计算化学公社

标题: 请问如何用Gromacs计算溶解自由能和升华自由能？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2023-6-28 18:24
标题: 请问如何用Gromacs计算溶解自由能和升华自由能？
请问各位老师同学，gromacs如何计算溶解自由能和升华自由能？是正常的模拟之后通过什么命令读取呢还是需要构造特殊的盒子计算？
另外gromacs计算出的溶解自由能和gaussian计算的出的有什么区别？哪个更准一些？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 07:05
溶解自由能可以用GBSA、PBSA等隐式溶剂模型（GROMACS自己没有PBSA，GBSA从2018版之后砍掉了）。更严格的是做TI（热力学积分）来算，计算模型和溶液环境中跑溶质分子一样。

没有严格可比性，而且精度如何具体看你怎么算的（力场、采样、构象权重平均、隐式溶剂模型等等），没法简单说哪个更精确。

升华自由能通过MD跑单分子和固体的自由能就能算出来。多数情况用CP2K等程序基于DFT来算是更好选择，明显更准确。

作者
Author: UTM 时间: 2023-6-29 15:37

sobereva 发表于 2023-6-29 07:05
溶解自由能可以用GBSA、PBSA等隐式溶剂模型（GROMACS自己没有PBSA，GBSA从2018版之后砍掉了）。更严格的是 ...

请问社长，在gromacs里能否通过将一个或多个溶质分子置于溶剂盒子中跑md模拟然后通过某种命令直接读取溶解自由能呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 23:25

UTM 发表于 2023-6-29 15:37
请问社长，在gromacs里能否通过将一个或多个溶质分子置于溶剂盒子中跑md模拟然后通过某种命令直接读取溶 ...

TI不是这么做的
得取不同lambda跑很多次
先了解点TI的相关知识，诸如Leach的书里就讲了

作者
Author: UTM 时间: 2023-6-30 01:38

sobereva 发表于 2023-6-29 23:25
TI不是这么做的
得取不同lambda跑很多次
先了解点TI的相关知识，诸如Leach的书里就讲了

好的，谢谢社长

作者
Author: zdworld 时间: 2024-1-20 13:51

sobereva 发表于 2023-6-29 07:05
溶解自由能可以用GBSA、PBSA等隐式溶剂模型（GROMACS自己没有PBSA，GBSA从2018版之后砍掉了）。更严格的是 ...

非晶固体的升华自由能可以通过高斯计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-20 23:22

zdworld 发表于 2024-1-20 13:51
非晶固体的升华自由能可以通过高斯计算吗？

不能

作者
Author: zdworld 时间: 2024-1-21 17:11

sobereva 发表于 2024-1-20 23:22
不能

谢谢社长，那这种有什么好的处理方式吗？固体溶解应该算一个固相到气相的升华自由能，一个从气相到溶液的溶解自由能，第一个很难处理啊

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 02:40

zdworld 发表于 2024-1-21 17:11
谢谢社长，那这种有什么好的处理方式吗？固体溶解应该算一个固相到气相的升华自由能，一个从气相到溶液的 ...

CP2K或GROMACS计算。具体取决于什么非晶固体

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)