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标题: 求助：蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD [打印本页]

作者
Author: youzi96 时间: 2023-7-2 10:57
标题: 求助：蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD
各位老师好！我最近在做蛋白双配体复合物在正己烷-水两相中的MD，根据实验所用的溶剂（2%水合的正己烷）计算了相应的正己烷和水的分子数，用packmol构建了盒子并把蛋白-配体复合物放在了盒子的中心，想请教一下可以用这个结构直接去跑MD吗？我一般用的力场是Gromos54a7，我的水分子和正己烷都是在PubChem上面下载的，如果我用这个模型进行MD的话水分子的类型会不会在此力场下面不识别呀？下面是我构建的复合物pdb，麻烦各位老师帮忙看一下，谢谢谢谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-2 11:12
结构离谱，用VMD看一眼便知，原子间距离太近了

模型和力场是两码事

作者
Author: youzi96 时间: 2023-7-2 13:24
好的老师，我是不是得把tolerence2.0增大呀？调整到多少合适呢？第一次做有点懵

作者
Author: youzi96 时间: 2023-7-2 13:26
这是packmol我用的参数，麻烦老师帮我看一下，谢谢谢谢谢！

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