计算化学公社

标题: 利用径向分布函数（RDF）可以计算小分子在固体表面吸附的自由能吗？ [打印本页]

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-7-6 13:42
标题: 利用径向分布函数（RDF）可以计算小分子在固体表面吸附的自由能吗？
通过分子模拟计算自由能的方法有很多种，但是其中操作最方便的好像是利用径向分布函数（RDF）计算？

使用RDF计算小分子在固体表面吸附过程的自由能时可行的吗？因为注意到有的帖子里说计算化学反应的自由能时尽量使用增强采样的方法，但是计算吸附过程的自由能的话，是不是直接用RDF计算就好？与伞状采样等增强采样计算自由能的结果存在误差吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-7 10:49
不要泛化rdf的用处
rdf能讨论的问题极其有限，然而却经常被胡用乱用
先想清楚表面吸附对应的路径是什么，比如考察的坐标是垂直于表面方向的，显然这和rdf所表现的粒子间径向坐标根本不对应，应当用垂直于表面方向的密度分布来折算PMF

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-7-7 14:42

sobereva 发表于 2023-7-7 10:49
不要泛化rdf的用处
rdf能讨论的问题极其有限，然而却经常被胡用乱用
先想清楚表面吸附对应的路径是什么， ...

谢谢站长提醒！利用密度分布来折算PMF的公式或者相关文章，您能给个链接吗？之前一直没有看到这方面的文章

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:21

sigusigu 发表于 2023-7-7 14:42
谢谢站长提醒！利用密度分布来折算PMF的公式或者相关文章，您能给个链接吗？之前一直没有看到这方面的文 ...

参考
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

另参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）这页ppt，其中g(r)换成垂直于表面的密度分布
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-7-11 14:04

sobereva 发表于 2023-7-8 09:21
参考
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

站长感谢您的回复。我是输出了水分子Z轴的数密度和质量密度，这个数值可以直接代入替换g（r）吗？总感觉这个数值不算概率。或者说将密度数值归一化处理一下？还是可以写成ρi/ρ0（前者为该点密度，后者为平均密度）？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 14:30

sigusigu 发表于 2023-7-11 14:04
站长感谢您的回复。我是输出了水分子Z轴的数密度和质量密度，这个数值可以直接代入替换g（r）吗？总感 ...

可以
你感兴趣的是不同位置的相对自由能，即便你额外给密度加个分母项，在求差时也抵消了

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-7-11 15:38

sobereva 发表于 2023-7-11 14:30
可以
你感兴趣的是不同位置的相对自由能，即便你额外给密度加个分母项，在求差时也抵消了

感谢站长我去处理一下试试！

作者
Author: sigusigu 时间: 2023-7-28 16:02

sobereva 发表于 2023-7-11 14:30
可以
你感兴趣的是不同位置的相对自由能，即便你额外给密度加个分母项，在求差时也抵消了

站长，我最近跑了几个case，并且计算得到了PMF曲线。想请教一个问题：PMF既然是一个自由能随自变量变化的曲线（我这里就是Z轴坐标），那么我想计算的水分子从A点到B点的自由能变化，就是这两个点的PMF值作差吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 22:32

sigusigu 发表于 2023-7-28 16:02
站长，我最近跑了几个case，并且计算得到了PMF曲线。想请教一个问题：PMF既然是一个自由能随自变量变化的 ...

是

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