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标题: 有氢键，但是MMPBSA算出残基能量是正的，其中极性溶剂化能高是什么意思 [打印本页]

作者
Author: meng93 时间: 2023-6-28 21:47
标题: 有氢键，但是MMPBSA算出残基能量是正的，其中极性溶剂化能高是什么意思
各位老师，赖氨酸与小分子有氢键作用，但是用gmx_MMPBSA进行残基能量分解后发现，该残基total是正的是因为Polar Solvation太高了。
我的疑问是Polar Solvation是什么？对小分子结合的影响是什么？怎么减少Polar Solvation值。谢谢各位老师。

赖氨酸的各项能量如下：
van der Waals：-0.1409
Electrostatic：-11.6483
Polar Solvation：12.9268
TOTAL：1.1376
因为是膜蛋白所以没有Non-Polar Solv

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-29 00:34
隐式溶剂模型的极性部分对溶解自由能产生的贡献
了解相关常识：
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42

你对计算细节毫无描述，没法回答怎么减少Polar Solvation值。只能告诉你可以考虑不同的隐式溶剂模型、介电常数设置等，

作者
Author: meng93 时间: 2023-6-29 15:50
谢谢您，我学习一下

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