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标题: H2和SiCl4双分子体系弱相互作用优化，加弥散和色散矫正后运行一晚上没有结束 [打印本页]

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-5 08:59
标题: H2和SiCl4双分子体系弱相互作用优化，加弥散和色散矫正后运行一晚上没有结束
我想用multiwfn计算两个分子的弱相互作用力和psi4计算能量分解，首先想要得到一个优化后的双分子体系。
我看大家都说计算弱相互作用要加弥散和色散矫正，我看了文章，不知道加的对不对，结果运行了一晚上还卡在一开始的地方。
高斯版本是09W。

输入文件：%chk=D:\Files\Gaussianfiles\7.3\HCl-4\7.41.chk# opt freq B3LYP/6-31g** em=GD3 maxdisk=1500MB

运行后一晚上都卡在输出文件（附件里）里面那个位置。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 09:20
说明用的CPU
注意下文里说的卡住的问题
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

你并没有加弥散
做优化用6-311G**足矣，不需要带弥散

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-5 09:45

sobereva 发表于 2023-7-5 09:20
说明用的CPU
注意下文里说的卡住的问题
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

感谢老师的回答。

CPU内核16，逻辑处理器32

电脑里没有自己下载的杀毒软件

%chk=D:\Files\Gaussianfiles\7.3\H2-4.chk
# opt freq B3LYP/6-311g** em=GD3 maxdisk=1400MB
改过之后重新运行也是进行到之前的地方就不动了
我要继续等待吗，还是存在其他什么问题呢

作者
Author: kimariyb 时间: 2023-7-5 09:50
本帖最后由 kimariyb 于 2023-7-5 10:02 编辑

把 maxdisk=1400MB 删了试试，不知道你为什么要用这个关键词。我把这个删了，随便跑，不过你这个体系几何优化可能会难收敛，我直接拿你的 out 文件在 b3lyp(d3)/6-311g** 下做 opt 和 freq，收敛失败。如果你遇到了，最好把初猜结构摆好一点，或者在《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》（http://sobereva.com/164）里需找解决方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-5 10:08

healthy 发表于 2023-7-5 09:45
感谢老师的回答。

CPU内核16，逻辑处理器32

用linux版，或者64bit windows版（不建议用windows版，超过10核后效率极低）

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-5 19:30

sobereva 发表于 2023-7-5 10:08
用linux版，或者64bit windows版（不建议用windows版，超过10核后效率极低）

老师，我换了linux  G16版，输入文件为：
%mem=16GB%nprocshared=16
%chk=7.chk
# opt  freq B3LYP/6-311g** em=GD3
可以运行出来了。

然后我换成了H2和SiHCl3体系，用同样的方法却报错了，错误如下：
Error termination request processed by link 9999.
Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded,  NStep=28
-- Flag reset to prevent archiving.下面是我用Gview看的输出文件
(, 下载次数 Times of downloads: 14) (, 下载次数 Times of downloads: 15)
然后我根据几何优化常见收敛方法那篇文章，因为我这个体系是需要跟H2-SiCl4对比的，所以基组什么的需要保持一致，然后我就加了几个关键词，改成了这样：
%mem=16GB
%nprocshared=16
%chk=H2_3.chk
# opt=(gdiis,maxstep=3,notrust,maxcyc=200) freq B3LYP/6-311g** em=GD3

但还是报错了同样的错误，请问是为什么呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 09:31

healthy 发表于 2023-7-5 19:30
老师，我换了linux G16版，输入文件为：
%mem=16GB%nprocshared=16
%chk=7.chk

没输出文件没法说

此文里所有方法都考虑了，还不行再问，别就光试了几个不行就急着问
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-6 09:39

sobereva 发表于 2023-7-6 09:31
没输出文件没法说

此文里所有方法都考虑了，还不行再问，别就光试了几个不行就急着问

好的老师，我再试试，感谢。

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-6 09:40

kimariyb 发表于 2023-7-5 09:50
把 maxdisk=1400MB 删了试试，不知道你为什么要用这个关键词。我把这个删了，随便跑，不过你这个体系几何优 ...

