计算化学公社

标题: 用orca计算的gbw文件经Multiwfn转化net charge不对 [打印本页]

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-1 20:38
标题: 用orca计算的gbw文件经Multiwfn转化net charge不对
各位老师好，最近用ORCA计算了一个200多个原子的过渡金属配合物体系的opt+freq任务，在正常优化后，用Multiwfn软件转化时出现如下警告
!! Warning! Warning! Warning! Warning! Warning! Warning! Warning! Warning !!
The net charge of this system is quite large (  224)! Probably ECP is employed while you forgot to modify the atomic indices in [atoms] field of the .molden file to actual nuclear charges, in this case some analysis results will be problematic! Please check "Molden" part of Section 2.5 of Multiwfn manual to understand why and how to modify the file
Press ENTER button to continue

输入文件中设置的是0 1，中性体系，我后续想使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析，需要用到MK电荷，当我用gbw或molden文件导出MK电荷，出现不正常的电荷数值，如下所示
Cd 1.768200 7.728701 -1.007700  28.9148393944
O    2.667600 5.571901 -0.989600  -0.3499019821
O    0.689100 5.547301 -0.054100  -0.4425031918
O -0.216500 8.446801 0.054100  -0.4435828741
O    2.162700 9.975002 -1.776200  -0.3882734195
O    3.696501 8.523501 -2.144700  -0.3496486180
C    3.303201 9.680501 -2.176300 0.2770956722
.........

金属Cd的MK电荷竟然是28.9，这应该不对吧，我看卢天老师的博文中，这些值相加应该是分子带的整体电荷，根据卢老师的博文看了Multiwfn手册中的Section 2.5,但还是没有找到修改的方式。
想请教各位老师这个问题应该怎么解决，
1.只能通过Gaussian16计算的chk文件来计算MK电荷吗
2.ORCA计算的文件都有这个计算前后电荷不一致的问题，Gaussian设置完计算前后都是一致的，这个可以通过后处理将ORCA计算结果的电荷修改为实际的值

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-1 22:06
提示里写得很明白了，自己修改molden文件，以让Multiwfn知道用了赝势的原子的实际有效核电荷是多少，此文里也说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

怎么会看不懂Multiwfn手册2.5节写的？里面附的链接http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?pid=721里连具体修改例子都给明了
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-3 20:31

sobereva 发表于 2023-7-1 22:06
提示里写得很明白了，自己修改molden文件，以让Multiwfn知道用了赝势的原子的实际有效核电荷是多少，此文里 ...

好的，谢谢Sob老师一直来的指导

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-4 13:37

sobereva 发表于 2023-7-1 22:06
提示里写得很明白了，自己修改molden文件，以让Multiwfn知道用了赝势的原子的实际有效核电荷是多少，此文里 ...

老师，你好，我在修改完W6+和Cu+的核电荷后，导出的MK电荷如下
Center    Charge
   1(W )  24.4600724751
   2(W )  24.4453197867
   3(Cu)  -7.8399926816
   4(Cu)  -7.8895262916
   5(Cu)  -7.8503081365
   6(S )  -0.2195360105
   7(S )  -0.2299459716
   8(S )  -0.2388799010
   9(S )  -0.2305712648
10(S )  -0.2214299986
11(O )  -0.4105849615
12(N )  -0.1416915747
13(N )  -0.4112708385
.........
我修改的W6+核电荷为38，Cu+为21，我的体系结构为四面体超分子簇，整体带+8电荷，是基于BLYP-D3/def2-SVP优化得到的molden文件
想请教老师，1.我这里计算的W6+和Cu+的核电荷是不是不正确，如果不对的话应该怎么计算合适？
2.在这个体系中，只需要修改金属W和Cu的核电荷吗，其它原子如B、S的核电荷需要修改吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 02:13

dengyh 发表于 2023-7-4 13:37
老师，你好，我在修改完W6+和Cu+的核电荷后，导出的MK电荷如下
Center Charge
1(W ) 24.4 ...

还是没改对
把ORCA输入文件、输出文件压缩后上传，molden文件压缩后传网盘贴链接

对B、S一般都用全电子基组，不需要改

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-6 13:30

sobereva 发表于 2023-7-5 02:13
还是没改对
把ORCA输入文件、输出文件压缩后上传，molden文件压缩后传网盘贴链接

好的，辛苦卢老师了，压缩好的ORCA输入、输出及molden文件见链接：https://pan.baidu.com/s/1ZZ2s8YeaLa-Mk9J53NYmyA
提取码：msy9
谢谢!

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-7 11:15

dengyh 发表于 2023-7-6 13:30
好的，辛苦卢老师了，压缩好的ORCA输入、输出及molden文件见链接：https://pan.baidu.com/s/1ZZ2s8YeaLa- ...

输出文件里能清楚看到

NO LB ZA FRAG MASS X Y Z
0 W 14.0000* 0 183.850 20.341768 10.945672 16.280747
1 W 14.0000* 0 183.850 11.000474 -20.222904 -16.188339
2 Cu 29.0000 0 63.550 16.027334 8.486193 16.638661
3 Cu 29.0000 0 63.550 19.598728 7.806837 12.526239
4 Cu 29.0000 0 63.550 12.530396 -17.057235 -12.693479
5 S 16.0000 0 32.060 -16.389595 -12.562710 17.191972

复制代码

显然你的molden文件里Cu后面必须仍然保持29，不能改，4个W后面必须都改为14

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-7 12:53

sobereva 发表于 2023-7-7 11:15
输出文件里能清楚看到

好的，谢谢卢老师，我修改一下试试

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