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标题: 求助模拟温度或溶剂变化对过渡金属配合物晶体分子排列的影响 [打印本页]

作者
Author: zizi 时间: 2023-7-7 19:00
标题: 求助模拟温度或溶剂变化对过渡金属配合物晶体分子排列的影响
如题，希望通过分子动力学模拟探究温度或者溶剂变化对过渡金属配合物晶体的分子排列的影响。例如，由于配体间的pi-pi相互作用等非共价作用，一些过渡金属配合物可排列成一维链，这些一维链再相互堆积形成晶体结构。温度或溶剂等影响会改变弱相互作用，影响一维链以及整个晶体的堆积模式。希望模拟此过程中一条一维链的变化。请问这种变化的模拟是否可以利用分子动力学模拟实现？有哪些推荐的方法和软件？没有什么经验，请求各位老师指点，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 10:13
原则上可以用CP2K在DFT下跑第一性原理动力学，可以如实表现出配位键的形成。但此时很昂贵，而且能跑的时间和空间尺度很小，也可以尝试CP2K里用速度快得多得多的半经验级别的GFN1-xTB方法，但精度和可靠性会逊色一些。
如果你关心的不是配位键的形成，而是在模拟一开始的结构里那些配位键就已经有了，那么可以用GROMACS跑基于经典力场的分子动力学，很大空间尺度和很长时间尺度都能跑得动。其中可以利用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生配位键的参数和拓扑文件。

作者
Author: zizi 时间: 2023-7-9 13:35
非常感谢老师指导！我会尝试使用您推荐的分子动力学模拟方法进行计算。

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