公社群聊Q&A整理：2016.07.25 18 ~ 2016.07.30 01 Concate（含既往全文） - 计算化学公社

2016.07.25 17:00:28
Q:
请问，如果某分子构型没有优化只进行了频率计算，结果没有虚频，那能判定这个构型是稳定的吗？
A:
不能
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2016.07.25 17:02:06
Q:
老师您好，我初猜一个结构，计算自由基，用STO-3G 基组自旋极化能分离，但是用6-31G 基组怎么算自旋极化都是0，有什么建议吗？ #p UwB97XD/6-31G guess=mix scf=nosymm stable=opt
A:
#P UM062X/6-31G* guess=mix nosymm。不行再说stable=opt或片段初猜
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2016.07.25 17:21:50
Q:
请问NICS值能衡量离域电子的多少么？
A:
只是侧面体现离域程度，没法说多少
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2016.07.25 18:52:29
Q:
老师，molclus程序是不是每次只能跑一个作业呢，因为我看molclus程序中每次只能输出一个iosmers.xyz文件，如果跑着一个作业的同时再交一个作业，那么直接就覆盖掉前面那个了是吗
A:
一次molclus只能跑一个任务。如果同时跑多个你就复制几份，在不同目录下分别让molclus跑traj.xyz中不同的部分
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2016.07.25 19:32:22
Q:
请问有人知道科学计数 1.0D-6和1.0E-6的区别吗？
A:
[图片]
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2016.07.25 19:33:37
Q:
老师，为什么用Multiwfn和高斯算出来的Chelpg电荷不同呢？高斯关键词如下：
# hf/6-31g(d) pop=chelpg guess=read geom=allcheck
左边是multiwfn算出来的，右边是高斯的。
1 C 0.000840 1 C 0.093974
2 C -0.245972 2 C -0.416006
3 C 0.340023 3 C 0.619099
4 C -0.219239 4 C -0.412260
5 C -0.024490 5 C 0.092011
6 N 0.103562 6 N -0.004723
7 C -0.311964 7 C -0.561893
8 C -0.049529 8 C 0.084307
9 C 0.099593 9 C -0.000390
10 C -0.073079 10 C -0.002172
11 C -0.238838 11 C -0.377743
12 C 0.322159 12 C 0.508823
13 C -0.207806 13 C -0.327063
14 C -0.135703 14 C -0.102579
15 N -0.208884 15 N -0.369209
16 C -0.010205 16 C 0.036975
17 C 0.003338 17 C 0.078933
18 C -0.215610 18 C -0.201399
19 H 0.145075 19 H 0.165336
20 H 0.155366 20 H 0.191708
21 H 0.151622 21 H 0.195361
22 H 0.152547 22 H 0.163448
23 H 0.142992 23 H 0.201427
24 H 0.104456 24 H 0.112936
25 H 0.107699 25 H 0.117859
26 H 0.139237 26 H 0.173645
27 H 0.138257 27 H 0.170219
28 H 0.118679 28 H 0.135794
29 H 0.043792 29 H 0.028860
30 H 0.043596 30 H 0.028860
31 H 0.087318 31 H 0.084907
32 H 0.079554 32 H 0.068027
33 H 0.043235 33 H 0.022554
34 H 0.043255 34 H 0.022554
35 H 0.123046 35 H 0.122451
36 H 0.122695 36 H 0.122451
37 H 0.129380 37 H 0.132916
A:
积分格点设置不同
而且拟合静电势方法被包埋原子数值随意性大
Q:
谢谢老师那我用multiwfn把积分格点设置的与高斯相同，算出来应该就差不多了吧
A:
很难精确相同
也没必要非得和高斯一致，本来multiwfn的结果就是对CHELPG算法的正确实现
Q:
我感觉是不是multiwfn默认的设置精度更高，因为我用multiwfn算的时候用的时间更长点。。
A:
和这个没关系，不同程序计算静电势速度不同
Q:
懂了谢谢老师
老师，Multiwfn能计算大约多少原子静电势的值呢？
A:
还得看基组
GTF很多的时候最好借用cubegen算静电势，速度快不少
Q:
老师，那6-311（d,p）基组能算大约多少个？
A:
CHON体系十几个
这具体也看你具体做什么
算一个点立马就出来，算个格点数据，特别是格点间距较小时，含好几十甚至上百万个点就吐血了
凡是牵扯到很耗时的静电势计算任务，诸如分子表面静电势分析，Multiwfn基本上都留出特定选项允许读取cubegen计算的静电势。cubegen算大体系静电势比Multiwfn快，但计算其它东西都比Multiwfn慢一个数量级
Q:
嗯嗯，老师，我用cubegen算的时候，不是总是内存不足吗？那我把格点间距调大，会不回就可以了
A:
格点间距设大，点数就减少了，当然也能解决问题，结果当然也就糙了
你用prop、cube关键词
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2016.07.25 22:49:29
Q:
老师，我按您的一个帖子试算了一下H2的自旋极化单重态，初猜波函数是stable的，有自旋极化分离。但是一优化就又回去了，优化不出来单重态自由基。 # UHF/6-31g* guess=read scf=nosymm opt
A:
guess里面同时写always
# UHF/6-31g* guess(mix,always) nosymm opt
Q:
ok。谢谢Sob老师。我试试。
[图片][图片]
优化了还是不行
A:
距离不够远
Q:
第一个是初猜的结构
第二个是优化后的
A:
只有在不稳定点距离以上才有双自由基态
优化完了都缩到普通成键长度了，还有双自由基态才怪
Q:
我初始构型，设的距离1.85可能还是不够
还是跑回去了。
A:
不是初始的事，是你优化完了最后的距离
俩H自由基，优化完了能不吸到一起成键去？
一看势能曲线就明白
Q:
但是如何控制呢？譬如一个有机分子。想得到自由基，优化这个距离如何设定它呢？
A:
有机分子根你的H2情况截然不同
博文里有丁烷双自由基例子，一算就明白
Q:
嗯，这个例子有也有看。我现在一个结构就是在sto-3g基组能成功，基组加大就怎么也优化得不到自由基了。
A:
不是基组的事
Q:
就是加大基组，6-31g，guess=mix stable=opt，初猜都得不到极化分离的波函数。但是sto-3g就可以。优化完也稳定。
A:
那是你对对称破缺计算理解不深
而且6-31G这么恶心的基组怎么能用，即便当前问题跟这无关也不能用这么恶心的东西
6-31G=恶翔
这是常识
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
看来我真的是该多看看。
多谢谢了。
A:
[图片]
Q:
您觉得我这个问题是不是跟初始构型关系更大吗？
A:
没具体光这么空说没法说。连具体结构都不知道说根本没法说构型问题
Q:
[图片]
[图片]
或者后者
A:
你这体系结构上都看不出来什么双自由基特征
