计算化学公社

标题: 含锌离子金属蛋白模拟没有金属离子的力场参数怎么办呀 [打印本页]

作者
Author: yolo-bike 时间: 2023-6-30 16:12
标题: 含锌离子金属蛋白模拟没有金属离子的力场参数怎么办呀
用NAMD进行金属蛋白（pdb code ：1mey）的模拟操作，
查到了含金属的的top文件（top_all22_prot_metals.inp和par_all22_prot_metals.inp）生成psf，但是在能量最小化和能量平衡修改配置文件的时候锌离子不知道怎么处理。考虑过使用amber但是导师希望我用NAMD来进行操作，请问一下前辈们要怎么构建金属力场文件呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 07:30
如果要C-Zn当成化学键看待，需要算出来相应的bond参数。比如可以挖个簇模型，冻结边缘然后用Gaussian等量化程序做优化和振动分析，优化后的键长作为平衡键长参数，用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）基于振动分析得到的Hessian矩阵计算键的力常数。

作者
Author: yolo-bike 时间: 2023-7-3 10:45

sobereva 发表于 2023-7-1 07:30
如果要C-Zn当成化学键看待，需要算出来相应的bond参数。比如可以挖个簇模型，冻结边缘然后用Gaussian等量化 ...

感谢sob老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)