计算化学公社

标题: 求助，关于液液相分离用全原子分子动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: Juney 时间: 2023-7-5 22:53
标题: 求助，关于液液相分离用全原子分子动力学模拟
最近看了一些有关液液相分离模拟的文章，大多都是粗粒化模拟，请问用全原子模拟可以实现对液液相分离现象进行模拟吗？可以给一些学习建议吗？谢谢大家

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2023-7-5 23:01
目前就是LLPS的时间和空间尺度都非常的大，你可以自己动手试一试把那些文章里的粗粒化盒子用全原子建模之后，用你的设备看看一天能跑多少ns，再和他们粗粒化的模拟时间做对比。而且粗粒化本身的势能面就平滑，相同模拟时间的kinetic也是更快的，比如粗粒化10微秒观察到的现象，你全原子可能要模拟100-1000个微秒才能观察到。总之就是对于现在的来说，想通过全原子MD模拟直接从头观察到“分相”，是不现实的。

作者
Author: Juney 时间: 2023-7-5 23:11
谢谢你的建议，我也有想过这个问题，但是目前导师想让我研究有关LLPS，确实也很着急，目前还是刚接触gromacs的小白，只是在理论层面对液液相分离有一点了解，而且组里之前也没有研究LLPS的，完全没有经验

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 09:47
用全原子分子动力学模拟这个实在太可以了。随着计算能力的提升，特别是GPU加速的性能飞涨，很多问题用粗粒化的必要性已经大幅降低了

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里面就有现成的模拟相分离的例子

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

全原子动力学模拟算不动而必须用粗粒化力场算这种问题绝对不是普遍情况。

作者
Author: Juney 时间: 2023-7-6 10:58
太棒了老师，请问获取这个资料是需要报今年10月份的第二届CP2K第一性原理计算培训班吗？

作者
Author: Juney 时间: 2023-7-6 11:05
太棒了老师，请问获取这个资料需要报名今年十月份的培训班吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 13:06

Juney 发表于 2023-7-6 11:05
太棒了老师，请问获取这个资料需要报名今年十月份的培训班吗？

这是GROMACS跑的，跟CP2K第一性原理培训班毫无关系

要获取可以购买北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的往届资料，或者等下一届（得到今年11月）

作者
Author: Juney 时间: 2023-7-6 15:50
好的，谢谢老师

作者
Author: wanzongliang 时间: 2023-7-14 16:56

Juney 发表于 2023-7-6 15:50
好的，谢谢老师

我也是自己一个人摸索，快累死我了

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