如果STO-3G有，看看自旋密度，如果双自由基特征都很弱，没准是因为基组太烂导致的artificial的双自由基态
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2016.07.25 22:53:46
Q:
[图片] 这是我的激发态优化最后一次输出，可以看出我的荧光波长是515.88 nm ，对吗
A:
对
Q:
[图片]也就是把400的那条线去掉就对了，是吧
368.62的太小，忽略的话
A:
y
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2016.07.25 23:16:34
Q:
[图片]能量最小化收敛了，但没达到要求的最大力，这能进行MD吗
A:
MD跑跑，不崩就行
Q:
若崩溃了，要紧吗
A:
当然要紧
Q:
老师，若崩溃怎么办，哪里看出崩溃的迹象，要重新MD吗
A:
MD崩溃要么是EM不够充分导致初始结构不合理接触厉害，要么是力场设置不合理之类
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2016.07.26 01:44:45
Q:
[图片]老师在吗，为什么我输入nohup...&,不能运行呢
A:
nohup本身就是系统的命令加什么路径
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2016.07.26 02:36:58
Q:
大家好，就是我想问一下比较不同分子的反应位点时怎么考察的全局软度，局部软度和减缩局部软度应该怎么计算呢？不是很明白要怎么比较不同分子的反应位点哎，谢谢。
A:
福井函数*全局软度=局部软度
简缩福井函数*全局软度=简缩局部软度
自己根据IP、EA算出来全局软度，乘到Multiwfn算的福井函数、简缩福井函数就完了
Multiwfn里怎么操作在4.5.4节、4.7.3节都有例子
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
Q:
嗯嗯，好的，，谢谢你。不过IP EA是什么呢原谅我
A:
垂直电离能，垂直电子亲和能
Q:
这个要怎么算呢？老师哪里也有教程吗？
A:
典型的还没google就紧接着问
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2016.07.26 02:50:58
Q:
老师我想请教一下对于开壳层体系（4个单电子），在Gaussian中进行NBO分析后，Alpha MO和Beta MO是分开表示组成的，我如何知道哪个Alpha和Beta是成健轨道以及这个成健轨道的原子轨道组成，以及判断哪个是SOMO呢？
A:
这根NBO有何关系？NBO和MO完全是对立的
Q:
我表示的不合理
就是NBO计算后，会生成Alpha的BD 以及Beta的BD，我该选取哪一个作为HOMO呢？
当然这个HOMO与分子轨道理论得出的HOMO应该不是一回事，但是我也看到有人写说可以近似这样认为
A:
HOMO,LUMO是对MO来说的，NBO哪来的前线轨道？
基本概念还没搞清楚
Q:
我会好好查阅基本概念的
回到MO，对于闭壳层体系，两种电子没有分开表示HOMO和LUMO好找，但是对于开壳层，我该如何确定HOMO呢？能量由高到低情况下认为第5个Alpha轨道为HOMO就可以了吗（体系4个单电子）？
A:
分别说alpha和beta的HOMO、LUMO
Q:
我看到Gaussian有个关键词Biorthogolize 可以通过它把alpha和beta拉在一起吗？
使用pop=Biorthogolize
A:
垃圾关键词
用那个东西还不如直接用RO
[图片]
开壳层怎么着HOMO、LUMO每个月至少被问一次
要么分着自旋说，要么甭说
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2016.07.26 04:35:19
Q:
请教一下在用opt=qst2寻找过度太时用CCSD(T)/aug-cc-pvtz
出现了以下问题Post-SCF densities or gradients only with
Real MP2, MP3, MP4SDQ, CI, CCD, and QCI.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l1.exe at Mon Jul 25 20:28:34 2016
是什么原因呢？
A:
甭用没有解析梯度的方法优化
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2016.07.26 05:06:02
Q:
老师，B原子和F原子优化可以用6-31G基组吗？为什么我在windows系统下的高斯优化四氟硼酸老是优化不出来？
[图片]
这样的是什么错误？谢谢老师
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
专门批用6-31G的现象
Q:
老师，我的输出文件是什么错误？还有Ph2IBF4也优化不出来？
A:
什么叫优化不出来？任务意外终止？还没算完？
Q:
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
谢谢老师，我这个不是因为基组选择错误吧？
A:
也有可能
6-31G即便能收敛结果也没意义，发文章立马被打回去
Q:
我是先用这个小基组优化，可是它怎么出不来？[表情]
A:
因为这基组太脑残
小基组再小比起6-31G*小也无意义
拿这当预优化毫无用处
看见6-31G就火大
Q:
老师，那我可以用什么基组不错？
A:
Sobereva(190258442) 21:21:40
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
专门批用6-31G的现象
Sobereva(190258442) 21:21:40
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
专门批用6-31G的现象
Sobereva(190258442) 21:21:40
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
专门批用6-31G的现象
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2016.07.26 05:08:13
Q:
求问，multiwfn计算NBO轨道时怎么能够快速找到我要的轨道
[图片]
我想要我需要的轨道，但是300多个，我怎么知道选择哪个
A:
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
看哪个轨道就在主功能0里点哪个编号就完了，多容易！
Q:
老师，我知道，但是我现在找不到轨道的编号
A:
怎么找不到？
序号都在NBO输出信息里啊
Q:
[图片]您是说这里的编号吗
A:
不是这个还能是什么
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2016.07.26 05:30:53
Q:
老师，MS绘制小分子的时候，在复制多个小分子在MS界面里，小分子位置不好移动，[图片]同类的小分子都复制在一起了，你觉得这样要紧吗，能量最小化后，小分子会随机分布吗，若会随机分布，那MS中小分子位置岂不可以不用管
A:
肯定得把分子移开一些，不然这么强烈不合理接触，马上就崩了
Q:
老师，运行崩溃的迹象是什么啊，哪里能看出mdrun运行崩溃了
A:
人死了迹象就是心脏不跳了
Q:
[图片]一直是这界面
A:
若top里还在跑，log还在更新显然不可能崩
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2016.07.26 05:31:23
Q:
请问老师,G09 D01 中计算BOMD时,默认的Stepsize是多少
A:
RTFM
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2016.07.26 06:06:37
Q:
老师，我想问一下，算激发态的目的是什么
老师，我算激发态之前，是不是需要先（OPT+FREQ)基态?
