公社群聊Q&A整理：2016.07.20 20 ~ 2016.07.25 09 Concate - 计算化学公社

2016.07.20 19:28:43
Q:
老师，虽然反应吸放热严格是看焓变，但是算反应pathway时，反应物、过渡态、产物通常都用Gibbs自由能，那文章中讨论完能垒，是否可以就用产物减反应物的deta G说一下反应放热多少？我看好多文章都这么说。是不是deta G和deta H大多数时候数值也差不多？
A:
放热要用焓变
你计算G的时候顺便就有H的数据了
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2016.07.20 19:30:52
Q:
采用隐式模型考虑溶剂效应，还可以在体系中引入显式溶剂分子吗？
A:
/aini 可以
Q:
不考虑溶剂效应的过渡态已找到，若要再引入溶剂效应，需要重新优化结构吗？
A:
都行
Q:
隐式溶剂模型对结构和震动频率影响大吗？
A:
多数情况不大
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2016.07.20 19:31:53
Q:
是的我这是基态的计算和激发态计算一起计算了，生成的log文件有基态计算结束的信息，也有激发态计算结束的信息。另外因为生成的chk文件应该是第二步激发态计算产生的chk，我是这么认为的？
A:
chk里的轨道就一套，就是基态计算部分产生的轨道
计算激发态前必须先计算基态得到DFT基态波函数，才能构建slater激发行列式做激发态计算
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2016.07.20 21:41:30
Q:
老师，师兄师姐好！我是化学工程专业本科生，今年申phd。接触过简单的量子化学计算和高斯09的应用，较感兴趣，想作为phd方向。现有几个问题想请教大家。1. 个人理解量子化学计算偏理论化学研究，不知道在工程工业领域应用怎么样，如果以后不做科研会不会出路较窄？2.求推荐国内和美国大学做计算比较厉害的课题组，尤其在化工领域。3. 对于化工学生，还需要补哪些课程？谢谢大家！
北大刘文剑@柒〇
大刘真是和“化工领域”离得不能更远了。。。
A:
北大还有个吴云东院士
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2016.07.20 22:16:08
Q:
http://gainstrong.net/news/zhanneixinwen/2016-06-09/29.html
这个格斯之窗是个什么公司
A:
反正这个至少比那个什么企业管理顾问公司强，那个真是怎么看怎么是纯骗子
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2016.07.20 22:28:12
Q:
还是不懂怎么画界面在沿着实空间z坐标方向上的local dos 哪位能给点指导啊[图片]
A:
之前回答过了，看Multiwfn手册LDOS的例子
Q:
看过了但是我用的qe 不知道怎么能计算出例子中的fch文件那些
A:
Multiwfn不支持qe
所以问问题之前要先把情况交代清楚，什么体系，什么程序算的，否则没法回答
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2016.07.20 22:30:44
Q:
Sob老师想请问优化结构时出现l508错误该怎样修改？
A:
甭用qc
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2016.07.20 22:57:23
Q:
[图片]
大神你好，我在做轨道成分分析的时候，我想知道15 和 16 号轨道是怎么确定的
怎么样判断是15,16
A:
一数就知道啊
0.99276那个是第三行第五列，显然是3*5=15
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2016.07.20 23:11:01
Q:
[图片]请问老师总出现这个错该怎么办？
A:
甭用赝势
如果基组用的没d函数用个带d极化的
Q:
我没用赝势啊
A:
Sobereva(190258442) 15:11:53
如果基组用的没d函数用个带d极化的
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2016.07.20 23:29:33
Q:
老师您好，高斯优化几何结构时，除了通过计算频率确认是稳定结构外，还有没有别的方法验证最稳定结构？@Sobereva
A:
你好频率分析只能验证是否是极小点，根本没法判断是否是最稳定的
除了振动分析外没有其它更合适更简单的做法验证是否可能是极小点
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2016.07.20 23:59:42
Q:
[图片]请教一个问题：这个分子轨道是π轨道，还是n轨道？
像个青蛙
我想用这个轨道来说明n-π跃迁；但是这个图形看起来没有说服力
[图片]
放进去了的，显示的时候没有显示H
我想弄明白一个问题：在解释紫外光谱的时候，如何说明你的跃迁是n-π*跃迁？
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.07.21 00:18:52
Q:
大神，guassion对有机化合物的进行计算，得到化合物中的碳原子具有不同的Mulliken 电荷
Mulliken 电荷的正负能说明什么问题？
求大神点播以下
A:
体现原子带的电荷量，看群共享《原子电荷计算方法的对比》
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2016.07.21 00:21:54
Q:
请问老师MP2/6-311++G(d, p) level，这个level是什么意思啊
A:
看完这个就懂了
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.07.21 00:39:14
Q:
大家好想问大家一下有人做nbo分析的时候出现过607错误吗应该怎么解决呢
[图片]
是高斯的问题导致的计算出错吗
可以说的稍微详细一下吗谢谢您
我之前没有算过nbo 不知道为啥类似的结构有的就出错了有点就正常结束了
A:
甭用saveNBO就完了
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2016.07.21 01:02:12
Q:
老师，分子体积的计算推荐使用什么方法？并苯系列分子
精度可以高点
sob老师只介绍了原理，没具体推荐计算方法
A:
博文中每个计算方法都给了例子
体系不大就用Multiwfn的主功能12基于电子密度等值面来算
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2016.07.21 01:11:31
Q:
哪个分子动力学程序里面对ReaxFF反应力场支持的比较好？
A:
lammps、ADF
开发者还有个官方的ReaxFF程序，不过得申请，未必给
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2016.07.21 01:25:51
Q:
老师，如果没有虚频就可以证明改结构是极小点吗？
A:
不能
极小点附近二次区域内的结构都没有虚频
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2016.07.21 01:27:33
Q:
SOB 老师你好，前段我看文献里边讲说HF 交换成分低的泛函可能会低估激发态的能量。我在选取泛函优化基态结构时采用了B3P86，用这个泛函现在算着激发态S1准确吗？这种情况我该怎么解决呢
A:
视具体体系而定，这里说了
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2016.07.21 03:10:37
Q:
大家好，我这个crl.pdb文件是个蛋白质大分子，从蛋白质数据库里下载的pdb文件，用这个文件执行pdb2gmx分别生成top文件，gro文件和itp文件，能行吗[图片]
A:
能行
