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标题: 求助packmol把聚氧化乙烯分子塞到盒子中的问题 [打印本页]

作者
Author: Chy919 时间: 2023-6-25 20:05
标题: 求助packmol把聚氧化乙烯分子塞到盒子中的问题
老师，我用packmol把40个聚合度为25的聚氧化乙烯分子塞到一个边长为40的立方体盒子中。但是运行之后迭代一直进行不停止。在迭代200次之后又从0开始继续迭代，请问这是为什么
以下是我的输入文件

# 40 PEO chains with 25 monomers each are packed in cell

tolerance 2.0
output APEO.pdb
filetype pdb

structure PEO.pdb
number 40
inside cube 0. 0. 0. 40.
end structure

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 04:22
信息不充分，把结构文件传上来

极大概率是分子太大、盒子太小，迭代半天也找不到满足条件的插入方式。如果就是这种情况，把盒子弄得更大，然后跑NPT使盒子自发收缩到合适

作者
Author: Chy919 时间: 2023-6-27 19:09
确实，我把盒子尺寸调整到200之后循环了26次就success了。谢谢sob老师

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