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标题: 有关磷酸分子力场拟合问题？ [打印本页]

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Author: hfc 时间: 2023-6-28 20:09
标题: 有关磷酸分子力场拟合问题？
本帖最后由 hfc 于 2023-6-28 20:15 编辑

在DOI: 10.1002/jcc.10262文章中，使用了HF/6-31+G*结合MTP、MDP模型,进行Torsion扫描，开发了磷酸有机小分子的amber力场。但是经过在描述ATP与MG离子3配合2配的问题中出现了定性的错误（实验证明两者的delta G=0，随着距离的变大，ATP与MG的配位从C3到了C2）。我们使用了更加复杂的模型，简称Rib. 在B3LYP(D3)/6-31+G*结合PCM model进行Torsion扫描，使用PB/MM拟合QM势能面相关性达到了（99%）。所得到的力场文件去跑MD发现PMF依旧没有达到我的预期（图中的黑线）。我的问题有如下
1. EMM=(ESCRF-EPB)即用MM去拟合QM(SCRF)-PB的差，这样的做法是否科学？（使用溶剂化是因为这个体系在真空中扫描会存在不合理的氢键，这个是我们不想看到的，这些氢键在蛋白质环境中不应该出现，并且很多点是无法优化成功）
2. 如果我是用SCRF优化的结构，用真空再进行计算能量，再进行拟合，这样做法合理吗？（PB的误差很大，Rib存在-4个电荷）是否会存在doublecount的问题（我自己觉的没有）？
3. 力场拟合过程中，角度能否和二面角一起拟合？角度的平衡值，能否取扫描的平均值？
4. 小分子力场拟合还需要考虑到什么别的问题吗？（二面角之间的耦合？）

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