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标题: MOPAC软件结构优化前后分子坐标没变 [打印本页]

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-6 11:43
标题: MOPAC软件结构优化前后分子坐标没变
各位老师好，最近用MOPAC半经验计算软件做了结构优化，体系是621原子、含W/Cu金属的配合物笼状晶体结构，带+5电荷，在CH2Cl2中，mop输入文件如下
PM6-D3H4 MOZYME PRNT=2 eps=9.1000 precise charge=5
molecule
All coordinates are Cartesian
W    13.66059790 1 16.21941434 1 24.40499839 1
W    5.91485548 1 16.28748457 1 31.03541084 1
W    5.24494713 1 0.90854681 1 26.19828610 1
W    14.34694365 1 1.00301013 1 29.24901372 1
Cu    5.18827685 1 3.45712387 1 25.19786276 1

........
计算1s就结束了，输出结果只有out文件，最后输出信息如下
      CHARGE SPECIFIED IS INCORRECT. CORRECT THE ERROR BEFORE CONTINUING
      If that is done, then the correct charge will be used.
******************************************************************************
*                                                                         *
*    Error and normal termination messages reported in this calculation    *
*                                                                         *
* CHARGE SPECIFIED IS INCORRECT. CORRECT THE ERROR BEFORE CONTINUING       *
* JOB ENDED NORMALLY                                                       *
*                                                                         *
******************************************************************************
TOTAL JOB TIME:          0.00 SECONDS

== MOPAC DONE ==

查看结果中只有初始坐标和最后一个坐标，一点也没有变化，我也用VMD查看了两个结构，完全重合，想请教各位老师的是
这个优化应该是没有成功吗？还是以半经验计算此晶体结构是合理的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-6 13:07
当前问题和波函数分析毫无关系，别乱找版块发帖。这次给你移动了，以后注意！

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-6 17:17

sobereva 发表于 2023-7-6 13:07
当前问题和波函数分析毫无关系，别乱找版块发帖。这次给你移动了，以后注意！

好的，不好意思，卢老师，下次一定注意

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-6 20:36
报错信息不都写得很清楚了吗，还专门用大写字母写的。。。CHARGE SPECIFIED IS INCORRECT. CORRECT THE ERROR BEFORE CONTINUING
这都不知道需要改什么吗

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-6 22:11

wzkchem5 发表于 2023-7-6 20:36
报错信息不都写得很清楚了吗，还专门用大写字母写的。。。CHARGE SPECIFIED IS INCORRECT. CORRECT THE ERR ...

老师，我们是晶体结构测出来的具体结构，电荷是根据体系中金属的电荷和解析出的阴离子推测出的，应该是合理的，如果要修改的话应该设置多少，
下面是MOPAC自己得到的体系原子的电荷，整体是+1，我设置为1后好像一直正常跑起来了，但是W和Cu的电荷不符合我们做的体系常理，不知道这影响半经验优化结构吗
  All other ions

Ion Atom No.  Type Charge
1    19    S    +1
2    20    S    +1
3    21    S    +1
4    22    S    +1
5    23    S    +1
6    24    S    +1
7    25    S    +1
8    26    S    +1
9    27    S    +1
10    28    S    +1
11    29    S    +1
12    30    S    +1
13    191    C    +1
14    192    C    +1
15    246    C    +1
16    247    C    +1
17    268    C    +1
18    269    C    +1
19    289    N    +1
20    310    C    +1
21    317    C    +1
22    318    C    +1
23    325    C    +1
24    332    C    +1
25    333    C    +1

1    7    Cu    -1
2    8    Cu    -1
3    9    Cu    -1
4    10    Cu    -1
5    11    Cu    -1
6    12    Cu    -1
7    13    Cu    -1
8    14    Cu    -1
9    201    B    -1
10    202    B    -1
11    311    B    -1
12    326    B    -1

1    1    W    -3
2    2    W    -3
3    3    W    -3
4    4    W    -3

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-6 22:51

dengyh 发表于 2023-7-6 15:11
老师，我们是晶体结构测出来的具体结构，电荷是根据体系中金属的电荷和解析出的阴离子推测出的，应该是合 ...

自旋多重度确认正确吗？可能是电荷和自旋多重度的奇偶性不符

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-7 12:50

wzkchem5 发表于 2023-7-6 22:51
自旋多重度确认正确吗？可能是电荷和自旋多重度的奇偶性不符

老师，请教一下一个化合物的自旋多重度怎么计算，这个体系是去掉了阴离子，体系显+5

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-7 15:20

dengyh 发表于 2023-7-7 05:50
老师，请教一下一个化合物的自旋多重度怎么计算，这个体系是去掉了阴离子，体系显+5

根据配体场理论判断每个金属有几个单电子，根据化学常识判断非金属原子上有没有单电子、有几个，根据化学常识、文献先例或实验结果判断这些单电子之间彼此是铁磁耦合还是反铁磁耦合，由此得出有几个单电子自旋向上，几个单电子自旋向下，前者减去后者加1就是自旋多重度。这个规则有例外，但是你暂时不用管

作者
Author: dengyh 时间: 2023-7-7 16:58

wzkchem5 发表于 2023-7-7 15:20
根据配体场理论判断每个金属有几个单电子，根据化学常识判断非金属原子上有没有单电子、有几个，根据化学 ...

好的，谢谢老师的指导，我详细再看看

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