Q:
[图片]
A:
提示已经很明确了
5.x版本用gmx pdb2gmx
能截图就截图，甭拍照，看都看不清楚
提示得很清楚
[图片]
Q:
[图片]
还是一样的结果啊
老师‘
A:
仔细看我的回复
哪让你写pdb2gmx或gmx了
Q:
我的版本是Gromacs4.0.6
那我的版本该怎么写呢
万分感谢
还是不行啊 [图片]
A:
你先确认bin下面有pdb2gmx
有的话把这个目录添加到$PATH环境变量里，否则系统显然找不到pdb2gmx所在位置
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2016.07.21 03:40:08
Q:
, gaussian的Franck-Condon计算，始态都是振动基态吧，没法算从某一振动激发态往末态(电子激发态)跃迁的FC因子吧？谢谢
A:
FC因子并不直接输出出来，虽然程序内部会算。始态都是振动基态。
其它情况需要自行用fcclasses程序做
Q:
好的，谢谢，我找到了FCClasses的网址。
另一个问题是，我用CASSCF计算的电子跃迁能，如果想相关能校正，可以直接在基态算一个CCSD的单点能，而激发态的用EOM-CCSD吗？说明书上还列举了一个CASSCF MP2, 这个应该不是校正CASSCF必须的方法吧~
A:
意义不明。EOM-CCSD和CASSCF完全没直接关系。算EOM-CCSD激发能也用不着自行先用CCSD算基态能量。
高斯里CASSCF和MP2一起用对应的是OVB-MP2，在CASSCF波函数上考虑了二阶微扰，但远不如同类的CASPT2、NEVPT2等流行
Q:
嗯，那CASPT2等方法gaussian貌似没办法算，只能用其它的了吧~
A:
y
Q:
那对CIS激发态能量的校正呢，EOM比CIS(D)要好吗？
用CCSD是因为我这要算绝热激发能(不好意思, 之前提问我没说清楚)，所以也会涉及基态能量的校正
A:
好多了
Q:
好的~~万分感谢！今天就发现, 专门用CIS算了一下freq=numer, 结果居然是有虚频，而CIS解析频率就没有.就联想到之前TDDFT算的平面构型有虚频会不会是数值解本身有问题呢，看来只能用CIS或者CASSCF了
A:
看虚频模式、大小
尝试opt=tight int=ultrafine
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2016.07.21 04:13:45
Q:
[图片]请问老师，左边出现空隙，是什么原因呢、是格点数少了吗？
A:
不用管那个空隙
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2016.07.21 04:33:03
Q:
做oniom时，QM区没有合适的参数，运行报错，提示缺少某些键长键角参数。于是把QM区原子之间的连接关系全部砍掉，这样就不会提示缺少参数了。这样做行吗？
A:
只要不牵扯QM-MM边界的原子，这样可以
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2016.07.21 05:38:20
Q:
[图片]
是这样设置环境的吗，菜鸟求大神指教
A:
没必要这么配置
编译之后在.bashrc里加入比如
export PATH=$PATH:/sob/gromacs/bin
就完了
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2016.07.21 06:02:23
Q:
老师，我用高斯生成wfn文件时出现l9999错误（注：输入文件已经是经过优化和频率计算的），如果只进行单点能计算就没有这个问题，该怎么解决？
A:
上传输出文件
Q:
[图片]
这个用的是def2-QZVPPD基组，后来我换了一个基组就可以输出wfn文件了
如果用AIMall做电子密度拉普拉斯等值图，换一个基组生成的wfn文件会有影响吗？
A:
用Multiwfn，比AIMALL作这种图强多了
最高角动量函数超过f就会有那种提示
作这种图根本不需要这么大基组
若非要用这基组，你用.fch或.wfx格式放Multiwfn里绘图。wfn最高只支持到f角动量
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2016.07.21 06:32:19
Q:
老师们请教个问题，M062X和M052X之间的区别是啥，低俗的理解觉得M062X应该比M052X能力有所提升，但是为啥还是有很多用M052X，想知道选择M052X是不是他有比M062X更多的优点
A:
除了结合SMD溶剂模型以外，任何情况都一律用M06-2X
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2016.07.21 18:44:28
Q:
[图片]请问这个图是怎么做出来的
不好意思，我不是问图是怎么做出来的，是想问数据是怎么得到的
好的，谢谢
A:
做个势能面扫描，或者找基团旋转的过渡态和极小点结构求差，就得到扭转势垒了
Q:
sob老师势能面我知道[图片]是这样的图，怎么得到我刚才发的图呢
A:
TS和极小点求差啊
Q:
你说的TS是值得最高点吗
A:
y
Q:
最高点减去极值点，只得到一个扭转势垒，他这个双键对应得扭转势垒是怎么求的[图片]
A:
算对应于破坏双键的扭转
Q:
[图片]分子构型是这样的，我看的文献也是扫面二面角，可是文中只提到只是扫面一个二面角，怎么会得到这样的图呢
A:
这体系有好多双键，转哪个就得到哪个
Q:
双键C7=C8，是不是扫面的二面角 6 7 8 9 ，然后得到的图形用最高点减去最低点就得到扭转势垒了
A:
是
Q:
sob老师我在在确认下，是这两个点相减吗[图片]
A:
看对应的结构选合适的对应的过渡态
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2016.07.21 19:02:37
Q:
。。。话说计算化学读研出来能当化学老师么
中学的。。
A:
这样的多了去了
主群就有个东北师大计算化学硕士毕业的去当中学化学老师了
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2016.07.21 19:04:42
Q:
请问谁有Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods这本书的最新版？
A:
第三版网上没有电子版
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2016.07.21 19:08:09
Q:
含CHONFCuBr的体系找过渡态。方法一：采用B3LYP/6-311+g**, 第一步过渡态结构符合预期能垒27kcal/mol，第二步过渡态找到一个负能垒的理论过渡态……方法二：换用M062x/TZVP, 取B3LYP/6-311+g**的结果继续优化，找到第一步过渡态，结构与方法一差别挺大，不太符合预期，但是也有合理性，IRC确认，能垒34kcal/mol。第二步成功找到16kcal/mol的符合预期的过渡态。
路径算是打通了，但是第一步m06的能垒比b3lyp高，而且结构不如它的好，心里没底
现在尝试用M062x/def2-TZVP 和 M062x/ma-TZVP, 发现计算量剧增
[表情]
A:
/aini M06和M06-2X差异甚巨，不要搞混
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2016.07.21 19:21:00
Q:
[图片] 老师，你这些时间都是优化的时间还是算单点的时间？BLYP D3不是不能用于优化么（曾经有人提到有虚频）
A:
单点
当然能优化
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2016.07.21 19:51:30
Q:
gaussian里面优化使用 blyp D3怎么写？ blyp-d3 opt?@Sobereva
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
blyp-d3/def2svp opt?
blyp/def2svp EmpiricalDispersion=GD3 opt ?
