计算化学公社

标题: 请问在gromacs中如何判断溶质已经完全溶解在溶剂中？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2023-6-30 22:34
标题: 请问在gromacs中如何判断溶质已经完全溶解在溶剂中？
请问各位老师同学，在用Gromacs计算溶液性质时如何判断溶质的分子已经均匀地分散在溶剂盒子中？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 07:20
比如可以写VMD tcl脚本，统计平均每个溶质分子附近几埃内其它溶质分子数，如果到最后接近0了，说明充分分散开了。

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-1 14:42

sobereva 发表于 2023-7-1 07:20
比如可以写VMD tcl脚本，统计平均每个溶质分子附近几埃内其它溶质分子数，如果到最后接近0了，说明充分分散 ...

请问社长，可否通过统计溶质与溶剂分子之间的能量或者溶剂可及表面积等来判断是否均匀分布？
另若通过统计平均每个溶质分子附近几埃内其它溶质分子数来判断再跑md模拟的时候盒子是否应该设置的足够大（否则溶质分子没有充足的地方分散开）？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-2 11:36

UTM 发表于 2023-7-1 14:42
请问社长，可否通过统计溶质与溶剂分子之间的能量或者溶剂可及表面积等来判断是否均匀分布？
另若通过统 ...

靠这个没法判断是否溶质分子还相互挨着。只能作为辅助讨论

病句

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-2 21:30

sobereva 发表于 2023-7-2 11:36
靠这个没法判断是否溶质分子还相互挨着。只能作为辅助讨论

病句

谢谢社长，我是想问盒子是不是应该设的大一点保证溶质分子有充足的空间分散开？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 01:33

UTM 发表于 2023-7-2 21:30
谢谢社长，我是想问盒子是不是应该设的大一点保证溶质分子有充足的空间分散开？

是

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-3 19:13

sobereva 发表于 2023-7-3 01:33
是

好的，谢谢社长

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-4 16:44

sobereva 发表于 2023-7-1 07:20
比如可以写VMD tcl脚本，统计平均每个溶质分子附近几埃内其它溶质分子数，如果到最后接近0了，说明充分分散 ...

社长，请问这个距离应该设置成多少为好？（我的分子是一个较长的有碳链的分子，设置成分子长度的一半可以吗？）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 02:21

UTM 发表于 2023-7-4 16:44
社长，请问这个距离应该设置成多少为好？（我的分子是一个较长的有碳链的分子，设置成分子长度的一半可以 ...

比如5至7埃
注意我是指分子间最近的一对原子距离

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-5 08:28

sobereva 发表于 2023-7-5 02:21
比如5至7埃
注意我是指分子间最近的一对原子距离

明白了，谢谢社长

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)