计算化学公社

标题: 分子对接后用高斯以簇模型计算的问题 [打印本页]

作者
Author: lujun2910 时间: 2023-7-4 17:35
标题: 分子对接后用高斯以簇模型计算的问题
请问：小分子与蛋白先用分子对接（AutoDock）得出结合能低结构，使用簇模型结合高斯计算热力学数据及电子性质等分析是否合理？
问题2:AutoDock得到的结合能最低的结构反而作用较弱（氢键只有一个），这样选取其它作用强的较低能量结构作为簇模型是否合理？
问题3：簇模型建立之后对于150原子左右使用6-31g*是否合适，48核机子。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 03:37
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “分子对接和高斯” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 03:40
1 可以。必须先做优化

2 别光看打分函数最高的，取包括打分函数最高的在内的N个看起来其它也靠谱的结构当结构优化的初猜。另外，氢键数和相互作用强度并没必然关系，不要忽略其它形式的分子间相互作用。

3 优化凑合，但至少要对形成氢键的氢加极化，单点不行

作者
Author: lujun2910 时间: 2023-7-5 08:20
本帖最后由 lujun2910 于 2023-7-5 08:24 编辑

sobereva 发表于 2023-7-5 03:37
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

下次注意，谢谢SOB老师

作者
Author: lujun2910 时间: 2023-7-5 08:23

sobereva 发表于 2023-7-5 03:40
1 可以。必须先做优化

2 别光看打分函数最高的，取包括打分函数最高的在内的N个看起来其它也靠谱的结构 ...

非常感谢老师的回答。

作者
Author: lujun2910 时间: 2023-11-7 17:46
本帖最后由 lujun2910 于 2023-11-7 17:49 编辑

大师们帮忙看看：这是算出的簇模型，有6个虚频，最大的80多，尝试很多次不能完全消掉，请问这种情况是虚频小可以使用，还是氨基酸残基补氢不合理，或者外围碳固定不合适？谢谢

作者
Author: lujun2910 时间: 2023-11-8 08:07

lujun2910 发表于 2023-11-7 17:46
大师们帮忙看看：这是算出的簇模型，有6个虚频，最大的80多，尝试很多次不能完全消掉，请问这种情况是虚频 ...

感谢大家

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