A:
y
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2016.07.21 19:55:00
Q:
碘用什么基组比较好呢？
我用的3-21G，感觉太小了。
A:
lanl08(d)
Q:
好的[表情]
对啊。我这个其实挺郁闷的，开始没想算碘，氟氯溴都用的6-31G**，最后还不知道这个基组不同，能不能互相比较呢。
A:
对于I，def2SVP是赝势基组
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2016.07.21 20:02:08
Q:
总VMD绘制RDG等值面不显色，就是纯灰色的，正常应该是蓝红相间，求各位大神相助啊[表情][表情][表情]
A:
可能是显卡太老，或者格点数目太多导致没法全部载入到VMD
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2016.07.21 23:17:38
Q:
sob老师，请问刚才问的Cu的小分子反应机理，用什么基组发文章够用啊
A:
Cu用Lanl2TZ(f)，其它用def2TZVP。如果算不动用lanl2TZ结合TZVP
Q:
请问sob老师，您说的其它是体系的其他轻原子还是其他过渡金属啊，应该是轻原子吧
A:
轻原子
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2016.07.21 23:33:36
Q:
polarizability呢？我加了polar关键词或者使用了polar=Cubic都不管用，它只能得到Exact polarizability和Approx polarizability。非常感谢！
A:
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
Q:
@sob，我看过这个，我想问下，能不能只用高斯输出，因为只计算几个分子
A:
例子
%chk=C:\gtest\H2O.chk
#p mp2/6-31G* polar
Title Card Required
0 3
O 0.00000000 0.00000000 -0.11081188
H 0.00000000 -0.78397589 0.44324751
H -0.00000000 0.78397589 0.44324751
Q:
我试了加polar 关键词得不到，我用的方法是mp2
#p ump2/6-31++G(d,p) polar
我没有用multiwfn
我只用了高斯
DFT确实可以
A:
[图片]
必须选这个
UMP2绝对能行
直接从高斯看的polar的输出信息乱七八糟甚至有的符号还不对，用multiwfn查看是最佳途径
Q:
@sob，我试了下你刚才的例子，也不行啊
A:
怎么不行？亲测能行
Q:
我可以把文件发给你看下吗？
A:
发
何来不行？
[图片]
Q:
你这是用multiwfn读出来的？我在刚才发给你的文件中并没有找到啊
A:
显然！
要不我给你发那个博文链接作甚
Q:
既然用高斯mp2方法没法直接看，我用Multiwfn
谢谢
那为啥有 Isotropic polarizability 的definition 1和definition 2呢？我该用哪个呢？
A:
各向异性才有两种定义
仔细看输出信息
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2016.07.22 00:13:52
Q:
CCL不能直接回复么？试着写了一个被退信了
A:
国内的邮件服务商很多被屏蔽了（因为老发垃圾邮件），所以你得去CCL网站上提交回复的内容
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2016.07.22 00:14:54
Q:
关于溶剂化计算，有两个问题：
1. 自定义溶剂，我想将eps设为1.0（即为真空的），与真空计算数值进行比较，这样可以测试溶剂化模型是否合理？
2. 自定义溶剂中，关键词是scrf(solvent=generic,read)，但我看到如果仅仅设置scrf=read也是能够得到的相同的值，是不是不写solvent=generic没影响？
A:
1 没意义，也没法测试合理性
2 只考虑溶剂的极性作用，而不考虑非极性作用的时候都一样
Q:
直接设置真空环境没有意义，这个没意义的理由是什么？
A:
真空=不用溶剂模型
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2016.07.22 01:23:47
Q:
化学直觉预期的路径为：A-->B-->C
B3LYP/6-311+g**优化出AB间过渡态X，跑IRC，分别得A和C，能垒27kcal/mol
m062x/TZVP优化出AB间过渡态Y, 跑IRC得到A和B, 能垒34kcal，再优化出BC间过渡态Z，跑IRC的B和C，能垒18kcal/mol
到底哪个更可信？
CHONFCuBr体系
A:
基组都用TZVP再比
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2016.07.22 01:38:04
Q:
请问下能量分解怎么做呢？记得sob老师写过博文找了好久一直找不到了
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
看第十节
Q:
老师，我看过这个了，记得还有个帖子介绍SAPT的操作，我做能量分解想把静电算出来
记得帖子上还有SAPT安装包连接，一直找不到那个帖子了
A:
去下PSI4，按照其自带的教程做SAPT就完了
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2016.07.22 03:53:34
Q:
请问，AIM分析中GradRho Paths是指什么呢？
A:
估计指键径
Q:
[图片]
用AIM分析时那组要看哪一项呢？
A:
先搞懂AIM理论
AIM学习资料和重要文献合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
也不知道你列的DelSqRho是什么东西，multiwfn做AIM分析所有输出项在手册里都有公式和解释
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2016.07.22 05:39:32
Q:
老师，小分子MS输出pdb文件1，原子坐标复制到PRODRG后，解压文件得到GMX.itp文件2和GMX.PDB文件3，文件1和3都是pdb文件，有和区别呢，还有小分子的top文件从哪里得到呢，从而建立总的top文件
A:
top一般用于记录整体的拓扑信息，在其中引用小分子的itp
Q:
有全原子和简化原子的pdb
A:
可以参考现成的其他任务的top来写之
我忘了是哪两个pdb，一看就知道差异
Q:
其实是三个，带氢的不带氢的，芳香氢的
看你是做UA 还是AA
而且网站上的itp不准，要修改，电荷明显不对，小分子top的建立可参照别人的博文，我说的对吧，sob老师
A:
也不至于非得手动修改
电荷要想好点自己算RESP或AM1-BCC电荷，刚性分子的用CHELPG也行
目前我还是更推荐ATB而非prodrg
虽然ATB产生的拓扑信息也有时会有问题需要自己改，但总的来说更先进
Q:
atb的力场也是gromos的吗？如果想做UA模型呢
A:
是
Q:
[图片]
sob老师来个atb的链接吧，没搜到是哪个[表情]
A:
几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266
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2016.07.22 05:51:11
Q:
sob老师我用Multiwfn计算紫外吸收光谱，然后根据我的实验数据（理论与实验的谱型一样）来调节横坐标的刻度，这样做是否合理？
A:
如果你是指对横坐标做了平移，可以这么做，但文中应该提一下这是为了消除系统性偏差
Q:
那这个平移的量有个限度吗老师？
A:
无
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2016.07.22 07:17:18
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：我优化了两个分子（每个分子150个原子左右）通过ππ相互作用的结构，想知道每个分子整体的电荷，gview只能看到每个原子的电荷，要是一个一个原子把电荷加起来太麻烦，有没有简单的方法？
A:
写个小程序很容易搞定，gview里edit-atom selection可以把一个片段里的序号范围给出来，用自己的程序读入序号范围，并把相应的电荷加和就完了。
