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标题: 用MS的AC模块构建2%壳聚糖水溶液盒子，程序任务条progress一直为0是电脑配置不... [打印本页]

作者
Author: 枝枝z 时间: 2023-6-29 13:05
标题: 用MS的AC模块构建2%壳聚糖水溶液盒子，程序任务条progress一直为0是电脑配置不...
求助MS中AC模块建模progress一直为0报错原因。

具体问题是：用MS的AC模块构建2%壳聚糖水溶液盒子。

具体构建溶液盒子的参数：Na离子个数18，水分子数89989，聚合度为10的壳聚糖链数为18条。参数里的Quality都选的:Fine
Density:1.0克/立方厘米
output：10 frames

取消勾选了optimize geometry
静电加和方式：Ewald
范德华力加和方式：Atom based
力场：COMPASSⅢ
盒子大小：140.1*140.1*140.1埃

运行Construction任务后，job project中的progress一直显示为0，运行158 hours后，报错显示EEROR: Calculation was interrupted in sampling the head segment of molecule 57042 of 89989.

因为建这个水溶液盒子等了六、七天，progress一直是0，
不清楚是因为①参数设置有问题，导致这个任务根本不可能完成；
还是说因为②电脑配置原因，导致建立模型这个任务花费的时间比较长，可以继续等下去或者换更高的电脑配置运行这个任务。
跑这个任务的电脑配置是：处理器：Intel（R）Core(TM) i5-10400F CPU @ 2.90GHz
机带RAM 32.0GB

如果是参数设置有问题，导致任务运行有问题，请大神指教~
如果是电脑配置不太够导致任务运行过慢，可以请大神推荐一下适合的电脑配置吗？我计划是想建好这个溶液模型后，后续对其进行分子动力学模拟。分子动力学模拟时间预估500ps或者几纳秒。

万分感谢！

作者
Author: 牧生 时间: 2023-6-29 13:10
本帖最后由牧生于 2023-6-29 13:25 编辑

工欲善其事，必先利其器。

把盒子设大一点，packmol 花不了2分钟就能建好，NPT自然收缩一下就很完美了。

http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

此外，你想用MS来跑如此大的体系，且仅仅只是个I5的处理器，做梦都不敢这样想。

作者
Author: 枝枝z 时间: 2023-6-29 17:19

牧生发表于 2023-6-29 13:10
工欲善其事，必先利其器。

把盒子设大一点，packmol 花不了2分钟就能建好，NPT自然收缩一下就很完美了。 ...

谢答！我还是超级小白，所以有很多疑问。
关于您提到的，选用packmol程序而不是MS的AC模块，来建立这个模型，是因为packmol建模更高效吗？
参照网址看了一下，还是不会安装packmol，主要是运行环境不会设置。
另外，对于这个模型进行分子动力学模拟，之前也在纠结是用MS还是GMX来跑。想请教一下您，哪个软件更佳呢？
能再请教一下您，需要什么样的电脑配置才能满足我目前的计算需求呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-6-29 18:16
本帖最后由牧生于 2023-6-29 18:52 编辑

2.2 在Windows下使用Packmol
Packmol源代码也可以在Windows下编译，但我们没必要这么做，因为在Packmol主页上已经提供了编译好的可执行文件，仅适用于64bit Windows系统。你也可以直接在这里下载：http://sobereva.com/soft/packmol_18.169_win64.rar。
解压此文件包，然后进入Windows的命令行模式下（cmd环境。不会进入的话自行google，属于Windows使用常识），输入packmol < test.inp命令即可运行。如果packmol不在当前目录下，则需要输入其绝对路径，或者加入到Windows的Path环境变量里（不会的话参考《GROMACS 2018.4原生Windows版的安装演示》https://www.bilibili.com/video/av39914815/视频中的对应部分）。

复制代码

GMX是最佳选择，如果想要达到最快的速度，以你现在的配置，是完全不行的。需要出点血。去看看Entropy.S.I的帖子 Entropy.S.I的帖子 - 计算化学公社 (keinsci.com)
2022双十一MD工作站配置推荐 - 硬件配置与采购 (Hardware Configuration and Procurement) - 计算化学公社 (keinsci.com)

按照我的经验，13900K+4090跑你这个体系。40多万原子的话，每天大概可以跑100 ns左右

作者
Author: 枝枝z 时间: 2023-6-29 19:16
本帖最后由枝枝z 于 2023-6-29 19:23 编辑

牧生发表于 2023-6-29 18:16
GMX是最佳选择，如果想要达到最快的速度，以你现在的配置，是完全不行的。需要出点血。去看看Entropy ...

好的，感谢！

后续想把体系里聚合度为10的壳聚糖链替换成聚合度为100的壳聚糖链，不知道您推荐的13900K+4090这个配置是否也能满足模拟需求呀？
此外还可能考虑构建具有磷脂双分子层的体系（不成熟的设想。。。），不知道这个对电脑配置要求高不高呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-6-29 19:30

枝枝z 发表于 2023-6-29 19:16
好的，感谢！
后续想把体系里聚合度为10的壳聚糖链替换成聚合度为100的壳聚糖链，不知道您推荐 ...

13900K+4090是当下最高性价比的，同时也是个人能用得起的顶级的配置。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-30 05:25

MS还是GMX来跑

跑这个M$是废柴，毫无前途，又巨贵又巨慢又巨不灵活，用户越来越少，是离进坟墓不远的程序

作者
Author: 枝枝z 时间: 2023-7-3 16:25

sobereva 发表于 2023-6-30 05:25
跑这个M$是废柴，毫无前途，又巨贵又巨慢又巨不灵活，用户越来越少，是离进坟墓不远的程序

好的，感谢指点！因为我是刚接触计算化学的小白，一开始怕GMX上手太难，所以想用MS试试，现在看来还是得GMX才行。GMX学习应该从哪方面入手呢？我们课题组之前没有做过这方面的研究。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-4 02:42

枝枝z 发表于 2023-7-3 16:25
好的，感谢指点！因为我是刚接触计算化学的小白，一开始怕GMX上手太难，所以想用MS试试，现在看来还是得G ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）
0基础的参加后一次性就学通了，进入了分子动力学模拟的正轨。而且有了这个培训讲的理论背景和程序使用基础，就算以后再额外用点其它程序，诸如amber、lammps等，也都容易上手得多，因为主流模拟程序在很多方面都是互通、具有高度相似性的，诸如培训里讲的packmol、VMD及其轨迹分析脚本的编写，更是对所有正经的模拟程序（M$除外）都适用。

M$愈发落伍，十几年前的时候还算有价值，现在几乎已经沦为一个昂贵的大玩具了，都已经完全算不上主流程序了。看以下统计了解动力学模拟程序的流行程度
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）

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