好的我尝试一下，感谢。

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-7 15:42

sobereva 发表于 2023-7-5 09:20
说明用的CPU
注意下文里说的卡住的问题
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

请问老师，我用这个优化的结果做弱相互作用分析也不需要加弥散吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:23

healthy 发表于 2023-7-7 15:42
请问老师，我用这个优化的结果做弱相互作用分析也不需要加弥散吗

说清楚什么方法做什么分析

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-8 14:50

sobereva 发表于 2023-7-8 09:23
说清楚什么方法做什么分析

优化H2和SiCl4、HCl和SiCl4两个双分子体系，用multiwfn的iri方法做分子间弱相互作用分析，用psi4做相互作用能分解，我用Gaussian g16优化的时候加了色散矫正，请问需要加弥散吗

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-8 15:02

healthy 发表于 2023-7-8 07:50
优化H2和SiCl4、HCl和SiCl4两个双分子体系，用multiwfn的iri方法做分子间弱相互作用分析，用psi4做相互作 ...

算相互作用能应该加弥散
IRI方法不需要加弥散，但加了也不算错

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-8 20:31

wzkchem5 发表于 2023-7-8 15:02
算相互作用能应该加弥散
IRI方法不需要加弥散，但加了也不算错

好的，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 09:28

healthy 发表于 2023-7-8 14:50
优化H2和SiCl4、HCl和SiCl4两个双分子体系，用multiwfn的iri方法做分子间弱相互作用分析，用psi4做相互作 ...

这取决于你原本用什么基组
诸如def2-QZVP哪怕算相互作用能都不需要非得加弥散

鉴于你的体系非常小，def2-TZVP优化和做波函数分析，def2-QZVPP算相互作用能就可以（或者ma-def2-TZVP也行）。算相互作用能时考虑counterpoise更好，但不是必须。

PSI4做SAPT适合用的级别在下文有说明，方法和基组搭配合适才能让误差抵消比较理想，推荐的级别都是带弥散函数的
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526（http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html）

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-10 11:01

sobereva 发表于 2023-7-9 09:28
这取决于你原本用什么基组
诸如def2-QZVP哪怕算相互作用能都不需要非得加弥散

老师，我用opt freq B3LYP/def2QZVPP em=GD3计算，最后不收敛，我又加了opt=recalc=3，结果算了三四个小时了还没算完，不知道怎么回事。
请问我能不能用opt freq B3LYP/6-311+G** em=GD3或者opt freq B3LYP/6-311++G** em=GD3来算呢，我之前用这个很快出结果了，就是不知道这个基组对我用psi4 SAPT2+(3)δMP2/aug-cc-pVTZ级别算相互作用能和用multiwfn算弱相互作用力来说合不合适？

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-10 14:17

sobereva 发表于 2023-7-9 09:28
这取决于你原本用什么基组
诸如def2-QZVP哪怕算相互作用能都不需要非得加弥散

老师我尝试了# opt freq B3LYP/def2QZVPP em=GD3 运行时间很长，然后一直不收敛，我通过之前的文章尝试了很多收敛方法到现在也没有收敛
但我之前用# opt freq B3LYP/6-311+G** em=GD3或者# opt freq B3LYP/6-311++G** em=GD3计算收敛就很快，但就是不知道这个基组是否适合我用psi4 SAPT2+(3)δMP2/aug-cc-pVTZ级别做相互作用能分解，和用multiwfn做iri弱相互作用分析？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 10:37

healthy 发表于 2023-7-10 14:17
老师我尝试了# opt freq B3LYP/def2QZVPP em=GD3 运行时间很长，然后一直不收敛，我通过之前的文章尝试 ...

如果之前帖子内容有问题，直接重新编辑，不要再发一个。

QZ级别的基组自然非常贵，做优化opt freq极其不划算
仔细看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

别给氢加弥散，纯粹白浪费时间，此文说了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

中性分子优化目的6-311G**足矣，重原子都不需要带弥散。此基组下的波函数做IRI分析完全够了，优化出的结构做SAPT计算也够了。

若无特殊情况，B3LYP一律结合DFT-D3(BJ)

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-11 15:36

sobereva 发表于 2023-7-11 10:37
如果之前帖子内容有问题，直接重新编辑，不要再发一个。

QZ级别的基组自然非常贵，做优化opt freq极其 ...

好的老师，抱歉老师，发第一条的时候跨页了，我没看见，我以为没发出来，就重新发了一个，后来发现之后重复的那个删不掉了，以后注意

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