或者某些情况下可以把原子序号按照坐标排序，然后将某些范围的直接加和
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2016.07.22 15:43:54
Q:
[图片][图片]
弱弱的问一下这个两个电子云等值线图都是multiwfn画出来的，怎么不一样呢？
A:
第一张图自行ps
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
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2016.07.22 16:12:35
Q:
[图片]请问老师，我这个是算激发态S1态的频率，出现l508 错误，应该怎么解决呢
[图片]请问老师我算S1态的频率老出现L508错误，应该怎么解决呢
[图片]这是输出文件
A:
甭用qc方式收敛
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2016.07.22 16:55:12
Q:
请问，算nmr时，出现这个错误 Two-electron integral symmetry is turned on.怎么办》
#p nmr=giao b972/def2tzvp scrf=(cpcm,solvent=dmso)
empiricaldispersion=gd3
NAtoms= 27 NActive= 27 NUniq= 27 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 1715 IXCFnc= 21 ScaHFX= 0.210000 IDFTD=3
Error termination via Lnk1e in /vol-th/opt/GaussianE/g09/l301.exe at Fri Jul 22 08:35:52 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 12.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
Rotational constants (GHZ): 1.5392695 0.3232822 0.2936999
Leave Link 202 at Fri Jul 22 08:35:52 2016, MaxMem= 1342177280 cpu: 0.9
(Enter /vol-th/opt/GaussianE/g09/l301.exe)
Standard basis: def2TZVP (5D, 7F)
Ernie: Thresh= 0.10000D-02 Tol= 0.10000D-05 Strict=F.
There are 582 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 512 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
512 basis functions, 818 primitive gaussians, 582 cartesian basis functions
54 alpha electrons 54 beta electrons
nuclear repulsion energy 952.8997672837 Hartrees.
IExCor= 1715 DFT=T Ex+Corr=B972 ExCW=0 ScaHFX= 0.210000
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 ScalE2= 1.000000 1.000000
IRadAn= 0 IRanWt= -1 IRanGd= 0 ICorTp=0 IEmpDi=131
NAtoms= 27 NActive= 27 NUniq= 27 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 1715 IXCFnc= 21 ScaHFX= 0.210000 IDFTD=3
Error termination via Lnk1e in /vol-th/opt/GaussianE/g09/l301.exe at Fri Jul 22 08:35:52 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 12.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
不懂什么意思？
不是giao method吗？
写了也没错吧？
A:
去掉色散校正，对NMR根本无任何影响
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2016.07.22 17:00:53
Q:
# B3LYP/gen opt=(ts,calcfc,noeigentest) empiricaldispersion=gd3
……
O 0.54252463 0.66498623 -2.54044820
H 0.24619478 -0.00701529 -3.15867354
H -0.21083132 1.00710250 -2.05361017
H 0
TZVP
****
C O N F Cu Br 0
/N
****
我试图给H用TZVP，其他元素用def2-TZVPD
但是上面的写法好像没有实现这个目的。怎么写才是正确的呢？
# B3LYP/genecp opt=(ts,calcfc,noeigentest) empiricaldispersion=gd3
……
O 0.54252463 0.66498623 -2.54044820
H 0.24619478 -0.00701529 -3.15867354
H -0.21083132 1.00710250 -2.05361017
Cu 0
/N
****
C O N F Br 0
/N
****
Cu 0
LANL2TZ
赝势不能与自定义基组混用？
A:
这根本不是错误提示
错误提示在后头，因为你用了DFT-D但又缺少S8参数所致
无影响
能混用
Q:
我这种写法哪里有问题呢？
A:
/aini DFT计算耗时看的是GTF不是基函数数目。迫切需要弥散的时候ma-def2-TZVP是较好选择。
Q:
ma-def2-TZVP 没有 Br
[表情]
A:
def2-TZVP绝对有Br的定义，自行按照规则加个ma就完了
Q:
H 0
TZVP
****
C O N F Br 0
/N
****
Cu 0
/N
****
Cu 0
LANL2
[表情]对，就是这个意思，不会，弄不懂[表情]
[图片]
这个Cu的赝势到底加上去了吗
A:
[图片]
一看就不对
Q:
赝势有没有你截图不够，但基组肯定没有。。。
别 at 文件了，先都copy到输入里面能跑通再玩at
A:
+1
简单弄会之前别耍复杂的
Q:
Cu用了赝势能，Br是不是也应该用赝势呢
A:
不是必需的
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2016.07.22 17:48:52
Q:
大家有没有POV-Ray好看有质感材质的设置
ambient diffuse phong phong_size specular这些的设置
调了半天做出来的材质很廉价的感觉
[图片]
我想要这个效果的，Tachyon我不太会调。Pov-ray有哪些指令接口
A:
你把材质改成透明，颜色改成蓝色，用自带的tachyon能渲染出这种效果。
----------------------------------------------------
2016.07.22 19:10:56
Q:
, gaussian是默认把最后优化的轨道存在.chk文件中吧，关键词guess=save只保存猜测轨道，除了配合guess=only使用外，一般不用吧？
A:
对
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2016.07.22 19:55:06
Q:
sob老师，gaussian的电子积分是用内坐标算的吗
A:
都是先搞到笛卡尔坐标下再算
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2016.07.22 20:05:30
Q:
QCnewer撤回了一条消息
请问，在CCL上发了邮件提了问题的话，是不是就算加入邮件列表了？以后能收到其他人的问题和回复？
A:
你得确实收到了自己向CCL发的邮件才算成功。
订阅CCL邮件列表和向CCL发邮件问这是两回事
Q:
那请问老师是怎么订阅呢？
他这个界面实在是有点晕眼...
