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标题: 求助：Gromacs转换轨迹格式时报错，求大神指点 [打印本页]

作者
Author: 1121571266 时间: 2023-7-4 16:46
标题: 求助：Gromacs转换轨迹格式时报错，求大神指点
在运行完Gromacs动力学模拟后，发现在VMD中可视化轨迹时会出现很多跨越整个格子的键，也就是跨越格子边缘的化学键，根据提示采用gmx trjconv进行转换，但是每次都会有以下报错信息，肯定懂行的大神指点一二，感激不尽。

                  :-) GROMACS - gmx trjconv, 2022.2 (-:

Executable: /public1/soft/gromacs/2022.2-oneAPI.2022.1/bin/gmx_mpi
Data prefix:  /public1/soft/gromacs/2022.2-oneAPI.2022.1
Working dir:  /public1/home/sch0015/software-sch0015/MD/Convert2
Command line:
  gmx_mpi trjconv -f out.xtc -s run.tpr -o pbc.xtc -pbc mol

Note that major changes are planned in future for trjconv, to improve usability and utility.
Will write xtc: Compressed trajectory (portable xdr format): xtc
Reading file run.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
Reading file run.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
Select group for output
Group    0 (       System) has  4328 elements
Group    1 (       Other) has  4328 elements
Group    2 (          MOL) has  4328 elements
Select a group:
-------------------------------------------------------
Program:    gmx trjconv, version 2022.2
Source file: src/gromacs/topology/index.cpp (line 866)

Fatal error:
Cannot read from input

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
Abort(1) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 05:02
确保轨迹文件正常，能正常载入VMD看到轨迹动画
如果确保给trjconv的文件都没问题、路径都写对了，用常规的gromacs，即基于gcc编译一个非MPI版再试

作者
Author: 1121571266 时间: 2023-7-5 13:13
感谢社长回复，我这就试试。

作者
Author: 1121571266 时间: 2023-7-5 22:13

sobereva 发表于 2023-7-5 05:02
确保轨迹文件正常，能正常载入VMD看到轨迹动画
如果确保给trjconv的文件都没问题、路径都写对了，用常规的 ...

社长，按照您说的还是不行，我说明一下就是我这个trr文件是MD模拟输出的轨迹，run.tpr是MD模拟使用的那个tpr文件，这应该是没有问题的吧？这个问题卡主我很久了。
                  :-) GROMACS - gmx trjconv, 2022.2 (-:

Executable: /public1/home/sch0015/software-sch0015/gromacs-2022.2/install/bin/gmx
Data prefix:  /public1/home/sch0015/software-sch0015/gromacs-2022.2/install
Working dir:  /public1/home/sch0015/software-sch0015/gmx-test
Command line:
  gmx trjconv -f trat.trr -s run.tpr -o pbc.xtc -pbc mol

Will write xtc: Compressed trajectory (portable xdr format): xtc
Reading file run.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
Reading file run.tpr, VERSION 2022.2 (single precision)
Group    0 (       System) has  4328 elements
Group    1 (       Other) has  4328 elements
Group    2 (          MOL) has  4328 elements
Select a group:
-------------------------------------------------------
Program:    gmx trjconv, version 2022.2
Source file: src/gromacs/topology/index.cpp (line 866)

Fatal error:
Cannot read from input

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
Note that major changes are planned in future for trjconv, to improve usability and utility.
Select group for output

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 09:30

1121571266 发表于 2023-7-5 22:13
社长，按照您说的还是不行，我说明一下就是我这个trr文件是MD模拟输出的轨迹，run.tpr是MD模拟使用的那 ...

没问题
该说的前面都说了，没什么可补充的

作者
Author: 1121571266 时间: 2023-7-7 16:07
本帖最后由 1121571266 于 2023-7-7 16:26 编辑

sobereva 发表于 2023-7-6 09:30
没问题
该说的前面都说了，没什么可补充的

社长，我捣鼓了几下发现如果不加-pbc选项可以正常工作，但是轨迹依然会出现很多跨越整个格子的键，问题会不是是处在-pbc选项这里还是哪里呢？
下面是我运行MD时用的mdp文件：
integrator = md
nsteps = 100000
nstxout = 100
nstvout = 100
nstfout = 100
nstlog = 100
nstcalcenergy = 100
nstenergy = 100
nstlist = 10
pbc = xyz
periodic-molecules = yes
verlet-buffer-tolerance = 0.005
vdwtype = cutoff
vdw-modifier = Potential-shift
rvdw = 1
coulombtype = Cut-off
rcoulomb = 1
fourierspacing = 0.12
gen-vel = yes
gen-temp = 400

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:26

1121571266 发表于 2023-7-7 16:07
社长，我捣鼓了几下发现如果不加-pbc选项可以正常工作，但是轨迹依然会出现很多跨越整个格子的键，问题会 ...

跟mdp没关系

确保tpr与trr是对应的，而且确保当前的gmx trjconv是你做mdrun对应的GROMACS那个版本里的

实在不行就用VMD的pbc unwrap命令来实现轨迹去周期性

作者
Author: 1121571266 时间: 2023-7-10 13:07

sobereva 发表于 2023-7-8 09:26
跟mdp没关系

确保tpr与trr是对应的，而且确保当前的gmx trjconv是你做mdrun对应的GROMACS那个版本里的 ...

好的十分感谢社长的回复

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