计算化学公社

标题: 带氢磷酸根的动力学问题 [打印本页]

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作者
Author: wtuwcwt    时间: 2023-7-6 11:27
标题: 带氢磷酸根的动力学问题
用amber跑带氢的磷酸根的底物时，会报错内存访问错误。上网查了说是氢原子在动力学过程中会高速无序摆动造成体系崩溃，把氢删掉可正常运行，但我需要该氢原子，有没有其他办法可以解决这个问题。谢谢。文件是底物小分子。构建它的力场参数用的antechamber

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作者
Author: sobereva    时间: 2023-7-7 10:45
极性氢原子显然不能删掉
仔细看里面相关讨论
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

比如曾经我用某个程序产生带磺酸基的分子的拓扑文件，看似拓扑文件没任何毛病，但跑起来就是会崩。后来一帧帧地观看模拟开始后的结构变化，发现是磺酸基上的氢在一瞬间跑到距离氧很近的地方去了。分析发现是由于这个基团上的氢带的电荷很正，氧的电荷很负，它们彼此间有1-4静电作用项因此有很强的静电吸引，再加上氢的质量很小、很容易运动，导致了上述看到的问题。像这种情况，可以把1-4作用项去了（从[ pairs ]中删除对应的），也可以把氢改成质量更大的重氢（在[ atoms ]里改原子质量）减缓其运动，或者用很小的模拟步长。显然，从拓扑文件和参数中找出原因必须对拓扑文件里的各种项、力场的函数形式都理解得很清楚才行。

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作者
Author: Serious    时间: 2023-7-7 10:55
1）并没有特定的原因会造成“内存访问错误”，应先检查结构与力场参数；
2）”体系崩溃“是怎么样个崩溃？这是很模糊的说辞；
个人猜测：
1）基于你的描述，我猜大概率是动力学过程中，"H-O-P-O"子结构中H与末端O重叠导致报错；我想到的方法是把键角O-P-O的力常数设大些（比如翻倍），再测试一下看看稳不稳定；

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