我发了一封提问邮件，收到了confirm邮件，已经确认过了
A:
这两天你收到其他人的讨论邮件就算是订阅成功了
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2016.07.22 20:06:09
Q:
各位前辈,能帮忙发一个含过渡金属元素体系的有关对称性破损的gjf文件,能够正常计算的。主要是想学习怎样计算破损态，怎样设置参数[表情]感激不尽。
没人教，找了好多资料，也没说具体的方法，就讲了一些概念
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2016.07.22 20:28:45
Q:
请问我阈值已经设置到了100，还是有大部分原子没有显示出来是什么原因？[图片]
A:
或许投影的位置本身就不在当前作图平面上
----------------------------------------------------
2016.07.22 21:04:51
Q:
老师，用高斯算激发态时，把基态的log文件转化成gjf输入，结果就成这样了
[图片]
A:
自己改chk路径
之前没有chk文件就别用guess=tcheck
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2016.07.22 21:26:50
Q:
老师，orca您分享的是不是不需要编译的吧。直接就可以运行？下载ing
A:
y
orca源代码是没有流出的
Q:
谢谢。您在振动光谱计算中说，结构差别比较大，出错的时候，这可以用readFCHT读取ForcedFCCalc关键词强行进行计算这个关键词是在第二步计算加这里吧？freq=(readfc,FC,readFCHT,saveNM) nosymm 把ForcedFCCalc 放在最后？
A:
末尾空一行写
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2016.07.22 22:40:39
Q:
[图片]
文件坐标不匹配，一般哪里出错了的
A:
top里最后的分子数设的和实际不符
Q:
是要跟坐标文件pdb相符吗
A:
y
Q:
我结构文件里没有sol这种分子，但命令中出现的进程怎么会有sol这种小分子
[图片]我的坐标文件pdb是有18个DRG,10个BBB,2个AAA,6个MOL,怎么还是不匹配呢，老师
[图片]
sol一般是什么分子类型的默认名啊
A:
有时候是自动生成的一些group名字，不用管
Q:
[图片]索引文件，这一栏是让我选吗，怎么选
[图片]
A:
选它干嘛，何故建立索引文件
Q:
也是，不该建立索引文件的
老师，怎样将命令后输出的文件存到另外一个文件里，总是输出到同一个文件里，文件多了，看起来好乱
不行吗，都只能默认输出在同一个文件夹里吗
A:
输出到哪都是自己决定的，自己改名，或者重定向到不同文件里之类
Q:
那老师怎样定向输出到文件里呢，比如输出Ia1.pdb,怎样标记可以让它输出到我指定的文件夹（output file)里
/opt/gromacs/bin/genbox_mpi -cp cc.pdb -cs spc216.gro -o Ia1.pdb
A:
自己用mv移动文件不就完了
文件名前面加上路径
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2016.07.22 22:56:56
Q:
老师，VASP用平面波算出来的频率要跟实验的红外对照，需要类似高斯那样乘校正因子再比较吗？
A:
乘。谐振近似和理论方法都有误差需要矫正
Q:
那从哪能查到各种对应的校正因子呢
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
Q:
老师，貌似博文里讲的是高斯基组对应的校正因子，没有平面波的吧？
A:
凑合用一个
强烈不建议用平面波计算分子体系！！！
分子体系要用量化程序来算
用平面波效率又低又不准
Q:
老师，是吸附体系，不是纯分子体系
A:
和实验有点系统性偏差没关系
要么自己用当前级别，算几个小分子和实验值对照来自己拟合出当前计算情况下的校正因子
Q:
哦，就是平面波计算的结果目前还没有现成的校正因子表或数据库之类的，要么自己拟合，要么就直接用计算结果跟实验的对比[图片]
A:
y
----------------------------------------------------
2016.07.22 22:58:18
Q:
计算芳香性时出现这样的错误
R6DC6: No C6 coefficient available for IA= 0
这是什么意思呢
A:
甭用色散校正
Q:
什么是色散矫正呀
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
我用的是wb97xd方法，没有使用什么色散校正
A:
D就是色散校正！
博文根本没看就问！
[图片]
Q:
那我应该怎么样改呢？？换方法吗，但是我优化时用的是这个方法
A:
换方法
算NMR本来就不需要和优化级别一致
更何况wB97XD算NMR并不比其它泛函有丝毫优势
----------------------------------------------------
2016.07.22 23:24:35
Q:
老师，orca的NEVPT2方法能计算吸收谱么？
A:
应该可以
Q:
[图片] 老师，你看看我输入有什么问题？这样出错了
A:
看报错提示
Q:
Using the following non-standard input for vibronic spectroscopy:
ForcedFCCalc
ERROR: The following wrong keyword(s) have been found:
FORCEDFCCALC
他认为这个关键词有问题
A:
[图片]
你写错了
----------------------------------------------------
2016.07.22 23:58:21
Q:
[图片]
查看等值面时，提示错误，并且没有7选项
A:
[图片]
看第四条
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2016.07.23 00:04:45
Q:
[图片]老师，它说违反规则，还能运行吗
A:
哪写违反了
Q:
[图片]
A:
那是名言
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2016.07.23 00:06:50
Q:
老师，我看到您发的cas的计算例子
第一步rohf是三重态 0,3 cas read 的时候是0,1 但如果计算的体系自旋多重度就是0,3的怎么办？
A:
就写0 3呗
试试便知
----------------------------------------------------
2016.07.23 01:03:10
Q:
老师，用Multiwfn找键径的时候少了一条该怎么办？
A:
如果是bcp没找出来，而且确信肯定有，调节临界点搜索参数或者用不同方式产生初猜再去找
截个图，看具体情况
Q:
[图片]
A:
因为你用了赝势
看了这个就明白了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
Q:
老师，看了博文，我用了def2-系列的小核赝势，找不到那条键径是正常现象，想对电子密度做拓扑分析，但现在用的高斯不能输出wfx文件，用fchk文件做的电子密度拉普拉斯图可信吗？