A:
字号不得超过12号。不要用难受的颜色
先把这个仔细看了Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.07.26 06:27:57
Q:
做cas激发态总出现l510错误，是什么意思呢？这个错误并不常见的说
A:
看报错提示，不要老说lxxx出错
Q:
不收敛
如果都是不收敛，cas也是参照SCF情况吗
A:
换基组、换初猜、调整活性空间
MCSCF不收敛主要就是上述因素
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2016.07.26 06:44:29
Q:
对于催化反应，蛋白环境不仅能改变能垒，甚至能改变反应历程，这话对吗？
对于前三周期的元素，hf/3-21g和PM6 哪个精度要好一点？
A:
前者。但是算生成焓的话后者往往更好
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2016.07.26 06:56:05
Q:
我想用高斯09的cubegen来计算cube，是不是准备好 fchkfile，然后输入命令:cubegen 0 density=scf test.cube 0 h就可以了？这个cubegen要怎么操作？谢谢大家！
A:
没特殊必要甭写=scf
Multiwfn算电子密度格点数据比cubegen在四核机子下快一个数量级，比cubegen方便得多
Q:
恩恩，谢谢sob，我只需要cube文件，用高斯咋用cubegen呢？是需要写个输入文件之类的吗？谢谢，我有点不明白
A:
Multiwfn也能产生cube文件啊
用cubegen干嘛，又要记命令，速度又慢一个数量级，格点设定还远不如Multiwfn方便
Multiwfn里你算完格点数据直接选导出cube文件就完了
cubegen除了算中、大体系静电势速度较快外已经完全useless了
启动Multiwfn，依次输入诸如
H2O.fch
5
1
2
2
立马在当前目录得到density.cub。问答式操作，根本都不用记命令
Q:
multiwfn功能确实很强大，我用过它做别的东西，确实很好用。但是因为要用到一个程序(算法有点特殊，没办法)，它需要高斯的cube，所以我还是想知道高斯怎么操作？谢谢sob老师，我觉得挺不好意思的。
A:
Multiwfn和cubegen产生的.cub文件格式是完全一样的，非要拴在cubegen上干嘛
非要用cubegen直接看高斯手册的说明
绝对没有任何程序非得用“cubegen产生的.cub文件”
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2016.07.26 14:51:09
Q:
非数学专业，搞不清一些名词，求教。cusp condition是翻译成歧点还是奇点呢？“奇点”这个比较清楚，数学中的名词，而且所查的英文和中文描述的意思都能对的上，而“歧点”这个词网上搜都搜不到，但是在有些中文文献中还总能看到，这个歧点到底是什么东西呢？
我想知道的是“歧点”这个东西。。。
是不是一个东西啊、、
A:
歧点
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2016.07.26 19:46:37
Q:
neb方法是不是相当于一维反应坐标扫描？
认识作者？
这个是不是跟选择的泛函有关系、
sob网传高斯算的最大原子数少很多，是否真实？不包括用onion
A:
不是扫描，只不过是一种基于反应物和产物结构能给出相连IRC的做法。而常规量化走IRC都得先得到TS
Q:
比dmol
A:
没这回事。真正碰到能达到高斯内设的最大原子数上限的体系，dmol3根本甭想跑得动
Q:
多谢，那网传错误了
A:
不算是错的，只不过是一种便于解释和理解问题的粗略的模型，并没有对应的物理实景
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2016.07.26 20:16:10
Q:
哪位高人给我科普一下最简单的杂化轨道，在计算里是怎么验证的？例如甲烷的sp3杂化。我看甲烷的分子轨道，占据的四个最高轨道，还是三高一低不一样呀。这四个键不应该是一样的吗？
A:
常规量化计算里根本没有杂化轨道的概念
NBO分析里的NHO是自然杂化轨道，但和结构化学里那种主观臆测异想天开的杂化轨道也不完全是一回事
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2016.07.26 22:25:03
Q:
请问老师，turbomole算CCSD(T)得到的能量是零点能还是自由能？
A:
显然是电子能量
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2016.07.26 23:10:22
Q:
请问两个态 dipole moment difference 和 transition dipole moment 区别？
A:
[图片]
Q:
老师，用density=all得到的基态和激发态偶极矩相减应该是difference吧？怎么从输出文件里得到跃迁电偶极矩呢？
A:
不要写density=all
要得到某个态的偶极矩写density就完了
跃迁偶极矩就在输出文件里，仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.07.26 23:18:40
Q:
做oniom时，从N-H 键切断可以吗？
做oniom时，从N-H 键切断可以吗？N是MM区，H在Q区。
A:
这很诡异
H另一边已经不连着原子了，能断非键作用的就不要断成键作用区域
Q:
因为这个正电H与QM的负电O形成了氢键。我想把它包括进来。
如果把这个H放在MM区的话，它还能与QM的负电O形成了氢键吗？
A:
这靠原子电荷表现就够了
打断共价键造成的误差比打断非共价作用大得多
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2016.07.27 00:51:22
Q:
gaussian里面，柔性scan如果有一个点跑到最大cycle也没有收敛，那么是怎么处理，是整个任务die掉，还是跳过这个点继续scan后面的点。
我的习惯是看结果~~扫出来就不扫了~~~
没扫出来继续扫
A:
跳过继续搞。然后自己再用适当关键词通过限制性优化把这个点手动搞出来
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2016.07.27 01:01:40
Q:
@Sobereva老师，能给你重组能的计算公式吗？
A:
我不需要
Q:
哦！对不起，打错字了
您能给我说一下重组能的计算公式吗？
A:
这里写了
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
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2016.07.27 01:08:04
Q:
[图片]老师请问这个是什么错误
A:
硬盘写满了
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2016.07.27 01:15:47
Q:
老师，运行molclus程序时出现这种状况[图片]，有没办法可以设定.chk文件存放目录
A:
只能备份到当前目录
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2016.07.27 01:17:01
Q:
请教各位：
multwfn中，f（o）f(c1) f(s2)等与正规F轨道书写（例如 fxyz fxz2）是怎样对应的？
A:
球谐型与笛卡尔型Gauss函数的转换关系
http://sobereva.com/97
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2016.07.27 01:21:22
Q:
[图片]
请问大家有用高斯做过nbo分析出现这种错误的吗应该怎么解决呢
A:
贴关键词
Q:
[图片]
A:
# M06/6-31G** scrf=SMD int=ultrafine pop=NBO再试
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2016.07.27 01:33:43
Q:
大家好，我是一名Amber初学者，现在遇到个问题
[图片]
A:
在图形环境下才能用xleap
