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标题: 量子化学软件Amesp简介 [打印本页]
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-6-30 19:29
标题: 量子化学软件Amesp简介
本帖最后由 Warm_Cloud 于 2023-6-30 19:31 编辑
Atomic and molecular electronic structure program(Amesp)是由张英峰独立开发(2016.3-至今)的一款GTO框架的闭源免费的量子化学软件，软件由Fortran语言编写，软件网址为www.amesp.xyz。Amesp软件支持多种WFT方法和DFT方法及其一阶和二阶解析导数，可进行几何优化以及振动分析，支持激发态计算，并可以考虑溶剂化以及相对论效应。同时可以使用RI和COSX等近似方法加快能量和能量导数的计算，SCF采用多种方法提高收敛的稳定性和速度。关于软件具体的使用将在后续逐一介绍，软件的简介如下:
(1) WFT方法：
RHF, UHF, ROHF。
RMP2, UMP2, ROMP2, SCS-MP2, SOS-MP2。
基于RHF和UHF的 MP3, MP2.5, MP4。
基于RHF和UHF的 CID, CISD, QCISD, QCISD(T)。
基于RHF和UHF的 CCD, CCSD, CCSD(T)。
CASSCF, CASCI, Full CI。
检测RHF,UHF,ROHF的波函数稳定性。
(2) DFT方法：
RKS, UKS, ROKS，支持LDA, GGA, meta-GGA三种类型的泛函,以及双杂化泛函,共24种泛函。
LDA: lsda, xalpha; GGA: pbe, blyp, pw91, bp86, hcth407。
meta-GGA: tpss,m06l。
Hybrid-GGA: b3lyp, bhlyp, pbe0, b3pw91, b97, b971, b972。
Hybird-meta-GGA: tpssh, tpss0, m06-2x, m05-2x。
Double-hybrid functionals: b2plyp, b2gp-plyp, dsd-pbep86, dsd-blyp。
检测RKS,UKS,ROKS的波函数稳定性。
(3) 大体系计算方法：
DFTB方法。
UFF力场。
(4)激发态方法：
基于RHF, UHF, ROHF的CIS, TDHF方法
基于RKS, UKS, ROKS的TDDFT, TDA方法。
基于RHF, UHF的CIS(D)方法。
基于RKS, UKS的双杂化泛函的激发态(TDDFT, TDA)计算。
SOC: 单重态-三重态的旋轨耦合矩阵元。
NAC: 基态-激发态的非绝热耦合矩阵元。
(5)加速计算的方法：
使用 RI 近似和 chain of spheres exchange(COSX) 近似加速SCF，MP2以及激发态计算，其中RIJ和COSX支持到二阶解析导数。
(6)辅助SCF收敛方法：
初猜：harris, huckel, gwh, core。
使用ADIIS/EDIIS+CDIIS的组合加快收敛, Second-Order SCF(soscf)。
其他：密度阻尼方法，费米展宽，能级移动。
(7)溶剂化效应：
使用CPCM隐式溶剂化模型考虑溶剂化效应，支持到二阶解析导数。
(8)相对论效应：
使用Spin-free exact two-component(SF-X2C)考虑标量相对论效应，支持到一阶解析导数。
(9)波函数分析：
mulliken电荷和löwdin电荷，电子密度，多极矩，静电势(esp)和密度拟合静电势(df-esp), 交换相关势等。
(10)其他：
极化率，电荷转移积分，Mayer能量分解方法，DFT-D2和DFT-D3，Basis Set Superposition Error(BSSE)，定域化轨道计算等。
(11)一阶解析导数：
RHF, UHF, ROHF, RMP2, UMP2。
RKS, UKS,ROKS,支持LDA, GGA, meta-GGA三种类型的泛函,以及双杂化泛函。
基于RHF和UHF的CIS,TDHF。
基于RKS, UKS的TDDFT, TDA方法。
CASSCF方法。
DFTB方法。
UFF力场。
(12)几何优化：
使用berny方法，支持使用解析一阶导数和解析二阶导数进行优化，支持笛卡尔坐标、冗余内坐标以及内坐标优化，支持限制性优化。
(13)二阶解析导数：
RHF, UHF。
RKS, UKS,支持LDA, GGA, meta-GGA三种类型的泛函。
UFF力场。
可以对其他支持一阶解析导数计算的方法使用数值方法进行计算，计算谐振频率以及相关的热力学量，解析二阶导数也可用于几何优化。
欢迎大家下载使用并提出宝贵的意见。
作者Author: 泡泡媛 时间: 2023-6-30 20:11
本帖最后由 泡泡媛 于 2023-6-30 20:45 编辑
大师大法好
作者Author: kimariyb 时间: 2023-6-30 20:16
大师，你认为 Amesp 相比于其他量化程序有什么长处呢
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-6-30 20:22