A:
可信。PS：即便不用wfx也可以用全电子计算得到全电子波函数
Q:
我问一下G09的非D版本是不是不识别def2系列不识别
A:
从B.01开始支持
----------------------------------------------------
2016.07.23 02:55:34
Q:
请教一下，为什么有的书上定义两个电子的密度函数前面的系数用N（N-1）而有的书上是用N（N-1）/2呢？
A:
有的将两个电子视为可分辨的，有的视为不可分辨的
Q:
老师，这两种定义是出于目的是什么呢？
A:
不同的人用不同的习俗
没有区别
----------------------------------------------------
2016.07.23 03:08:58
Q:
老师晚上好，有个小问题请教您。请问带有自由基的有机分子，我想做几何结构优化，需要注意哪些地方呢？[图片][图片]它和普通有机分子结构优化有什么区别？
A:
没有区别
Q:
谢谢老师，那请问charge之类的我应该怎么改呢？一般地charge是=0的，您看这种分子的charge为多少比较好
A:
1
----------------------------------------------------
2016.07.23 03:21:58
Q:
大家好这种情况HOMO-LUMO轨道的能量是多少？还是分别指认，谢谢~[图片]
A:
分别
Q:
[图片]
那要是直接根据HOMO-LUMO gaps 计算激发波长怎么计算?
A:
靠gap根本就不能算激发能
Q:
能否说HOMO是左面的-0.01094 LUMO 是右面的-0.02341吗？
A:
不能
分别说
Q:
老师激发能根据紫外计算吗
A:
[图片]
Q:
激发能不是HOMO-LUMO的能量差吗
A:
前后关系都没搞对
算出来激发能和振子强度才能获得紫外光谱
那是骗本科生的坑爹说法
[图片]
推导详见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=188
这里写着
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
TDDFT 是什么老师我只是知道DFT的简称
A:
[图片]
Q:
, 请问修改TDDFT频率分析的数值差分步长、差分步数(2步改4步), 可能使原本有虚频的结果发生改变吗？如果修改这些参数，老师有没有什么建议值呢~
(这个问题有些奇怪，是因为根据实验和CASSCF、CIS的结果，基本能确定当前TDDFT给的稳定构型不合理. 而对于合理的构型，TDB3LYP却给了一个虚频. )
A:
可能性不大
当前泛函不行就换泛函，别一味赖TDDFT
----------------------------------------------------
2016.07.23 03:53:10
Q:
[图片]老师，添加离子命令/opt/gromacs/bin/genion_mpi -s Ia1.tpr -o Ia1.pdb -p Ic.top -pname NA+ -np 1，选择0系统后，怎么出现了一个这样提示的错误，什么原因啊
老师，我的问题，老师知道什么原因导致的吗，[图片]，17是我画的一个小分子原子个数
[图片]老师，添加离子命令/opt/gromacs/bin/genion_mpi -s Ia1.tpr -o Ia1.pdb -p Ic.top -pname NA+ -np 1，选择0系统后，怎么出现了一个这样提示的错误，什么原因啊
A:
即曰：这个group原子数必须是17的倍数
[图片]
Q:
[图片]怎么就一定要是17的倍数呢
A:
[图片]
还不如把要打qq里的字打google搜索栏里
----------------------------------------------------
2016.07.23 04:19:17
Q:
有人用神威太湖之光吗
A:
一般计算化学程序在太湖之光上没法跑，alpha架构的
----------------------------------------------------
2016.07.23 05:36:06
Q:
社长，最近按您的方法（在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差）将我优化的结构与晶体比较了下，RMSD值是0.211，请问这个合不合理，是不是越小越说明两个结构相似。
A:
直接看图比较
字号不要超过12
Q:
好的，那RMSD的值有意义吗
我看有的文献把这个值写上去的，但没解释
[图片]
A:
有意义
衡量平均偏差
----------------------------------------------------
2016.07.23 05:39:35
Q:
gfinput pop=full iop(3/33=1) nosymm
基组一直都是sto-3g
这个写起来最简单
A:
何不直接从高斯自带的basis目录下的.gbs读
----------------------------------------------------
2016.07.23 05:43:13
Q:
老师，如何确定要加入的离子数量，看到帖子说可以根据中和电荷来定，具体怎么做呢，哪个命苦可以查出体系中电荷总数呢
命令
A:
grompp的时候就显示当前体系净电荷是多少
----------------------------------------------------
2016.07.23 06:00:03
Q:
请问有没有老师知道，目前荧光领域的前沿都有哪些？
A:
TADF
----------------------------------------------------
2016.07.23 07:28:13
Q:
%nprocshared=6
%mem=12GB
# opt b3lyp/3-21g
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
请问，这样机器和方法，算多少个原子以内比较现实？
A:
150原子吧，至多200个。
但还是要看耐性
----------------------------------------------------
2016.07.23 07:50:44
Q:
sob前辈能问一下：为什么计算出nbo的out文件中Natural Charge那一列为什么和gview给出的nbo charge数值不一样
A:
开壳层还是闭壳层的？
Q:
开壳层
A:
开壳层会输出三次，看第一次total的
----------------------------------------------------
2016.07.23 18:51:42
Q:
老师好，int=ultrafine这个关键词也可以加在单点能计算中吗？
A:
任何问题都可以加，单点这么基本的任务显然可以加
----------------------------------------------------
2016.07.23 18:59:45
Q:
对于计算工具GAUSSIAN 和spartan14 来说那个更好呢@meteor
A:
不用图形界面就不会做计算的人才用spartan
----------------------------------------------------
2016.07.23 19:45:20
Q:
老师，请问complex之间的电荷转移类激发能用CAM-B3LYP做吗？能解决TDDFT低估CT态激发能的问题吗？
A:
能