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2016.07.27 03:43:43
Q:
请问老师，算出单点能之后，分别加上零点相关能矫正因子和吉布斯自由能矫正因子的意义是什么？
A:
这些热力学基础都不懂的话把这两篇仔细看了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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2016.07.27 04:06:10
Q:
Density matrix breaks symmetry
这个把D6h降到Cs了
很奇怪，我用z-matrix优化，就降到D2h了。这是怎么回事？
SCF=qc这个算不动
A:
增加积分格点精度再试，或者用HF
积分格点不高、含有弥散函数都可能降低对称性。
如果实际基态波函数本身比初猜的低，用默认的DIIS也可能降低波函数对称性。
不是非得scf=qc，之前说过用iop也可以等效地维持住波函数对称性成为初猜情况
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2016.07.27 04:24:21
Q:
老师好，如果使用 opt freq int=ultrafine做结构优化，优化完成后计算频率时，会自己动读取 int=ultrafine 吗？
A:
会
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2016.07.27 04:52:14
Q:
一直不明白耦合是什么意思，大家谁能通俗讲讲耦合什么意思吗，像温度耦合，压力耦合
A:
温度耦合、压力耦合在MD里一般就是指控温、控压
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2016.07.27 05:04:51
Q:
[图片]请问谁有这两份资料啊，我在计算化学公社还没有权限下载，好可怜
A:
怎么获得积分看置顶的新人必读
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2016.07.27 05:11:06
Q:
大家好，请问简并福井函数算出来f-都是负的，f+都是正的还对吗？
还是只是比较相对值的呢？不影响吗？
A:
多数情况简缩f-、f+都是正的。如果老是算出来负的说明符号搞错了。公式在Multiwfn手册4.7.3有
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2016.07.27 05:14:22
Q:
目前高斯最新版是D-01吗。？[表情]
A:
E.01
Q:
噢噢。谢谢大社长。D版和E版算出来的能量和结构差别大吗。
A:
不
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2016.07.27 05:26:28
Q:
我想请问下，用multiwfn产生potential.cub文件，就像这样的，谢谢
[图片]
A:
病句
Q:
[表情]
就是想通过fch文件获得potential.cub
A:
之前给过你Multiwfn算电子密度cube文件的例子，把选择要算的函数那一步改成选择静电势就完了
Q:
我试了改命令，但是没成功
每次产生的都是density.cub
A:
你选择函数的时候选的啥？截个图
你选的100%还是electron density
该输入什么屏幕上都有提示
Q:
后者
[图片]
我这个地方应该选择8吗？
A:
12啊
8是基于原子电荷或核电荷算的静电势
这些函数在手册2.6节都有极为详细的说明
Q:
[图片]
我产生的是这个文件，为啥跟我刚才发的截图有点不一样？而且圈圈的那个值好大？
A:
跟你之前的格点设定不一样，这个点对应的笛卡尔坐标都不同，数值一样才怪
Q:
我写的命令是5 12 2 2，是不是在第一个2那选择不同的格点，结果就不同呢？
A:
显然会不同
每个点的位置是根据原点、平移点数、平移矢量来确定的，不同格点设定下这三项都可能不同，而不同位置ESP数值必然不同
最好把此文看明白
Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用
http://sobereva.com/125
Q:
谢谢，我先看看这个
[图片]
这个地方的1是不是相当于高斯的coarse，3相当于fine呢？
A:
完全不一回事
高斯那三个标准定义的是不同大小的格点间距，Multiwfn这三个定义的是总点数
Multiwfn里要想直接定义格点间距就选4
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2016.07.27 06:14:05
Q:
请问高斯怎么更新自带的NBO版本?
A:
买更新的挂着高斯的版本，或者产生.47文件自己用较新版本的GENNBO运行
----------------------------------------------------
2016.07.27 06:35:08
Q:
您好。我以前看过一个您转的帖子，说gamess的DFT计算无需设置共享memddi，只需设置mwords即可；但我实际发现，如果按照这个操作，gamess算一会报内存不够退出（我的体系比较大）。相反，如果分给memddi一些内存，则可以继续算下去（超越报错的点）。不知这个到底怎么回事？
A:
那就分一些呗，可能一些零零碎碎的还是会用memddi
Q:
这个不知道socket并行应该比mpi要慢吧。希望sob能用mpi给写个教程
A:
就用socket就行了
Q:
那速度会有影响吗
A:
不会比mpi慢
----------------------------------------------------
2016.07.27 07:50:34
Q:
请问老师 orca软件怎么产生Multifwn所用的CDA计算文件
A:
产生.molden文件就行了，multiwfn手册第四章开头说了怎么产生
----------------------------------------------------
2016.07.28 04:42:17
Q:
sob老师，我在结构优化的时候，为什么优化到52步之后，接近收敛了，却报错了
关键词： # opt=cartesian b3lyp/6-31g(d)
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000681 0.000450 NO
RMS Force 0.000209 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.007731 0.001800 NO
RMS Displacement 0.003373 0.001200 NO
Predicted change in Energy=-3.316380D-06
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 52
-- Flag reset to prevent archiving.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in d:\G09W\l9999.exe at Wed Jul 27 20:07:48 2016.
A:
步数到达上限
Q:
不是默认优化100次么
A:
听谁说步数上限100次
----------------------------------------------------
2016.07.28 04:55:19
Q:
[图片]
老师我用def2基组可是报错了，是因为这个版本基组库里没有这个版本？可是我引用了还是报错
[图片]
去掉-
还是不行
A:
B01开始才能用def2TZVP
----------------------------------------------------
2016.07.28 05:33:42
Q:
#p PBE1PBE/6-311G* TD(nstates=20) scrf=solvent=ethanol
Cycle 4 Pass 1 IDiag 1:
RMSU= 2.49D-04 CP: 9.90D-01 7.73D-01 6.33D-01
E= -2385.68064539151 Delta-E= -0.017757570312 Rises=F Damp=F
DIIS: error= NaN at cycle 4 NSaved= 4.
