语句还得要求把分子保持完整。

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-6-6 09:51

sobereva 发表于 2023-6-26 04:29
membed根本不是干这个的，那个是专门把蛋白插入膜里设计的

你的情况，先把Z方向盒子尺寸弄大一些，用sol ...

sob老师，请问预平衡后还能加入其他分子吗，如果可以的话如何操作呢？
我看文献是先进行NPT预平衡，引入其他分子后进行NVT。我现在是将两个DNA放进盒子里后，在em、pr、md.mdp文件存在下执行了一系列命令。但是我想加入配体和DNA进行结合，而且我的配体比较多，我不知道在哪一步加入配体比较好。
而且有DNA的体系我需要进行NPT和NVT的预平衡吗？
文献中的方法我附在下面了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-6 23:58

wanwan5339 发表于 2024-6-6 09:51
sob老师，请问预平衡后还能加入其他分子吗，如果可以的话如何操作呢？
我看文献是先进行NPT预平衡，引入 ...

什么时候加入都无所谓，反正加入完了就又不平衡了，预平衡还得重新做
是否做预平衡和是不是DNA没直接关系

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-6-10 19:49

sobereva 发表于 2024-6-6 23:58
什么时候加入都无所谓，反正加入完了就又不平衡了，预平衡还得重新做
是否做预平衡和是不是DNA没直接关 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: amote 时间: 2024-7-2 20:59

wanwan5339 发表于 2024-6-10 19:49
好的，谢谢老师

加油加油

作者
Author: amote 时间: 2024-7-2 21:00
Enhancement of waterborne pathogen removal by functionalized biochar with ε-polylysine ″dynamic arms″: Potential application in ultrafiltration system，看到聚赖氨酸的，作者是你么？？这个是聚赖氨酸的。

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