----------------------------------------------------
2016.07.23 20:58:22
Q:
[图片]请问老师，高斯结束的时候这种情况是什么原因？
[图片]
请问这个是什么提示？
[图片]请问老师，normal termination之后继续运算是什么原因啊
A:
甭从chk里读信息
----------------------------------------------------
2016.07.23 22:48:51
Q:
请问，CCSD(T)算下来的是0K的能量，还是298K下的能量？
我还有个问题，物理上的吉布斯和量子化学上的吉布斯能，不是一回事吧？我感觉不能用G=H-TS解释
[图片]
那这样的温度曲线是如何做出来的呢
那我不明白的是，0K和100K的时候，是不是0K的时候加零点矫正，100K加吉布斯矫正？
为什么呢？是不是吉布斯矫正里已经包含了零点矫正。比如说ΔG=R+ΔZPE(R是随温度变化的一个值，当0K时，R为0，ΔG=ΔZPE)，可以这样理解吗？
A:
这些热力学基础都不懂的话把这两篇仔细看了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
单点能根本和温度八竿子打不着。还有一些外行居然说几何优化得到的是0K下的结构，完全是概念上一团浆糊。
----------------------------------------------------
2016.07.24 00:38:08
Q:
[图片]老师，请问一下，图中铝氧键优化成功后一直断开是什么原因啊？有什么办法可以使她们不断开？@Sobereva
A:
gview自动根据距离判断的，只要距离在自己认为的合理范围内就没事。
模型不合理、计算级别不妥，也会导致一些键比预期的长
----------------------------------------------------
2016.07.24 04:20:28
A:
gview自动根据距离判断的，只要距离在自己认为的合理范围内就没事。
模型不合理、计算级别不妥，也会导致一些键比预期的长
Q:
fchk文件里面有没有基组信息？
A:
无
Q:
multiwfn算电子密度需要基组信息吧
c*e^(-ar^2)里面的c和a从哪儿读的？
A:
不是基组信息，而是对分子中各个原子的基函数定义信息
----------------------------------------------------
2016.07.24 04:22:35
Q:
老师，两个原子的距离是在范围之内的，但是有什么方法可以让他成键呢？@Sobereva
A:
自己连
----------------------------------------------------
2016.07.24 04:35:59
Q:
请问大家怎么用高斯计算每个构象的玻尔兹曼分布的已经对每个构象进行了ECD计算但是不知道怎么计算玻尔兹曼分布无法进行加权叠加
A:
字号不要超过12，群共享里群规说了
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
----------------------------------------------------
2016.07.24 04:46:20
Q:
一个有机分子，计算出来的原子电荷正负，能说明正的表示离子键成分大，负的表示共价键成分大吗？
A:
得看成键的两个原子之间的原子电荷差，还得考虑邻近的原子。
----------------------------------------------------
2016.07.24 05:09:22
Q:
sob老师写程序的时候不喜欢用implicit none啊
A:
我从来都是implicit real*8 (a-h,o-z)
Q:
这样容易出个小错误检查不出来吧
A:
有经验就不会犯错
比起自己声明变量省事太多了
我>95%的变量都是隐式声明
这真是Fortran的一个极好的点
Q:
不过，我觉得隐式声明的代码不好读
A:
好读
----------------------------------------------------
2016.07.24 05:22:32
Q:
老师，那是用《从H到Lr所有元素的全电子波函数文件》里的对应原子的输入文件作为基组信息吗？
如果想用全电子计算得到全电子波函数的话
A:
根据实际情况选择最适合的全电子基组，能用的这里写了
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
没自带的就去EMSL上拷定义
----------------------------------------------------
2016.07.24 05:57:37
Q:
有个问题请教大家，Linux 计算的结构优化得到.chk文件，在window下的gaussview打不开，我试过几种方式但还是不成功
1.在学校的cluster上使用绝对路径的方法使用formchk 文件名.chk 文件名.fchk, 报错是 disk quota exceeded
2.我又使用关键字exportGAUSSEM*=200000000,还是报错，cannot allocate memory
请问大家有没有什么更好的方法得到window下可以打开的fchk文件？？
A:
exportGAUSSEM都拼错了，是export GAUSS_MEMDEF
Q:
不行，显示内存不够
老师，请教一个问题，我需要在windows下打开一个chk文件，直接打开报错如下：
[图片]
想在Linux下转成fch文件再打开，又有报错，情况如下：
[图片]
请问应该怎么解决呢？谢谢老师！
怎么解决？
A:
用scf=qc
Q:
其实，我已经试过了
A:
或者用IOp(5/15=2)
Q:
都不起作用
这是我的问题， Linux 计算的结构优化得到.chk文件，在window下的gaussview打不开，我试过几种方式但还是不成功
1.在学校的cluster上使用绝对路径的方法使用formchk 文件名.chk 文件名.fchk, 报错是 disk quota exceeded
2.我又使用关键字export GAUSS_MEMDEF=200000000,还是报错，cannot allocate memory
请问大家有没有什么更好的方法得到window下可以打开的fchk文件？？
A:
200000000才200MB，再多写个0
集群上那个报错是硬盘空间余量不够，清点垃圾
Q:
我试过写到1000M,显示不可以分配内存
A:
自己装个虚拟机，装同版本gaussian，放自己虚拟机的linux转
Q:
那个是学校的cluster,有164个节点，应该不会是垃圾的问题
A:
这和节点数目有毛关系？
看的是你那个节点本地你的硬盘配额中剩余的空间里量
若自己装虚拟机，硬盘总有的是地方
Q:
装个虚拟机？没装过，不会搞[表情]
A:
不会就google vmware
Q:
好的好的，刚才您说我自己节点下的空间磁盘不够，是不是我把我其他正在算的任务停了，就有可能成功转换
A:
跟其他任务没关系。清理硬盘上垃圾文件，或者把占地方的文件挪走一些
----------------------------------------------------
2016.07.24 06:24:21
Q:
sob老师，请问做小分子多反应通道的寻找，找到TS后，用multiwfn的哪些功能去进一步分析处理，比较好发文章啊
A:
看你目的
功能这里都介绍了，看一遍找对你有用的