NSaved= 4 IEnMin= 4 EnMin= -2385.68064539151 IErMin= 4 ErrMin= NaN
ErrMax= NaN EMaxC= 1.00D-01 BMatC= NaN BMatP= 2.64D-02
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.100D+01
Coeff: 0.000D+00 0.000D+00 0.000D+00 0.100D+01
Logic error in SftOpn.
请问各位大侠，这是什么原因造成的？
A:
程序bug，换其它版本
Q:
您是说不用高斯09了吗？@Sobereva
A:
其它修订版
不是E01尝试最新的E01
Q:
#p PBE1PBE/6-311G* TD(nstates=20) scrf=solvent=ethanol
Cycle 4 Pass 1 IDiag 1:
RMSU= 2.49D-04 CP: 9.90D-01 7.73D-01 6.31D-01
Spurious integrated density or basis function:
NE= 192 NElCor= 0 El error=7.52D+00 rel=3.92D-02 Tolerance=1.00D-03
Shell 103 absolute error=9.97D-01 Tolerance=1.20D-02
Shell 103 signed error=9.97D-01 Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /public/home/wudl/g09/l502.exe at Wed Jul 27 04:58:55 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 36 minutes 13.1 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 329 Int= 0 D2E= 0 Chk= 4 Scr= 1
那这个呢？
A:
[图片]
周经问题
----------------------------------------------------
2016.07.28 05:38:29
Q:
那热力学参数算单点能用B3lyp/6-311G**精度可以吗？
A:
视情况而定
----------------------------------------------------
2016.07.28 05:38:29
Q:
老师找出来的过渡态虚频太小，只能调整结构吗？
A:
TS处虚频该是多大就是多大，结构调什么
Q:
奥，可是过渡态的能量小于产物的能量，但是是有虚频的，能说明这个结构再过渡态的二次区域里吗？
A:
如果电子能量小于产物能量，明显是过渡态没找对或者漏了中间体
----------------------------------------------------
2016.07.28 07:18:44
Q:
LBO和MBO 哪个对键的极性更敏感？
A:
显然是前者
LBO原文里有充分的对比测试
----------------------------------------------------
2016.07.28 07:45:40
Q:
减少双电子积分的内存占用后，速度相对也慢了
mp3的计算由原来的22秒到了30秒
A:
内存与速度不可兼得
----------------------------------------------------
2016.07.28 18:29:40
Q:
[图片]
未收敛，有谁碰到这种情况，帮忙分析一下
[图片]
[图片]
l502
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.07.28 18:49:23
Q:
[图片][图片]请问老师，用CBS-QB3算的时候为什么会出现两种能量
A:
取最后的
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2016.07.28 19:08:53
Q:
sob老师，我用Def2-TZVP 基组算一个小分子体系，高斯版本是D01，老是出现下面的错误，我该怎么改？[表情][图片]
A:
溶剂名写错了
----------------------------------------------------
2016.07.28 19:17:27
Q:
大家好，请问高斯可以保存带电荷的模型文件吗？然后再导到其他软件里用。谢谢
A:
意义不明，要说清楚具体要得到什么格式
----------------------------------------------------
2016.07.28 19:21:10
Q:
分子跃迁密度(TD)与电荷差异密度(CDD)的有什么区别，谁来帮我解释一下
A:
根本没直接联系。正如同跃迁偶极矩跟偶极矩之差有什么区别，群里说了好多次了
----------------------------------------------------
2016.07.28 19:50:07
Q:
请教：如何从量子化学的角度解释有机酸在水溶液中PKa的大小？谢谢
A:
计算水中电离掉质子前后自由能的变化
----------------------------------------------------
2016.07.28 20:21:36
Q:
#p PBE1PBE/6-311G* opt scrf=solvent=DiethylEther int=grid=300590
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Leave Link 401 at Wed Jul 27 19:08:10 2016, MaxMem= 209715200 cpu: 769.4
(Enter /public/home/wudl/g09/l502.exe)
Closed shell SCF:
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Using DIIS extrapolation, IDIIS= 1040.
Integral symmetry usage will be decided dynamically.
5521512 words used for storage of precomputed grid.
IEnd= 6273827 IEndB= 6273827 NGot= 209715200 MDV= 203700570
LenX= 203700570 LenY= 203458014
Fock matrices will be formed incrementally for 20 cycles.
Cycle 1 Pass 1 IDiag 1:
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 0
NFxFlg= 0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 0 IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
I1Cent= 0 NGrid= 0.
Symmetry not used in FoFCou.
Inv3 failed in PCMMkU.
请问老师，这个错误是什么原因造成的？
A:
如果不是E.01换E.01再试
PBE0完全没必要用int=grid=300590
Q:
您是说int=ultrafine，是吗？
A:
甭自己调格点设定，当前情况根本没意义
----------------------------------------------------
2016.07.28 20:24:13
Q:
[图片]
老师，opt正常结束，为什么优化曲线会出现这种情况？
A:
并无异常
之后做振动分析，看结果判断结构的合理性
Q:
Freq两个NO，离标准有点远。有个虚频-11左右
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
我先试试scf=tight
A:
scf=tight根本没用！！！！！！！！！！！
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
----------------------------------------------------
2016.07.28 21:32:57
Q:
请问这几个错误是什么原因造成的？#p PBE1PBE/TZVP TD(nstates=20)
Cannot handle 2e integral symmetry, ISym2E=1.
Symmetry not used in FoFDir.
Raff turned off since only 57.62% of shell-pairs survive.
Unable to match L and R vectors in BiOrth.
