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标题: 电子密度差图这种实线虚线交替环绕原子周围正常吗 [打印本页]

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-6-30 15:20
标题: 电子密度差图这种实线虚线交替环绕原子周围正常吗
老师，如图所示，是选择了不同平面所做的图，Cu附近应该是失电子，但是Br和O周围为什么是这种一圈虚线一圈实线的图，这合理吗，应该如何解释呀

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 07:35
把在Multiwfn里输入的所有命令贴出来，波函数文件以及产生波函数文件的量子化学程序的输入文件压缩后上传（若超过5MB传网盘）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-1 14:39
想想O的2s、Br的4s轨道的形状就知道了

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-1 15:20

sobereva 发表于 2023-7-1 07:35
把在Multiwfn里输入的所有命令贴出来，波函数文件以及产生波函数文件的量子化学程序的输入文件压缩后上传（ ...

好的老师，相关文件上传网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1_ZXL0h9Pp0M-3-ZPV_s7SQ?pwd=pal3
提取码：pal3
Multiwfn的所有命令如下
C:\part.fch
4
0
2
-,C:\part1.fch
-,C:\part2.fch
1
2
回车
4
1,29,40（1,5,29）
右击产生的图片之后
3 // Change contour line settings
15 // Set line style and width suitable for publication
1 // Save and return
17 // Set distance threshold for showing atom labels
0.2 // 0.2 Bohr
y // If the distance between an atom and the plotting plane is larger than the specified 0.2 Bohr, then the label will be drawn as thin style
0 // Save the plot as graphic file in current folder

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-1 15:53

wzkchem5 发表于 2023-7-1 14:39
想想O的2s、Br的4s轨道的形状就知道了

2s和4s轨道是圆形把，图里表示的，最外层的Br的4p轨道和O的2p是失电子，次外层的2s和4s是由里层电子激发过来所以增加了的意思嘛

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-1 16:18

ddddnight 发表于 2023-7-1 08:53
2s和4s轨道是圆形把，图里表示的，最外层的Br的4p轨道和O的2p是失电子，次外层的2s和4s是由里层电子激发 ...

哦你只给了一个截面所以我分不出是s轨道还是p轨道。但是总之道理是一样的，Br的价层s和p轨道都有很多径向节面，所以假如从价层s、p轨道失电子而不伴随其他过程，就会发现在径向节面处电子密度没有减少。但是Br失了电子势必会导致沿着比如说sigma键把旁边原子的电子吸过来一点，这么一来径向节面处的电子密度就不仅仅是没有减少，而是略有增加了。但这和内层电子无关，内层电子激发上来需要的能量太高了

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-1 18:15

wzkchem5 发表于 2023-7-1 16:18
哦你只给了一个截面所以我分不出是s轨道还是p轨道。但是总之道理是一样的，Br的价层s和p轨道都有很多径向 ...

谢谢老师的解答，您说的从价层s，p轨道失电子不伴随其他过程，一般指什么过程呀

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-1 23:18

ddddnight 发表于 2023-7-1 11:15
谢谢老师的解答，您说的从价层s，p轨道失电子不伴随其他过程，一般指什么过程呀

我是说不伴随其他轨道的变形

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-2 10:00

wzkchem5 发表于 2023-7-1 23:18
我是说不伴随其他轨道的变形

好的老师，感谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-2 12:31
part1.gjf里根本不应该写genecp，此密度差图根本没意义
part1.fch里485个基函数，part2.fch里39个，而整体part.fch里650个，根本都对不上

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-2 21:53

sobereva 发表于 2023-7-2 12:31
part1.gjf里根本不应该写genecp，此密度差图根本没意义
part1.fch里485个基函数，part2.fch里39个，而整体 ...

太感谢老师的回答了。请问老师，我是在gaussview里面，通过删原子来划分片段然后计算的，请问出现这种基函数不匹配的原因可能是什么呀

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-2 23:14

sobereva 发表于 2023-7-2 12:31
part1.gjf里根本不应该写genecp，此密度差图根本没意义
part1.fch里485个基函数，part2.fch里39个，而整体 ...

老师，我刚才重新计算了下，通过gaussian转换得到的fch文件part是650个基函数，part1是614个基函数，part2是39个基函数，part1和part2加起来还多了三个

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 01:34

ddddnight 发表于 2023-7-2 23:14
老师，我刚才重新计算了下，通过gaussian转换得到的fch文件part是650个基函数，part1是614个基函数，part ...

那通常是Gaussian自动去掉了线性依赖基函数所致，输出文件里搜nbasis和nbsuse，如果后者小于前者，说明就是这种情况。

加上IOp(3/32=2)可以避免自动这种处理。但这是可以忽略的问题

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-3 02:47

sobereva 发表于 2023-7-3 01:34
那通常是Gaussian自动去掉了线性依赖基函数所致，输出文件里搜nbasis和nbsuse，如果后者小于前者，说明就 ...

谢谢老师的解答。可以理解为，片段的基函数相加可以大于整体的，但不能小于整体，这样就可以进行电子密度差计算了。是吧，老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 03:10

ddddnight 发表于 2023-7-3 02:47
谢谢老师的解答。可以理解为，片段的基函数相加可以大于整体的，但不能小于整体，这样就可以进行电子密度 ...

没有大于小于行不行的这种关系
只不过是自动去除的那些线性依赖基函数对电子密度分布影响甚微，所以不必刻意理会

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-7-3 08:33

sobereva 发表于 2023-7-3 03:10
没有大于小于行不行的这种关系
只不过是自动去除的那些线性依赖基函数对电子密度分布影响甚微，所以不必 ...

好的老师，这下懂了，谢谢您

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