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Q:
就是找到多个反应通道后，想进一步深入分析，高大上一些
A:
键级、原子电荷、电荷转移量、ELF等等都可以分析
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
----------------------------------------------------
2016.07.24 06:38:27
Q:
人生苦短，快用python[表情]
py
A:
说来，用google和百度搜py，特别能体现这俩搜索引擎境界、格调上的差距
Q:
...sob老师堕落了[图片]
A:
无
堕落的是百毒
要认清百毒对科研、学术毫无用处
Q:
哈哈
说好的不用百度呢[表情]
A:
只会带坏小朋友
----------------------------------------------------
2016.07.24 06:59:47
Q:
fchk文件里面有没有基组信息？
A:
无
Q:
multiwfn算电子密度需要基组信息吧
c*e^(-ar^2)里面的c和a从哪儿读的？
A:
不是基组信息，而是对分子中各个原子的基函数定义信息
----------------------------------------------------
2016.07.24 17:40:32
Q:
[图片]问下老师，opt td 计算的时候出现这个错误的原因是？
谢谢，应该不是这个问题
A:
程序对角化失败，数值巧合
是老版本就换新版本
最新版本还不行就换方法基组
或者用个int=ultrafine说不定恰好bypass这个bug
Q:
好的老师 [图片]这个是泛函看下有无问题
[图片]
A:
跟泛函无必然关系
Q:
[图片]好的，老师，我看下，再请教一个问题，就是这种体系计算紫外吸收和NMR建议用HF成份高的泛函还是？比如MO62X
A:
先考虑PBE38
Q:
PBE1PBE呢？
b3lyp这些都没必要试么？
A:
[图片]
Q:
老师你上次建议荧光用HF成分高的泛函，意思大共轭体系是紫外和荧光计算需要泛函不一样是么？
好的，谢谢老师的指点
A:
从来没说过荧光要用高HF的泛函
吸收和发射用的泛函选择标准都一样，看你的体系类型和电子激发类型
----------------------------------------------------
2016.07.24 17:45:31
Q:
各位老师好请问我用multiwfn计算的CDC是这样的黄色区域代表界面，后面的部分高于界面这是不是以为着错误呢[图片]
A:
信息量不足，看不出有什么问题
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2016.07.24 18:46:45
Q:
老师，想知道某个激发态中每个分子轨道所占的百分数。应该如何计算？是直接将轨道后边的系数平方？还是用Multiwfn进一步计算？我看了您写的文章和Multiwfn手册，都是写轨道成分计算。没有得到想要的答案。[图片]@Sobereva
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2016.07.24 18:56:00
A:
很可能说明基态是三重态。应该基于0 3来做TDDFT
Q:
但是中性的单重态其优化，单点均稳定于三重态，波函数的稳定性也是单重态稳定
A:
单重态是基态就不可能算出负激发能
要么就是没收敛到单重态中的基态波函数
用stable测
Q:
用stable 测俩个都是稳定的
A:
stable测出来是稳定的TDDFT就不可能算出负激发能
stable原理上和TDDFT很相近
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2016.07.24 21:42:15
Q:
设正常解得的第n步的密度矩阵为D_(n)，阻尼方法使实际用于构建第n+1步Fock矩阵F_(n+1)的密度矩阵变为D'_(n)，D'_(n)=w*D_(n-1)+(1-w)*D_(n)。w是权重系数，既可以设为常数也可以根据迭代过程动态调整。
sob老师，这里面的w一般是多少？
A:
没考察过。估计0.6~0.9比较合理
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2016.07.24 22:13:17
Q:
《量子化学波函数分析--原理与实践》这本书现在有开始撰写吗？它现在处于什么状态？很期待。谢谢。
A:
八字没一撇。
《实用计算量子化学》出版后才会开始写这个
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2016.07.25 01:17:23
Q:
为什么我在高斯输入文件里面加入opt, fchk文件才有MP2的密度信息？
A:
大抵是优化时依赖于MP2密度所以才写进去
但只要你写density就完了
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2016.07.25 02:08:37
Q:
请问def2系列基组如def2-tzvp，def2-qzvpp，弥散成分的增加是依靠TZVP，QZVPP的zeta部分的增加（TZ,QZ)还是依靠极化部分（P，PP）的增加？谢谢！
A:
zeta
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2016.07.25 03:59:09
Q:
比较几个中间体的稳定性，可以比较他们的绝对能量吗？或者还有哪些参数可以用来衡量他们的稳定性？（同一体系，如甲苯和Cl在不同位点形成的三种中间体）谢谢！
A:
可以
用自由能相比最佳
Q:
谢谢sob老师，自由能和反应能垒是一回事吗？
A:
[图片]
[图片]
Q:
算出的自由能磊是负值，怎么办呢，要重新找过渡态吗@Sobereva
A:
既可能过渡态没找对，也可能本身就没有严格意义的过渡态
Q:
找的过渡态只有一个虚频，电子能磊是正值，很小，零点几，自由能磊是负值，可以认为这个反应的能磊很小或者几乎没有能磊，，反应速度特别快吗
A:
可
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2016.07.25 05:36:56
Q:
请教群主，vmd中氢键的几何判据就是HOO角度和OO间距么？为何下图中的结果，键长键角按照3.5A和30°的判别标准，vmd只给出了绿色的那一个氢键呢？另外两个黄色的vmd没有认出是氢键，但是键长键角是在3.5A和30°范围之内的
[图片]
有一个30.34°的不是，但另一个2.97A ，24.39°那个为什么没有算呢
A:
图看不太清楚，上头那个键角已经大于30度了
Q:
那个不算，但是左边的为什么不是呢
A:
左边看不清楚
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2016.07.25 05:56:37
Q:
sob老师，计算模糊键级出现这个问题怎么解决啊
[图片]
A:
直接回车
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2016.07.25 08:00:19
Q:
请问，使用 gaussian 中的amber力场方法时，如果没有给个别原子赋与电荷，程序是否会自动给这个原子赋与0电荷？
A:
会
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