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标题: 请问如何才能有效利用线程数 [打印本页]

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-6-25 23:42
标题: 请问如何才能有效利用线程数
机器是双路CPU，单颗CPU32核心双线程，一共128线程（逻辑核数）。
同一个.tpr文件，经过测试，gmx mdrun -v -pin on -ntomp 20 -deffnm md_01 -pme cpu时的效率符合预期。
有没有办法可以在同时跑任务时，分别占用第21-40核，第41-60核，以此类推。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-6-25 23:59
RTFM. 尤其是mdrun的-pinoffset和-pinstride选项

需注意，gmx识别的CPU核心排序和Linux内核不同

没有GPU，就没必要-pme cpu

用纯CPU跑gmx，还不是集群，这是非常可怜的

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-6-26 08:32

Entropy.S.I 发表于 2023-6-25 23:59
RTFM. 尤其是mdrun的-pinoffset和-pinstride选项

需注意，gmx识别的CPU核心排序和Linux内核不同

好的好的，谢谢老师，有一块过时的1060

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