计算化学公社

标题: 求助：周期性材料相关的计算可以用Gaussian吗 [打印本页]

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-26 10:41
标题: 求助：周期性材料相关的计算可以用Gaussian吗
希望模拟C3N4催化剂被羟基自由基攻击的过程，一开始用的是vasp，发现计算速度很慢，再加上对VASP是初学，对Gaussian更熟悉一些，所以想问一下这种模拟可以通过Gaussian来计算吗，建模若干C3N4结构单元与一个自由基，进行结构优化和过渡态等计算。这种方法是否有原则上的错误呢？

作者
Author: wxsxjj 时间: 2023-6-26 11:23
Gaussian周期性体系更慢且鸡肋
试试CP2K？

作者
Author: aaq2800 时间: 2023-6-26 14:33
效果比较差

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-26 23:36
Gaussian算这种问题的速度跟CP2K相比真是牛车和法拉利的差距，而且这量级的差距的形容还是一丁点都不夸张

CP2K算这种问题极其理想，又免费速度又飞快，功能又全，结合Multiwfn创建输入文件和gview建模使用还极其方便。通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）系统学一遍很快就能上手计算。而且相对于VASP那些传统平面波程序，CP2K还更亲近原本是做量子化学计算的人，还能结合Multiwfn做大量波函数分析。

倘若就非得用Gaussian，那就只能用簇模型，参考比如下文这种。需要恰当饱和边界，考虑边界效应
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-27 14:45
本帖最后由 Mr.zhen 于 2023-6-27 14:53 编辑

sobereva 发表于 2023-6-26 23:36
Gaussian算这种问题的速度跟CP2K相比真是牛车和法拉利的差距，而且这量级的差距的形容还是一丁点都不夸张
...

谢谢sob老师，看了论坛朋友们的建议，我也有意学习CP2K，并且阅读了您写的在CentOS中CP2K的安装方法的帖子，其中您提到需要升级gcc，且升级过程中会有系统出毛病的风险。不知现在这个问题是否已能够解决，论坛上也有不少老师分享了自己的经验，但不知其正确性，根据我老板的说法，让我最好跟着您的帖子走，所以在此向您请教一下。并且我的服务器系统是CentOS 7.6，想尝试一下升级gcc，但是不知具体会出多大的毛病，怕造成无法挽回的后果。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-27 16:57

Mr.zhen 发表于 2023-6-27 07:45
谢谢sob老师，看了论坛朋友们的建议，我也有意学习CP2K，并且阅读了您写的在CentOS中CP2K的安装方法的帖 ...

并不一定需要升级gcc，如果你的系统版本本来就比较新，那有可能不需要升级；如果太新了搞不好反倒需要退回老版本的gcc。先用系统自带的gcc编译一下试试，如果不行再考虑要不要升级gcc

作者
Author: Mr.zhen 时间: 2023-6-27 19:06

wzkchem5 发表于 2023-6-27 16:57
并不一定需要升级gcc，如果你的系统版本本来就比较新，那有可能不需要升级；如果太新了搞不好反倒需要退 ...

我查看了一下gcc版本是4.8.5，系统是CentOS 7.6

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-27 23:23

Mr.zhen 发表于 2023-6-27 14:45
谢谢sob老师，看了论坛朋友们的建议，我也有意学习CP2K，并且阅读了您写的在CentOS中CP2K的安装方法的帖 ...

先把需要备份的备份，再去升级，弄失败了就重装个Rocky Linux 9。CentOS 7.x太老，以后装点稍微新的程序都费劲

作者
Author: QuantumicGuy 时间: 2023-6-28 09:52

Mr.zhen 发表于 2023-6-27 14:45
谢谢sob老师，看了论坛朋友们的建议，我也有意学习CP2K，并且阅读了您写的在CentOS中CP2K的安装方法的帖 ...

不需要升级系统的gcc，自己装一个高版本的gcc，写进用户环境变量即可，优先级大于系统自带，参考：
https://mp.weixin.qq.com/s/ljSXoG0F8iLVV3bGTiUgcg

安装CP2K也可以参考这篇（实测很顺利很方便，手残党福音）：
给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记
http://bbs.keinsci.com/thread-33603-1-1.html

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