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标题: 求助如何判断聚合物体系是否达到平衡 [打印本页]

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Author: 古德猫宁341 时间: 2023-6-27 15:18
标题: 求助如何判断聚合物体系是否达到平衡
各位老师好，我想知道对于聚合物体系，在跑NPT的时候，我该如何判断体系是否已经达到平衡呢？
我看了sob老师发的文章《谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡》，不过里面有没提到聚合物。我在gromacs forums上（https://gromacs.bioexcel.eu/t/ho ... rum-time-in-md/1206）看到有老师说在确保温度、压力等性质平衡的前提下，如果均方回转半径随着时间变化变得稳定，就可以说体系平衡了；不过我也有看到有老师说可以通过末端向量和均方位移等性质来判断是否达到平衡；想问问各位老师哪一种方法更合理呢？是否有相关的文献推荐？谢谢

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Author: sobereva 时间: 2023-6-28 00:12
所有聚合物分子的平均的均方回转半径随着时间变化可以作为判据之一

作者
Author: 古德猫宁341 时间: 2023-6-29 13:14
本帖最后由古德猫宁341 于 2023-6-29 13:30 编辑

sobereva 发表于 2023-6-28 00:12
所有聚合物分子的平均的均方回转半径随着时间变化可以作为判据之一

感谢sob老师，我这里还有一个问题。这张图里Rg随着时间变化上下波动在0.05nm左右，但是总体好像稳定在4.23nm左右。请问可以判断体系平衡吗？盒子里总共有36条聚乙烯链，我用-nmol 36命令计算的平均均方回转半径。 (, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 23:24

古德猫宁341 发表于 2023-6-29 13:14
感谢sob老师，我这里还有一个问题。这张图里Rg随着时间变化上下波动在0.05nm左右，但是总体好像稳定在4.2 ...

光从这指标来看可以算是平衡了

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