计算化学公社

标题: 有关缩减福井函数（CFF）的计算公式疑问 [打印本页]

作者
Author: djs1209 时间: 2016-8-1 23:23
标题: 有关缩减福井函数（CFF）的计算公式疑问
本帖最后由 djs1209 于 2016-8-1 23:26 编辑

我看到Multiwfn 3.3.8版本的Manual 4.7.3节有关于缩减福井函数（CFF）的详细计算公式，本人初次涉及，因而在这方面有一些疑问。为什么使用手册和sober大神的诸多论文如（“亲电取代反应中活性位点预测方法的比较”、“预测亲核反应位点方法的比较”）里的CFF公式都是这样的； (, 下载次数 Times of downloads: 42)

[attach]5465[/attach]而大多数文章里面都是符号相反，如4.7.3节引用的example里的J. Phys. Chem. A, 106, 3885中的计算公式为 (, 下载次数 Times of downloads: 40) ，符号完全是相反的。我现在计算一个分子时（hirshfeld电荷），如果按照Manual 4.7.3节CFF的计算公式，得到的部分原子f0值都是负值（但是绝对值很大），按照判断原则这些原子显然不是活性位点，这些原子却恰恰是实际反应的活性位点。如果按照其他文献中的计算方法符号相反，正好得到正值，而且数值也是最大的，恰恰呢符合实际情况的活性位点，以致现在很困惑。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-1 23:41
Multiwfn手册里的q是指原子电荷，你那个文献里的Q是指布居数，当然是反着的
Multiwfn手册和我发的文章里的公式都是绝对正确的。f怎么算手册里有例子。

作者
Author: djs1209 时间: 2016-8-1 23:56

sobereva 发表于 2016-8-1 23:41
Multiwfn手册里的q是指原子电荷，你那个文献里的Q是指布居数，当然是反着的
Multiwfn手册和我发的文章里的 ...

非常感谢sober老师的讲解，但是为什么我计算出来的分子三种（N、N+1和N-1）所得到的f0值（以7S为例）为什么是负值呢，正常这个分子里面S肯定是最大的，也是最强的活性位点。麻烦老师帮忙解惑，非常感谢。 (, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-1 23:59

djs1209 发表于 2016-8-1 23:56
非常感谢sober老师的讲解，但是为什么我计算出来的分子三种（N、N+1和N-1）所得到的f0值（以7S为例）为什 ...

你拿什么电荷算的简缩福井函数？

PS：上传较大文本文件（>2MB）前请压缩以节省论坛空间。

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Author: sobereva 时间: 2016-8-2 00:02
根据你的文件名，体系电荷设定你都弄错了
手册和文献中N都是指电子数，SMX_N-1比中性少一个电子，体系理应带+1净电荷，但你设的净电荷居然是-1
你先把Multiwfn手册里计算简缩福井函数的例子完整重复一遍，以免操作步骤犯错

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Author: djs1209 时间: 2016-8-2 00:06

sobereva 发表于 2016-8-1 23:59
你拿什么电荷算的简缩福井函数？

PS：上传较大文本文件（>2MB）前请压缩以节省论坛空间。

谢谢老师。现在这个log文件里是NBO的，hirshfeld电荷我用Multiwin也生成算了，结果都是f0为负值。我的分子在计算N-1时，会自动在7S处断开成2个分子，会不会是这种原因导致了7S处的电荷在N-1时始终小于N+1时，因而得到的f0值始终是负值？

作者
Author: djs1209 时间: 2016-8-2 00:10

sobereva 发表于 2016-8-2 00:02
根据你的文件名，体系电荷设定你都弄错了
手册和文献中N都是指电子数，SMX_N-1比中性少一个电子，体系理应 ...

谢谢老师的回答，这下我明白了，N指的是电子数。还有一个问题：就是在优化一个分子时，自动断裂成2个分子，会不会影响电荷的结果，这个时的电荷进行CFF计算还能不能作为依据了。

作者
Author: djs1209 时间: 2016-8-2 00:18

sobereva 发表于 2016-8-2 00:02
根据你的文件名，体系电荷设定你都弄错了
手册和文献中N都是指电子数，SMX_N-1比中性少一个电子，体系理应 ...

再请教老师您一个问题，以前计算电荷时，有审稿人提出这样的问题：1. The authors selected B3LYP. This functional tends to overestimate bond lengths and activation barriers. For at least one case the authors should redo calculations using of one of the plethora of modern functionals (e.g. one of the Truhlar's functionals) and compare the results. 建议增加Truhlar函数方法(如m06)进行校核。我想问老师的是如果计算CFF时，使用B3LYP函数和M06方法，哪种函数更加适合？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-2 16:02

djs1209 发表于 2016-8-2 00:10
谢谢老师的回答，这下我明白了，N指的是电子数。还有一个问题：就是在优化一个分子时，自动断裂成2个分子 ...

当然会影响，结构不同原子电荷自然不同

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-2 16:04

djs1209 发表于 2016-8-2 00:18
再请教老师您一个问题，以前计算电荷时，有审稿人提出这样的问题：1. The authors selected B3LYP. This ...

结果不会相差多少，也没有哪种泛函更合适之说

另外，condensed要翻译成简缩而不是缩减

作者
Author: djs1209 时间: 2016-8-2 19:51

sobereva 发表于 2016-8-2 16:04
结果不会相差多少，也没有哪种泛函更合适之说

另外，condensed要翻译成简缩而不是缩减

好的，非常感谢sober老师的解答

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