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标题: 求助关于动力学中控温的疑问 [打印本页]

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Author: 古德猫宁341 时间: 2023-7-2 20:39
标题: 求助关于动力学中控温的疑问
本帖最后由古德猫宁341 于 2023-7-2 20:40 编辑

各位老师好，我在md.mdp文件中设了3个退火点，先将体系从370K降温至360K，然后将温度保持在360K，如图。请问采用这种方式将温度稳定在360K，与单独跑一个360K下的NPT有区别吗（其他设置完全一样）？我采用了前者的方式，发现温度波动非常大。取最后1ns的温度进行平均，发现最后得到的温度与我所设定的温度差了10K左右。请问为什么温度波动会这么大呢？请各位老师指教。
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 01:13
没区别
大概率是热浴的事。尝试更小的tau_t或者berendsen再试。并且对比密度等属性和不用退火时是否吻合
用coulombtype = cut-off很奇怪，如今跑凝聚相周期性体系基本没人用这个，普遍都用PME

作者
Author: 古德猫宁341 时间: 2023-7-3 09:36

sobereva 发表于 2023-7-3 01:13
没区别
大概率是热浴的事。尝试更小的tau_t或者berendsen再试。并且对比密度等属性和不用退火时是否吻合
...

感谢sob老师。您说的是将热浴改为berendsen吗？我一开始理解错了，我将压浴从P-R改为berendsen之后就温度正常了。
因为我现在的体系原子电荷都设为0了，用PME的话gromacs提示说会消耗大量性能，建议我使用cut-off。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-3 09:41

古德猫宁341 发表于 2023-7-3 09:36
感谢sob老师。您说的是将热浴改为berendsen吗？我一开始理解错了，我将压浴从P-R改为berendsen之后就温度 ...

我不知道你跑的什么体系，怎么会原子电荷都为0
本来PR压浴不推荐体系达到平衡状态之前使用。既然改了压浴就解决了，就这么用就完了。

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Author: 古德猫宁341 时间: 2023-7-3 11:00

sobereva 发表于 2023-7-3 09:41
我不知道你跑的什么体系，怎么会原子电荷都为0
本来PR压浴不推荐体系达到平衡状态之前使用。既然改了压 ...

老师，我模拟的是聚乙烯体系，使用的是TraPPE的联合原子力场，但是它官网的介绍中好像没有提到原子电荷。请问原子电荷全设为0结果误差会很大吗？我看了您写的用Multiwfn计算RESP电荷的帖子，是不是用RESP电荷代替会更好？

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Author: sobereva 时间: 2023-7-3 11:05

古德猫宁341 发表于 2023-7-3 11:00
老师，我模拟的是聚乙烯体系，使用的是TraPPE的联合原子力场，但是它官网的介绍中好像没有提到原子电荷。 ...

可以都当成0，毕竟TraPPE力场就那么定义的
RESP电荷主要适合GAFF力场

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Author: 古德猫宁341 时间: 2023-7-3 11:17

sobereva 发表于 2023-7-3 11:05
可以都当成0，毕竟TraPPE力场就那么定义的
RESP电荷主要适合GAFF力场

明白了，谢谢sob老师

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