目前没有，后面会做一些特色。
作者Author: chrinide 时间: 2023-6-30 21:31
七年磨一剑，一剑耀九州
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2023-6-30 22:31
大师大法好
作者Author: exity 时间: 2023-7-1 12:48
大师大法好
作者Author: tuz 时间: 2023-7-1 19:49
大师，太腻害了
作者Author: Aridea 时间: 2023-7-3 16:46
暖云大师大法好
作者Author: Aridea 时间: 2023-7-3 16:49
不知道以后社长的multiwfn有没有可能适配输入生成
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-4 08:29
那要看Amesp后面发展的如何了，有没有必须使用它的理由了。
作者Author: ABetaCarw 时间: 2023-7-4 10:27
暖云大师，这个软件做大做强后，会有商业化的打算吗？
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-4 15:42
先做大做强再说，这可不是一般的难。。。。。
作者Author: ChemG 时间: 2023-7-4 17:16
大师，有几个小问题
1. 是否考虑做一个类似用Multiwfn输入文件的小程序，或者直接调用Multiwfn来产生Amesp的输入文件，就像论坛的小伙伴调用Multiwfn产生QE的输入文件一样 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D41 ，这样感觉确实可以极大的降低入门Amesp的门槛（对新手）
2. 优化或振动分析的输出文件可以用哪些软件可视化嘛？或者像钟老师和冰冰姐那种监控小脚本（社长写过类似的小程序，可以将其他软件的输出文件转化为Gauss View可用的格式）
这是浅浅的使用Amesp和看手册过程中产生的一些小问题，输出很清爽，输入文件写起来也不难，希望Amesp越来越好，大师太强了
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-4 20:21
1，Bin里面有一个简单的小程序，叫amg，可以把用gview产生的.gjf文件转成amesp的.aip文件（只能拷贝高斯的方法和基组，目前还十分原始），用法是amg *.gjf。这个我忘了在一开始介绍了。。。囧。
2，优化的话，Bin里面有个aopt的脚本，可以用来监控opt的过程，具体用法为aopt *.aop。可视化的话，我们也在想办法的，先尝试用ase。
多谢支持！我会好好做Amesp的！
作者Author: lanthanum 时间: 2023-7-14 02:44
http://www.zhjun-sci.com/software-qbics-download.php
http://qbics.info/home/qhome.html
如果能和这个qbics程序（更注重QM/MM）双剑合璧，是不是就无敌了。
作者Author: aaq2800 时间: 2023-7-14 07:47
开发软件不容易，能广泛认可更不容易，需要长期的维护升级
作者Author: 卡开发发 时间: 2023-7-14 10:37
ase的接口我们这边正在进行，现在在测试和撰文阶段，第一个版本可能不会那么完善，如果大家感兴趣可以二次开发。
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-14 12:54
QM/MM我在做了，Amber力场马上就写完了，然后就是结合了。
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-14 12:56
会一直维护的。
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-14 12:56
冬锅大法好
作者Author: 泡泡媛 时间: 2023-7-14 13:32
本帖最后由 泡泡媛 于 2024-1-22 20:09 编辑
比较好奇大师对于amesp的定位，感觉你的主体、功能和定位跟orca非常像，但是又杂糅了好多其他的方法，感觉是要做个又大又全的软件出来，市面上已经有好多成熟的商业软件，各自有特色，amesp会不会没有啥竞争优势呢
作者Author: shalene 时间: 2023-7-14 17:41
厉害，加油！
作为合成实验组，计算主要用来辅助。曾经高斯用得多，现在orca是主力。
个人体会，orca的主要痛点就俩，一是openmpi导致并行时用的内存太多，分子大点，512G都不够用；二是没有高斯鲁棒，分子小点没事，分子大些就莫名其妙的出错。
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-14 18:03
just for fun
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-14 18:07