能麻烦您说详细一些吗？
请问我该从哪里着手解决它？该看哪本书上的哪部分内容？
A:
如果不是E.01换E.01版再试
还不行把基组换成6-311G**再试
还不行就把输出文件发给高斯客服，属于bug
----------------------------------------------------
2016.07.28 23:23:19
Q:
-----Deleted Marker-----
A:
别在这里发，否则踢
记过一次
踢了
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2016.07.28 23:43:35
Q:
@Sobereva老师您好！请问今年下半年有培训吗？如果有，请问大概是哪方面的呢？谢谢~~
A:
下学期预计有gromacs培训班
Q:
大概是几月？
A:
年底
具体几月还没法定
----------------------------------------------------
2016.07.28 23:49:40
Q:
老师，请问跑molclus程序出现这种情况[图片]是什么原因呢
是因为出现了这种错误[图片]，而生成不了.chk文件吗
A:
不好说。优化成功没？如果用了template2.gjf还是没优化成功，即便备份了.chk也没什么意义。
Q:
我现在用molclus程序跑我自己的分子，优化给出的15种初始构型都没有收敛
老师，我settings.ini文件一直都是设置成这样的[图片]，但是不知道为什么它不执行第二个template2.gjf[图片]，请问这跟我运行程序的脚本有关系吗？
A:
可能和提交方式有关
settings.ini里面改其它设定能生效否？
Q:
不好意思，老师这个我也不知道，我都是按着模板settings.ini以及[图片]这个解释做的小改动？
A:
比如你把ibkchk改为0，看看是否程序就不备份chk了
要确认molclus确实读取了settings.ini里的内容，里面的设定能够生效
正常用了template2.gjf时应该是这样
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.28 23:54:01
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：左右两边做IRC两侧都有一个大的凸起（这是gview的显示结果，只走了一部分点，没走完设定的点数）是不是说明过渡态不对？还是说明过渡态的两侧还有其他的中间体和过渡态？
[图片]
A:
过渡态有问题
如果算得动，找过渡态和走IRC都用calcall
----------------------------------------------------
2016.07.29 00:51:16
Q:
老师们打扰了我计算一个化合物频率时一直停在这个地方，停在这个地方一天了，是不是那里错了，还是？[图片]
那需要把他杀掉吧。
奥，我那个是16 的 81个原子 nproc=16
mem=3000mw
我用的是b97d/6-31+g（d，p）不知道把基组换小点可以吗？
A:
B3LYP/6-31G*结合频率校正因子是算有机分子频率最佳的级别，做其它任何的改进都是徒劳的，除非色散作用显著时
Q:
[图片] 那老师我这个作业频率算不出来，光能优化出来，可以试试其他方法或者基组可以吗，我这个用的b97d方法，m062x我试了也不行，优化都不出来。
A:
可以试，当然优化的级别也得改成那个
B97D已经完全out了
Q:
那老师那个方法算团簇快一点呢
文献中用的那个m062x/cc-pVDZ ,我寻思换一种方法和基组结果不可以，还有其他算这种有机化合物比较快的方法吗？老师
A:
Sobereva(190258442) 17:11:02
B3LYP/6-31G*结合频率校正因子是算有机分子频率最佳的级别，做其它任何的改进都是徒劳的，除非色散作用显著时
----------------------------------------------------
2016.07.29 01:08:37
Q:
[图片] 算NBO相互作用轨道，发现两个符号相同的叠加在了一起，是不是相位错了？老师
A:
相位怎么错了？
而且NBO相对相位本来也没有物理意义，这里说了
简谈NBO间的相对相位问题
http://sobereva.com/191
Q:
老师，不是符号相反的叠加么？重叠面积越大相互作用越强？@Sobereva
[图片]我觉得这块有问题
A:
看完博文再问
Q:
[图片]老师博文的意思是说，因为两对正负轨道不是由同一对原子产生的，那么他们的相位可能随机叠加，这里的叠加只考虑重叠面积，不必考虑符号问题了，是这样理解么老师？@Sobereva
A:
y
----------------------------------------------------
2016.07.29 01:12:17
Q:
请问大家，算一个反应的自由能垒，是从从起始物算，还是从形成的中间体算[图片]
这个一般是从R算，还是从I1算，这个有定论吗
什么问题
有的会升
这是一篇已经发表的文章
一个意大利人做的
我看有的文章从R算，有的从I算
A:
对于算k的目的，当前情况从R算
----------------------------------------------------
2016.07.29 02:38:56
Q:
M06-2x是不是对grid density很敏感？
A:
比非明尼苏达系列泛函敏感
正巧，你问这个的时候恰好在编辑一段论文文字
[图片]
Q:
好的，谢谢了[表情]
我重复别人结果要更加留意别人grid的取法。
这么说也行，那个人用Nwchem，他需要把径向角度都说出来才行
A:
其实说这个也没太大绝对意义，因为不同程序用的角度部分、径向部分积分点产生的公式不一样，剪裁格点的方式也不一样
----------------------------------------------------
2016.07.29 03:45:32
Q:
老师，请问像这类物质（MOFs）的晶体密度可以用高斯计算么？[图片][图片]
A:
没戏
Q:
那有软件可以理论计算么？
A:
material studio
Q:
好，谢谢老师
A:
forcite基于力场优化晶胞
----------------------------------------------------
2016.07.29 04:05:01
Q:
明天杨忠志教授要来我们这里，除了分子脸和ABEEM理论，还有什么工作？可以提出什么样的问题呢？大家给出出主意呗
问问他为什么没在吉林大学，要跑到辽师大[表情]？
[表情]肯定有原因，不过人家未必肯说
分子脸理论有没有人懂一点
简单讲一讲
分子脸理论娃娃自创
分子脸理论[emoji][emoji][emoji]娃娃自创
[表情]本来就有，大社长讲述波函数分析的时候提过
A:
在我看来没多大用
这和PAEM函数有关，在Multiwfn也能计算，看手册4.3.3节的例子
Q:
[表情]大社长说ABEEM力场在实际应用中没什么作用，考虑不周详
……分子脸
就冲这名字去看看
A:
也不是不周祥，要想证明有用，就得写出程序让大家用，让大家觉得确实有实际用处，而不是停留在自己发文章上
不过那个ABEEM理论个人觉得实际用处不大
Q:
明天杨教授主讲ABEEM力场计算氢键
感觉大社长还是偏向于用后HF或者DFT-D计算弱相互作用
A:
半经验也可以
与其力场搞得很麻烦，索性直接用半经验
Q:
分子脸理论有没有人懂一点
简单讲一讲
A:
这里有介绍J Comput Chem 31: 2098–2108, 2010
----------------------------------------------------
2016.07.29 04:20:58
Q:
请问Sob老师，计算CDA时，将输入文件载入Multiwfn里，总是出现闪退，出现这个问题会不会和输入文件里的存储路径有关@Sobereva
A:
无非就是这些原因
1 敲入的命令不对
2 输入的文件有毛病，诸如不完整或者有星号
3 用的文件内容不对
4 路径有空格或者奇怪的字符
----------------------------------------------------
