计算化学公社

标题: 在能量最小化时提示有原子折叠，求助怎样解决原子重叠问题 [打印本页]

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Author: 呀芽芽 时间: 2023-6-25 21:14
标题: 在能量最小化时提示有原子折叠，求助怎样解决原子重叠问题
本帖最后由呀芽芽于 2023-6-26 16:27 编辑

各位老师们好，我做的是水-油界面加表面活性剂体系，前面的处理步骤是用Gaussian 09软件在B3LYP,6-31g(d)水平上进行优化，然后通过Antechamber和Gaussian计算了RESP电荷，用acpype将mol2文件转化为GROMACS可用的itp,top和gro文件。力场为GAFF全原子力场。后又用Packmol构建了盒子，然后改写了总的拓扑文件mix.top。在进行能量最小化输入gmx grompp -f minim.mdp -c box.pdb -p mix.top -o em.tpr命令得到em.tpr文件后，输入gmx mdrun -v -deffnm em -nb gpu命令，报错，显示原子重叠。
我在公社找到了解决办法，说检查初始结构和拓扑文件，但是在我修改了初始结构以后也还是同样的报错。而且盒子里的分子数量很多，我不知道怎么能用肉眼检查出哪部分发生了重叠。我试过增大盒子尺寸，但是依然报错原子重叠。当我的盒子里放的分子数量极少时，是可以完整跑完计算的，但是分子数量太少，不足以模拟我想模拟的表面活性剂在界面的行为。
下面我把我用到的文件和报错信息都放上来，恳请老师可以帮助我看一下到底哪里出了问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 04:20
没itp文件没法说

提示里没说只可能是原子重叠造成的。倘若你用packmol在默认设置下产生结构文件，根本不可能有非常近距离接触。

拓扑文件有问题、mdp有问题等都可能造成能量高得离谱，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8试图弄清楚原因

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-6-26 16:28

sobereva 发表于 2023-6-26 04:20
没itp文件没法说

提示里没说只可能是原子重叠造成的。倘若你用packmol在默认设置下产生结构文件，根本不 ...

谢谢老师的回复。我会仔细研读那篇文章的。我重新上传了itp文件，可以麻烦您看一下itp文件有问题吗？我没有看出哪儿有问题。

作者
Author: jiangyan 时间: 2024-5-25 18:28
本帖最后由 jiangyan 于 2024-5-25 18:30 编辑

呀芽芽发表于 2023-6-26 16:28
谢谢老师的回复。我会仔细研读那篇文章的。我重新上传了itp文件，可以麻烦您看一下itp文件有问题吗？我没 ...

请问你得问题解决了嘛，我也在做一个油水体系，步骤和你的差不多，也是用packmol搭建的盒子，我的进行最小化后的报错如图所示，请问我应该怎么解决呢C:\Users\MagicBook\Desktop\Co

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Author: zfy524 时间: 2024-7-4 22:29
老师你好，可以看一下你packmol的inp文件吗

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Author: 新仔 时间: 2025-6-30 20:01

jiangyan 发表于 2024-5-25 18:28
请问你得问题解决了嘛，我也在做一个油水体系，步骤和你的差不多，也是用packmol搭建的盒子，我的进行最 ...

您好我出现的问题跟您一样都是能量最小化没有成功后出现能量太高无法进行这步操作请问您解决了吗？麻烦您在百忙中回复

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Author: KanbeKotori 时间: 2025-7-1 15:33

新仔发表于 2025-6-30 20:01
您好我出现的问题跟您一样都是能量最小化没有成功后出现能量太高无法进行这步操作请问您解决了吗 ...

可以用软核势来做初步最小化，参考利用软势修正低精度大型蛋白模型的原子重叠问题一例

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