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标题: Uni-Dock教程：上手体验「1600 ×」加速的分子对接计算 [打印本页]

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Author: farfarcheng 时间: 2023-7-4 11:18
标题: Uni-Dock教程：上手体验「1600 ×」加速的分子对接计算
本帖最后由 farfarcheng 于 2023-7-4 11:30 编辑

分子对接与 Uni-Dock

分子对接（Docking）方法在药物早期设计阶段的虚拟筛选中具有重要应用，但是随着化学分子库的急速增长，传统的分子对接已经难以在合理成本下处理千万级、亿级数据库的虚拟筛选工作[1]。2023年6月13日，Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening [2]作为封面文章在 Journal of Chemical Theory and Computation 上发布。

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Uni-Dock

通过充分利用 GPU 并行计算性能和显存空间，结合细致的流程设计调优，在保持计算精度的前提下，在NVIDIA V100 GPU上实现了对比 AutoDock Vina 单核计算超 1600 倍的加速比率，是其他 GPU 加速的分子对接引擎的 10 倍以上，以 0.1s/ligand 的分子对接效率，仅花费不到 12 小时就能完成超 3820 万分子数据库的虚拟筛选工作。更多研究细节，可查看 JCTC封面文章｜深势科技Uni-Dock：支持极大规模数据库虚拟筛选的高性能对接引擎。

针对使用者需求，Uni-Dock 提供了多种便捷使用方式，在遵循使用协议的前提下，学术用户可以从深势科技 GitHub 仓库（https://github.com/dptech-corp/Uni-Dock）免费获取 Uni-Dock 的最新发行版，使用极致加速的 Uni-Dock 高效推进科研进程。在本期中，我们将向大家介绍另外两种更加便捷的使用方式：Notebook 与 Uni-Dock APP。

Notebook 上手实践

我们带来了专为初学者设计的 Uni-Dock 上手 Notebook案例。跟随其中，一步一步地使用 Uni-Dock 完成从批量提交筛选任务到结果回收分析的一系列工作，从虚拟筛选任务开始逐步掌握这一强大的高性能计算工具。

现在就点击查看吧：https://nb.bohrium.dp.tech/detail/1288?utm_source=keinsci

Uni-Dock APP

如果您已了解 Uni-Dock 的使用方法，想用 Uni-Dock 完成一个虚拟筛选工作，但手头没有 GPU 机器，也可以便捷地通过 Uni-Dock App（https://app.bohrium.dp.tech/uni-dock?utm_source=keinsci）提交虚拟筛选作业。

简单四个步骤提交任务，快速完成虚拟筛选并返回结果：

IO Options：配置输入文件
Job Options：设置变量
System Options：配置系统级参数
Review：所有配置参数的摘要

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Uni-Dock APP 在线界面

感兴趣的童鞋可以查看原文并加入Uni-Dock 交流群：https://mp.weixin.qq.com/s/DAdjKEmtNZZpzyN_1Wl2QQ

参考文献：
[1] Lyu, J., Wang, S., Balius, T.E., Singh, I., Levit, A., Moroz, Y.S., O’Meara, M.J., Che, T., Algaa, E., Tolmachova, K. and Tolmachev, A.A., 2019. Ultra-large library docking for discovering new chemotypes. Nature, 566(7743), pp.224-229.
[2] Yu, Y., Cai, C., Wang, J., Bo, Z., Zhu, Z., & Zheng, H. (2023). Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening. Journal of Chemical Theory and Computation.

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