2016.07.29 04:29:01
Q:
老师，您好，想请教一下在MS/Discover中，根据COMPASS力场，给原子分配电荷的原理是什么？或麻烦您提供相关的文献也行。写文章时需要描述这一原理，谢谢老师 [图片]
A:
看COMPASS原文
Q:
老师，怎么获取该原文啊
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2016.07.29 04:53:00
Q:
请教各位老师，我最近用MP2做一个complex的优化。输入是[图片]但是结果报错[图片]请问是什么原因，应该怎么解决？
A:
8成是硬盘空间不够，2成是bug
换DFT
----------------------------------------------------
2016.07.29 05:38:31
Q:
老师，我用您给的H2O用molclus程序跑，执行了第二个template2.gjf;我没有改动settings.ini文件，提交脚本也没有变，当我用自己的分子跑的时候就不执行第二个template2.gjf，这有可能是为什么？
A:
这很难说，至少不是程序的问题
Q:
老师，您好，我用您给的H2O总原子数为6，跑molclus程序的时候执行第二个template.gjf[图片][图片]，，而我用自己的总原子数为115的5个分子跑molclus程序的时候没有执行template.gjf文件[图片][图片]，请问老师这是怎么回事呢？
A:
不好说，按理说原子数完全无关
Q:
那请问老师，我这改怎么解决好呢
A:
反复对比试试
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2016.07.29 07:10:58
Q:
请问大家，我按照http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1337&highlight=%D7%D4%D0%FD%C3%DC%B6%C8 这里的方法导出了我的自旋密度文件导出到cube文件，但是为什么在VMD 中看不到自选密度？
[图片][图片]但是在multiwfn中是可以看到de
A:
VMD里没设对
把representation设定界面截图
----------------------------------------------------
2016.07.29 08:09:37
Q:
Sob老师，请问在Gaussian输入文件里加什么关键词才能让生成的fch文件里面有Multiwfn可以识别的轨道信息啊？
A:
什么也不用加
若真需要加的话手册里自然会写明的
Q:
我是先优化构型，然后计算Hessian矩阵，两步计算使用的相同的chk文件，计算完之后将chk文件转成fchk之后使用Multiwfn打开发现无法显示轨道
A:
你把fchk发给我
Q:
好的
A:
分明能看轨道
[图片]
Q:
[图片]
A:
你选你要看的轨道啊
Q:
我的就不行，难道是因为我的是Mac系统？
A:
[图片]
Q:
这个我的没法点
其他文件能点
A:
敲键盘
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2016.07.29 17:34:14
Q:
请问：下载了最新的multiwfn3.3.8 linux，解压 777后出现 error while loading shared libraries: libiomp5.so:错误，但这个库文件分明在同一目录下是存在的，OS是centos6.5.谢谢
A:
你得按手册2.1.2节把目录加入到LD_LIBRARY_PATH环境变量
----------------------------------------------------
2016.07.29 18:04:27
Q:
[图片]各位同仁，我在优化的时候，这个结构是一个中间体，其中的氧和氮分别是负离子和正离子。但是，高斯优化的结果是氧与碳形成双键了，而环上的C-C键断裂了。请问：如何操作才能得到优化收敛的保持氧和氮分别为正负离子的结构？
A:
“氧和氮分别是负离子和正离子”纯属人为YY。实际根本没这种情况，电荷该怎么分布是量化算出来的。
该断的键必然短，该成的键必然形成。如果和预期不符，换泛函或者调整结构再试
----------------------------------------------------
2016.07.29 18:05:28
Q:
SOB老师，能给个用高斯和multiwfn计算态密度的链接吗？我在您的博客上没有搜到相关的文章！多谢！[表情]
我记得好像又博客文章，现在找不到了
A:
看手册4.10节的例子。没博文
----------------------------------------------------
2016.07.29 18:39:39
Q:
老师，算溶解自由能时用建议基组，可否直接使用b3lyp气相中已优化好的结构
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.07.29 18:40:45
Q:
老师，又来请教你问题了，我guess=mix stable=opt 找到一个对称破缺的波函数。但是优化的时候又还是跑回没有对称破缺的波函数。我尝试了guess（mix，always）也没用，还有什么方法能限制优化的吗
A:
若最终结构下本身就没有对称破缺态，自然只能得到闭壳层态
----------------------------------------------------
2016.07.29 19:07:11
Q:
请教各位老师一个问题。我想设计一个酯交换反应的计算模型。使用的软件是MS7.0
用Dmol3模块已经完成了反应物（三酯、甲醇）和生成物（甘油，甲酯）的集合优化。在过渡态搜索的过程中，使用Reaction Preview的时候，只能输入一个反应物/生成物。无法往下进行，我想知道我的操作是否有问题。如果有请各位老师指正。如果MS不能用于次计算，那么是否用Gau更加合适我的这个目标计算？谢谢各位老师。
老师，请问可以回答一下我的问题么？谢谢~[图片]
A:
这种问题用Gaussian好得多
----------------------------------------------------
2016.07.29 19:13:34
Q:
老师好，在跑任务的时候一直出现诸如Leave Link 1110，leave link 1002, leave link 502 的错误。请问出现的原因是啥，怎么可以避免？
A:
根本不是报错
Q:
谢谢老师提醒，我看了一下leave link 的信息在正常的输出文件里也有。确实不是报错，但是我近期的作业在不正常结束的时候，最后都是这些leave link *** 的提示句。请问老师，这是是高斯程序的问题还是跑的结构的问题还是其他？
A:
看具体报错提示，甭看这个
----------------------------------------------------
2016.07.29 19:13:51
Q:
sobereva老师，想用高斯算带碘原子的体系，能不能推荐几个方法和基组。我用M06-2x/Def2-TZVP算的结果不大理想。[表情]
A:
这个基组都不理想用其它任何基组也不会理想，你只能从其它方面上考虑
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2016.07.29 19:32:36
Q:
老师：您好！请问这种图可以用multiwfn做吗？如果可以请问参考是在手册的哪？如果不可以，请问可以用什么软件画呢？谢谢~~~[表情][图片]
老师：您好！请问这种图可以用multiwfn做吗？如果可以请问参考是在手册的哪？如果不可以，请问可以用什么软件画呢？谢谢~~~/抱拳[图片]
A:
不能
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2016.07.29 19:42:41
Q:
带电荷的体系是不是溶剂效应显著些，必须考虑？
A:
/aini 是
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2016.07.29 20:12:55
