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标题: 在AMBER19SB力场中CMAP项的参数含义是什么？ [打印本页]

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Author: hfc 时间: 2023-6-26 16:19
标题: 在AMBER19SB力场中CMAP项的参数含义是什么？
本帖最后由 hfc 于 2023-6-26 16:20 编辑

1. AMBER在19SB力场中添加了CMAP项，那么在CMAP相共有24*24=576相参数，分别是什么意思？如何使用这些参数进行计算呢？
PS：原始文献截图如下，使用双三次差值，不应该是一个grid有16个参数吗？利用grid四个角的信息求解grid内部的值？所以总共16*24*24个参数。
2. amber当中如何实现给存在耦合的二面角添加CMAP项呢？(非主链)如何指定CMAP涉及的index呢？

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Author: sobereva 时间: 2023-6-26 18:31
发帖的时候看清楚板块再发，这在首页的公告栏里已经明确提醒了，求助帖别发到资源分享子版块，这次给你移动了，以后发错地方直接删帖处理。

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Author: hfc 时间: 2023-6-26 20:01

sobereva 发表于 2023-6-26 18:31
发帖的时候看清楚板块再发，这在首页的公告栏里已经明确提醒了，求助帖别发到资源分享子版块，这次给你移动 ...

不好意思下次一定注意 sobereva老师

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Author: sobereva 时间: 2023-6-26 23:08
这就是把phi,psi二维的校正项势能面用多项式展开，a_ij是i,j阶数的项的展开系数。具体计算是实际程序负责的，不用自己去添加，AMBER里直接用AMBER19SB自然就考虑了cmap了

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Author: hfc 时间: 2023-6-27 00:13

sobereva 发表于 2023-6-26 23:08
这就是把phi,psi二维的校正项势能面用多项式展开，a_ij是i,j阶数的项的展开系数。具体计算是实际程序负责的 ...

那老师请问TOP文件中的CMAP参数是24*24 每个具体的参数是意思呢和这个aij 对应不起来？
第二我想要不仅仅是在主链上保留CMAP势我还想要在侧链上也添加CMAP 请问在amber中如何实现？

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Author: 喵星大佬 时间: 2023-6-27 01:29
本帖最后由喵星大佬于 2023-6-27 01:36 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 20)
cmap对应的是两个二面角的耦合项，从第一个点开始就是24×24的点阵，但是由于二面角是周期性的，所以转了一圈之后要回到原点，即头=尾

cmap的参数是势能点阵，但是实际计算中角度不可能正对着某个点，所以使用的时候程序是先通过带约束条件的双三次插值得到完整的修正是能面(即让每个点之间空隙上也能计算数值)，再在计算中使用

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Author: hfc 时间: 2023-6-27 09:33
本帖最后由 hfc 于 2023-6-27 09:34 编辑

喵星大佬发表于 2023-6-27 01:29
cmap对应的是两个二面角的耦合项，从第一个点开始就是24×24的点阵，但是由于二面角是周期性的，所以转了 ...

谢谢老师我了解CMAP的含义了这个应该是gromacs下面的TOP文件请问amber中如何实现自定义CMAP呢？

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Author: ZetaFunction 时间: 2025-11-20 04:31

sobereva 发表于 2023-6-26 23:08
这就是把phi,psi二维的校正项势能面用多项式展开，a_ij是i,j阶数的项的展开系数。具体计算是实际程序负责的 ...

就是因为ff19SB多了这个CMAP项，导致使用Amber自带的ParmEd构造TI的初始结构的命令"TiMerge"报错，使用ff14SB力场则不会有这样的问题。在github上最早2021年就有人注意到了这个问题，但是直到Amber24版本，这个问题似乎仍未解决，目前如果想要Amber跑TI依然无法使用ff19SB力场。

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Author: 喵星大佬 时间: 2025-11-21 02:21

ZetaFunction 发表于 2025-11-20 04:31
就是因为ff19SB多了这个CMAP项，导致使用Amber自带的ParmEd构造TI的初始结构的命令"TiMerge"报错，使用ff ...

我已经给了gmx直接可以用的Amber19SB力场包，TI直接用gmx跑然后用那个python包算就行

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