不一定非要跟高斯和orca抢市场，我对amesp的定位是：gaussian和orca擅长的，我尽量做做，竞争不过也正常。但是会做一些在生物体系相关的原创方法，或者一些小功能钻钻空子啊，跟实验组合作解决所需啊等等。
他们擅长的我一点点的做，万一能做的很好呢，哈哈。对我来说，Amesp更像是玩游戏，不期望它成材，但是尽力而为之。
作者Author: tomwong4253 时间: 2023-7-15 11:26
生物体系原创方法。。。DNA动了
大师大法好
作者Author: 泡泡媛 时间: 2023-7-15 13:15
本帖最后由 泡泡媛 于 2024-1-22 20:09 编辑
很佩服大师作为开发者这样的心态，同时也很佩服大师有独立写一个完整软件的能力，但没什么人用也是一个很大的问题啊，我为什么会问这样的问题，主要是因为计算软件的市场太内卷了，我自己看了一下维基百科非常著名的软件就有四十几款，再加上科研圈自己做的各种课题组做的，简直不敢想象。
我觉得如果一开始没有把自己的特色和优势显露出来，很快就会淹没在大众的视野中，宣传周期过了很少有人记得，大师你选的这两个市场都很拥挤，生物这个领域业界现在都快杀疯了。
私以为工业软件想要做成功，有一定的用户，必须要找到相当强的用户需求才行，要解决一个没有被很好的解决的问题，或者像你说的做没有的功能和做的比竞争对手强，我们现在不仅仅是玩家同时还是开发者和游戏主播。
我觉得论坛中有几个做的相对比较成功的，他们选择了一个互补的途径，社长的波函数软件，张老师的团簇筛选和唐刚师兄他们做的vaspkit。
鲜明的强大的软件功能加上有力精美的营销宣传再加上良好的服务反馈迭代是我现在能想到的很好的工业软件所具备的三大优势。
当然冬哥说的组队开黑做开源做二次开发是个不错的主意，你说的一切只是为了好玩的这种观念或许是你独有的特色，我觉得或许通过有趣的不正经的宣传手段通过amesp宣导你游戏人生的观念是个另辟蹊径的渠道，或许大师可以自己想想你独特的优势。你可以观察下几个主流计算软件公众号最大的阅读量在3000左右，我觉得可能这是开始做的好的一个上限了。
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-7-15 16:55
我说了just for fun，我就没想着做大。我更多的是给自己做方法的平台。你要知道，有些事情没法走捷径。你在这里省了，早晚在其他方面找补回来。无心插柳柳成荫，多我一个不浪费资源的傻子做傻事有什么问题？
作者Author: liaorongbao 时间: 2023-7-16 09:44
与Sobereva大师和暖云大师生活在同一时代，是幸运的！
作者Author: 卡开发发 时间: 2023-7-16 10:37
组队开黑的意思就是就是一块玩玩的，不要想太多。至于二次开发，其实也没那么局限，哪怕有人能借鉴解决问题的方式去尝试给其他求解器用其他的方式做一些前后处理，那都算是起到一些正向作用，就已经比一些人依赖某些团队才能进行科研的方式进步不少了。
作者Author: hebrewsnabla 时间: 2023-7-16 17:53
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2023-7-16 17:55 编辑
amesp最近在公众号上的介绍文章阅读量也接近3000了。可能不做方法的没有感觉，得益于大师近三四五六年的铺垫，amesp在发布之前的知名度已经非常高了。
我觉得amesp就是amesp，没必要去抢什么市场。做软件的目的本未必要是抢市场，很多知名量化程序最初都只是作者自用的。而且，个人开发者如果要照顾一大大大大堆用户的需求，也很累的。
作者Author: chrinide 时间: 2023-10-26 22:59
貌似 主页无法访问
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2023-10-27 09:03
目前网页换了主机，在备案，最晚下周就可以了。
作者Author: Nulix 时间: 2023-11-2 10:14
大师，请问Amesp能支持周期性的计算吗？
作者Author: CCLI 时间: 2024-2-22 14:51
请问做 Mayer EDA，能去算分子的对称破缺态吗？
作者Author: zhangfuqiang 时间: 2024-5-6 11:03
有c++的api吗？我帮你整个界面
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2024-5-6 11:28
目前不支持。
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2024-5-6 11:29
十分感谢，Amesp是用Fortran写的，没有c++的api，可以通过输出文件交互。
作者Author: zhangfuqiang 时间: 2024-5-7 16:07
我先整整，搞得差不多了告诉您
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2024-5-7 20:18
感谢！
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