Q:
[图片]这个峰是由两个激发s0-s1和s0-s2贡献的，其中s0-s1中贡献最大的是HOMO->LUMO (78%)；s0-s2中贡献最大的是H-2->LUMO (61%), H-1->LUMO (15%)；那么问题来了，我想知道对于这个峰H-2，H-1和HOMO到LUMO的跃迁分别有多大贡献，该如何考虑？
[图片]
[图片]
A:
轨道对儿贡献你不都算出来了
Q:
算出来的是HOMO->LUMO对s0-s1跃迁的贡献是78%，H-2->LUMO 和 H-1->LUMO对s0-s2跃迁的贡献分别是61%和15%，但是s0-s1和s0-s2跃迁对最大吸收峰都有贡献，那么各个轨道跃迁（HOMO->LUMO，H-2->LUMO和 H-1->LUMO）对最大吸收的贡献分别是多少呢？
不知道我表述明白了没有
[图片]
[图片]
A:
先用Multiwfn算出在最大吸收位置上两个电子态跃迁各自的贡献，然后贡献乘上其中相应的轨道跃迁贡献，就是轨道跃迁对最大吸收位置的贡献
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2016.07.29 21:01:06
Q:
sob老师，我用Gaussian D01 版本，试图计算HCl分子激发态，只计算激发能大于10 eV的，计算时候报错，如下是输入输出文件，麻烦您指导一下@Sobereva
A:
这么烂的计算级别根本没法用，哪能用STO-3G。多余的关键词GDEMin=10000,DEMin=10000甭写
Q:
我只是先测试一下，因为我打算计算内层电子激发，激发能达到240ev,高斯客服说那个关键词可以选择计算一定能量以上的激发态
A:
接着问客服啊
基组再烂也不能用STO-3G
Q:
sto-3g存在有什么意义。。。
A:
算个HCl用STO-3G不是搞笑么
Q:
怪不得。
sto-3g一般算很大的体系吧
A:
大体系宁可用PM7
Q:
sto-3g除了可以用于写程序用。还能用于什么地方？
[图片]
A:
作死用
Q:
嗯。。
3-21g和它差不多吧。
A:
3-21G姑且还算是对于大体系在用混合基组节约时间的时候姑且能对不相干的原子用
总比该死的6-31G有意义得多
Q:
sto-3g是我最喜欢的基组，因为它好写。。。
这对白经典
sob最近对生死有新的理解？
sob老师是有多么讨厌sto-3g和6-31g
以后sob如果出书的话，可以把这些有趣的小见解作为一个直观的小说明放在每一页的最下面一句话[表情][表情]
这么说来6-31g居然还不如3-21g
A:
我不是讨厌STO-3G，是因为其现在已经完全过时，用者是作死
我恨6-31G是因为菜鸟们总疯狂地用6-31G
Q:
加不加极化函数，天壤之别了
A:
每当看见有人用6-31G就感觉胸口像有颗炸弹爆炸
Q:
想要人家吧活干好，还得加*啊
至少也要加*
sto-3g好像只剩下写程序做对比的意义了。。
[图片]这是冷笑话吗。。。[表情]
怎么没人用3-21g*
A:
对于Si之类，还是要用3-21G*
*对于3-21G对于第三周期开始才有极化
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2016.07.29 21:44:33
Q:
Sobereva老师，我做激发态的分析，用了td=(nstates=20) cam-b3lyp/6-31g(d) ，得到的结果是[图片]您能帮我看一下是什么原因么？
A:
增加%mem
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2016.07.29 22:27:17
Q:
麻烦大家帮我下载一下这篇文献，谢谢http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0040403900960155
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
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2016.07.29 22:39:55
Q:
请问sob老师，能否计算两个具有相近结构分子的RMSD值？
能计算出数值就好
A:
博文里的方法能给出数值
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2016.07.29 22:40:48
Q:
但是那个画的图很不清楚，没法用
群主有教程
http://sobereva.com/290
你有什么作图的工具吗
我的小分子还没找到好的作图工具
A:
怎么不清楚？分明能用，自己改好显示方式就行
Q:
[图片]
版主，我的图做出来是这样的
A:
你改成licorice
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2016.07.29 22:59:34
Q:
大家好，Compass这个势场都适用什么体系？
水溶液体系一般选择什么势场呢
。
A:
小分子、聚合物、材料什么都能用
Q:
好的那老师像一个水溶液体系的应该用什么势场比较合适呢
里面有一个有机分子
用compass一算，感觉水分子运动太乱了，都跑走了
A:
compass 没问题，跑走是设定不对
而且根本没法说“水溶液体系的应该用什么势场比较合适呢”，要说清楚具体条件，什么溶质
Q:
溶质的话是个嘌呤
就是有氮元素硫元素的杂环
我就设定了一些基础的系宗什么的怎么会跑成这样呢
A:
compass应该没什么问题，反正你直接用COMPASS优化嘌呤，结构没瞎扭曲就说明能描述正确其结构
Q:
但是我把它们放在一个box里面跑动力学就不行了，就水运动太杂乱了
都跑掉了
A:
你先跑个水盒子，以确保计算设定正常
Q:
老师，那我里面的电荷要设定吗
还是让它自由分配吗？我需要根据我dft算得自定义电荷吗
[图片]
都有点搞不懂
A:
电荷肯定得设定，要不然氢键根本都表现不出来，光靠范德华作用只能在很低温下成为凝聚态
COMPASS有自己的设定电荷的方法，设定界面里面可以选
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2016.07.29 23:09:32
Q:
我没有求文献啊
A:
at错了
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2016.07.29 23:26:19
Q:
弱弱的问下这种图是用什么软件画出来的
[图片]
A:
/aini 在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
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2016.07.29 23:53:44
Q:
[图片] 我将log文件改为out文件，multiwfn还是提示找不到文件，请问这是什么原因呢？
A:
去掉双引号
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2016.07.29 23:54:39
Q:
请问老师，双分子反应的反应复合物能量是分别优化能量加和还是放在一起优化出来的能量？
A:
都复合物了当然是放一起优化
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2016.07.30 00:12:57
Q:
请教一下，一般的动力学程序算出的MSD的单位是什么？
A:
埃平方
或者nm平方
视程序而定
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2016.07.30 00:31:31
Q:
[图片]
请问这张ppt里的公式是不是写错了。（RT/P0）^△n里的R是不是应该是kB,而EXp(-△G/(kBT))里的kB应该是R?
我在用sob老师给的表格计算速率常数，根据里面的公式推算是这个样子，还是我搞错了，，，想确认一下。
谢谢啦！
A:
没写错
是R是kb取决于deltaG用的单位
牵扯单个分子能量时用kb，讨论每摩尔能量时用R
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