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标题: 求助：黏土矿物在真空下的模拟 [打印本页]

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-6-30 10:25
标题: 求助：黏土矿物在真空下的模拟
本帖最后由 chenchen1 于 2023-6-30 10:27 编辑

各位老师好，拟打算进行真空下高岭石的模拟，来验证参数的设置是否正确，本文使用sobtop生成高岭石的输入文件kaolinite_box.gro、kaolinite.itp,kaolinite.top
使用em.mdp如下显示

模拟前的高岭石

，模拟后

请问这是因为什么原因呢

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-6-30 10:42
你itp文件里所有原子都没设电荷啊

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-6-30 10:46

Lacrimosa 发表于 2023-6-30 10:42
你itp文件里所有原子都没设电荷啊

谢谢提醒，我没有注意到，请问如果添加的话，写在atomtype字段就可以吗

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-6-30 11:12
本帖最后由 chenchen1 于 2023-6-30 11:21 编辑

Lacrimosa 发表于 2023-6-30 10:42
你itp文件里所有原子都没设电荷啊

老师您好，这是带电荷的itp，进行模拟之后，变成了这个样子

，且能量最小化时，能量不能降到100下

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-6-30 12:21
有些ohs和ho的电荷是0，很奇怪，最好仔细检查一下电荷分配。另外高岭石是层状结构，模拟真空条件的时候z方向留出真空区就行了，xy方向没必要

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 07:10

chenchen1 发表于 2023-6-30 10:46
谢谢提醒，我没有注意到，请问如果添加的话，写在atomtype字段就可以吗

原子电荷通常在[atoms]里体现

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对于此类体系，各种类型的原子电荷应当写在sobtop的AT_assign.dat里，看sobtop主页上SiO2的例子

用line方式显示的时候不要用白背景，否则氢都看不见

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-7-1 17:15

sobereva 发表于 2023-7-1 07:10
原子电荷通常在[atoms]里体现

谢谢sob老师提供了sobtop这一方便的工具，但我在使用中还有几点疑惑，向老师请教
1、写好了AT_assign_dat文件，却未能识别出部分原子类型，这是由于文件类型定义冲突吗，还是由于这个原子是其它类型，因为没有clayff力场规范的命名原则。
2、AT_assign_dat未识别出的原子，然后利用-2功能（在文件中读取原子类型）导出的文件中没有这一原子的电荷信息。

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-7-1 17:42
本帖最后由 chenchen1 于 2023-7-1 17:43 编辑

Lacrimosa 发表于 2023-6-30 12:21
有些ohs和ho的电荷是0，很奇怪，最好仔细检查一下电荷分配。另外高岭石是层状结构，模拟真空条件的时候z方 ...

谢谢老师，刚刚接触这个领域不久，还有个问题向老师请教，在添加电荷后进行平衡，平衡力始终过大

，跑出的结构整体基本能维持结构，请问这种属于正常现象吗，该怎样进行调整。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-2 11:42

chenchen1 发表于 2023-7-1 17:15
谢谢sob老师提供了sobtop这一方便的工具，但我在使用中还有几点疑惑，向老师请教
1、写好了AT_assign_da ...

说明AT_assign.dat没定义对，导致有的原子没符合任何自己定义的判据
本来原子电荷就是根据AT_assign.dat指认原子类型的时候同时赋予的，自己单独定义原子类型怎么可能自动产生原子电荷

mdp一起上传

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-7-3 17:01

sobereva 发表于 2023-7-2 11:42
说明AT_assign.dat没定义对，导致有的原子没符合任何自己定义的判据
本来原子电荷就是根据AT_assign.dat ...

老师，em.mdp

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-4 02:52

chenchen1 发表于 2023-7-3 17:01
老师，em.mdp

mdp没明显问题

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-7-5 16:56

sobereva 发表于 2023-7-4 02:52
mdp没明显问题

老师，那这样的话，能量最小化力不能收敛，是不是由于初始结构不合理导致的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 09:24

chenchen1 发表于 2023-7-5 16:56
老师，那这样的话，能量最小化力不能收敛，是不是由于初始结构不合理导致的

不一定
可能性多的是
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-6 09:30
试试AuToFF里面的无机晶体模块吧（https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... /inorganic-crystals），支持ClayFF力场，另外Gromacs跑一些粘土或者框架结构，初始的时候因为H原子的位置不合适，很容易跑崩了，mdp里面constraints建议加上hbond

作者
Author: chenchen1 时间: 2023-7-7 11:57

slxc920113 发表于 2023-7-6 09:30
试试AuToFF里面的无机晶体模块吧（https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/inorganic-cryst ...

您好，我打算使用clayff描述矿物部分，用amber描述有机组分，请问autoff可以构建clayff的力场吗

作者
Author: slxc920113 时间: 2023-7-7 12:01

chenchen1 发表于 2023-7-7 11:57
您好，我打算使用clayff描述矿物部分，用amber描述有机组分，请问autoff可以构建clayff的力场吗

可以，上传cif文件就行

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