计算化学公社

标题: 求助：固定原子的结构采用CINEB搜索过渡态收敛情况是否合理及计算效率问题 [打印本页]

作者
Author: wangyuxin 时间: 2023-6-28 10:28
标题: 求助：固定原子的结构采用CINEB搜索过渡态收敛情况是否合理及计算效率问题
本帖最后由 wangyuxin 于 2023-6-30 11:37 编辑

各位老师好，我在计算过渡态采用的是vtst的CINEB方法，附件压缩包中是计算所采用的结构和INCAR以及目前的收敛情况。第一次进行过渡态计算，目前遇到3个问题。
我的结构这样固定原子是否合理？（The maximum energy geometry along the reaction path generated by the CI-NEB method was further optimized using a quasi-Newton algorithm. In this procedure,
only the extra-framework atoms were relaxed. 所借鉴的文献是这样说明的）
目前过渡态的收敛情况是否合理？（在第7和第8步力感觉已经要收敛，但在第9步力出现的大幅增长）
我们服务器配置是单节点48核，目前已经跑了4天，还没有收敛，这个计算效率还有优化的空间嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 07:42
你这个体系用CP2K跑实在太适合了，比VASP快太多了...

作者
Author: wangyuxin 时间: 2023-6-29 09:51

sobereva 发表于 2023-6-29 07:42
你这个体系用CP2K跑实在太适合了，比VASP快太多了...

谢谢sob老师，那我们现在用VASP跑这个体系过渡态收敛情况算是正常的么
我们如果继续用VASP的话，那现在我的设置还有没有可以提高计算效率的优化空间
如果用CP2K的话，我使用的单节点48核服务器，目前这个体系大概需要多久可以收敛呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 23:39

wangyuxin 发表于 2023-6-29 09:51
谢谢sob老师，那我们现在用VASP跑这个体系过渡态收敛情况算是正常的么
我们如果继续用VASP的话，那现在 ...

我不用VASP
设置得当的情况下，CP2K至多一天就搞完

作者
Author: wangyuxin 时间: 2023-6-30 09:55

sobereva 发表于 2023-6-29 23:39
我不用VASP
设置得当的情况下，CP2K至多一天就搞完

好的，感谢sob老师，那我去尝试一下CP2K

作者
Author: wangyuxin 时间: 2023-6-30 11:34

sobereva 发表于 2023-6-29 23:39
我不用VASP
设置得当的情况下，CP2K至多一天就搞完

老师，我们看了您的回答决定改用CP2K，首先要进行晶胞优化，但是任务算了2离子步任务就停止了，是我们输入文件设置有问题，还是服务器运存不足导致任务停止，帖子前面新编辑添加了输入文件和输出文件最后几行的图片，希望老师能指导一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 06:55

wangyuxin 发表于 2023-6-30 11:34
老师，我们看了您的回答决定改用CP2K，首先要进行晶胞优化，但是任务算了2离子步任务就停止了，是我们输 ...

CP2K装的有问题
另外，基组和CUTOFF没必要那么大，smearing开得也完全多余

作者
Author: 挨打祥 时间: 2023-7-1 10:05

sobereva 发表于 2023-7-1 06:55
CP2K装的有问题
另外，基组和CUTOFF没必要那么大，smearing开得也完全多余

老师，cutoff是我们按官网测试的，结果如下，EPS_SCF是1.0E-07，所以选的800 70，现在是减小到哪个合适呢。
基组的话改为更小的就是DZVP，smearing因为不是金属体系所以可以关闭，然后我们再重新编译下。
cutoff(Ry) TE(Ha) 1 2 3 4 5 Δ time/min
400 -3472.925564800 816352 520176 457564 297980 2520
450 -3472.919473868 776104 559164 458824 297980 2520 -6.09E-03
500 -3472.917760486 700016 526084 501660 316668 50164 -1.71E-03
550 -3472.916740313 779904 729252 670524 363288 53944 -1.02E-03
600 -3472.916452970 755808 740820 681372 304248 114664 -2.87E-04 13
650 -3472.916104685 708000 733300 613372 427576 114664 -3.48E-04 15
700 -3472.916102533 708000 733300 576236 440516 138860 -2.15E-06 15
750 -3472.916003888 671760 742172 603604 440516 138860 -9.86E-05 18
800 -3472.915990429 671760 681796 573620 530876 138860 -1.35E-05 20
850 -3472.915990879 671760 627956 586604 571732 138860 4.50E-07 20
900 -3472.915991414 647856 638664 599800 571732 138860 5.35E-07 22
rell_cutoff(Ry) TE(Ha) 1 2 3 4 5 time/min
50 -3472.915992648 436712 775240 608312 484836 291812 19
60 -3472.915990879 671760 627956 586604 571732 138860 -1.77E-06 20
70 -3472.915990385 708000 707612 601924 440516 138860 -4.94E-07 20
80 -3472.915990378 708000 762548 668932 342768 114664 -6.65E-09 21

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-2 11:21

挨打祥发表于 2023-7-1 10:05
老师，cutoff是我们按官网测试的，结果如下，EPS_SCF是1.0E-07，所以选的800 70，现在是减小到哪个合适呢 ...

绝对不要用DZVP这种含糊其辞的表述
DZVP-GTH和DZVP-MOLOPT-SR-GTH精度差远了去了
DZVP-MOLOPT-SR-GTH搭配600/55足矣

作者
Author: 挨打祥 时间: 2023-7-4 11:41

sobereva 发表于 2023-7-2 11:21
绝对不要用DZVP这种含糊其辞的表述
DZVP-GTH和DZVP-MOLOPT-SR-GTH精度差远了去了
DZVP-MOLOPT-SR-GTH搭 ...

好的，谢谢老师的悉心解答。

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