公社群聊Q&A整理：2016.07.30 03 ~ 2016.08.03 07 Concate - 计算化学公社

2016.07.30 02:19:38
Q:
老师您好，那个为什么rdg的散点图是好的，但是output里面的数据y都是几千的数呢，需要对他二次操作吗
[图片]
A:
考察sign(lambda2)rho vs RDG多好，何故考察rho vs RDG
每一列是什么含义屏幕上有提示
如果要用origin重新作图，按照屏幕的提示干就完了
Q:
为什么得到的数据x都是小于0.002
[图片]
A:
要想得到和Multiwfn里一样的sign(lambda2)rho vs RDG的散点图，把坐标轴范围调合适了
用导出的数据两列作图，屏幕上提示了
一般没必要
Q:
是的，就是得到x范围最大才0.002 感觉有点奇怪
我调y也没有用哎
A:
什么乱七八糟的
multiwfn作的散点图截个图出来
Q:
[图片]
A:
导出的文本文件传群共享
Q:
嗯嗯只是在学习阶段啦[emoji]谢谢老师
嗯嗯只是在学习阶段啦谢谢老师
A:
sign(lambda2)rho vs RDG作图过程手册里4.100.1节写得很清楚
[图片]
甭用excel作图。origin很简单就做出来了
调好坐标轴刻度
Q:
额为什么老师请指教
[表情]
A:
多简单啊，文件往origin里一拽，选择做散点图，x,y选择数据当中的最后两列，调好坐标轴刻度，就完事了
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2016.07.30 02:51:11
Q:
[图片]
百度全家粪桶
A:
百毒
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2016.07.30 03:09:01
Q:
请问各位老师，gaussian中可以计算不同温度下的键能吗？
A:
用不同温度下热力学数据即可
Q:
请问是用不同温度下的焓值计算解离焓吗？
A:
y
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2016.07.30 03:39:57
Q:
[图片]请问老师，td-dft/b3lyp
优化激发态，出现502错误，优化曲线是这样，可以用maxstep=3，增加泛函积分精度吗[表情]
A:
opt(maxstep=5,gdiis)
对普通泛函增加格点精度用处不大，考虑其它的
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.07.30 05:09:23
Q:
请教一个问题，之前用orca可以直接调用模块把CMO定域化成LMO，然后作图看成键关系，问题是我现在用高斯已经优化好了结构，可不可以直接用multiwfn对轨道做定域化处理，我查了mutilwfn说明书可以做ELF和LOL，这个可以实现相似的功能吗？
A:
轨道定域化和ELF是完全两回事。靠ELF讨论共价作用比靠LMO严格得多。
Multiwfn不支持轨道定域化。高斯支持boys定域化以及通过NBO做NLMO轨道定域化
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2016.07.30 06:35:08
Q:
老师你好，请问Multiwfn输出图片的字体和大小要怎么修改吗？
A:
文字的字体和大小没法改
图片大小看手册2.8节
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2016.07.30 06:53:11
Q:
[图片]这个Eda就是E2？也就是二级微扰稳定化能？ @梦藏秋
[图片]
A:
是
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2016.07.30 06:57:49
Q:
[图片] 看了一篇文献中把用gaussian模拟出的吸收光谱都放到了一张图中，请问这是怎么做到的呢？
A:
用Multiwfn获得各个结构下的光谱，导出成txt文件，放到一起在origin里绘图
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2016.07.30 07:07:44
Q:
非常感谢，我想看通过轨道变化（各反应物对）看反应过程，所以我如果用ELF也可以是不是？
A:
是，比看轨道严格得多
Q:
我可以按照您这片文章里的步骤，对不对？http://sobereva.com/200
A:
对
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2016.07.30 07:08:20
Q:
[图片]
老师，这个算是什么状态……水分子这种运动正常吗？盒子里显示水分子后跑完了，但它周期性边界的，其实盒子里还是有的是吗？我还是照常提取它的轨迹文件就行了是吗？[emoji]
老师，这个算是什么状态……水分子这种运动正常吗？盒子里显示水分子后跑完了，但它周期性边界的，其实盒子里还是有的是吗？我还是照常提取它的轨迹文件就行了是吗？
A:
水还在盒子里
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2016.07.30 07:09:42
Q:
Merz-Kollman-Singh电荷是？
A:
就是MK电荷
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2016.07.30 07:21:02
Q:
[图片]
高斯手册oniom节中的，这段话是什么意思呀？
A:
就是指QM计算high层的时候用low层的原子电荷以描述low层对high层的静电作用
Q:
embedcharge后不指定原子电荷的话……程序也不会自己加上电荷吧，
A:
不会自己加，默认为0
Q:
也就不会算静电相互作用……
嗯嗯
但log文件中，QM区的原子电荷即使不指定，程序也会算出来呀。
A:
不一码事
QM部分自动算出来mulliken电荷也不会被当成用来算静电作用的原子电荷
Q:
[图片]这句话很重要
如果使用机械嵌入的话，是不是QM原子就不用加电荷？
程序里可以指定用mulliken电荷和MM区的算静电作用
但是电荷太差貌似
[图片]
是这个关键字？
A:
电子嵌入时若不设定电荷，原理上和力学嵌入是等价的，但计算还是会慢很
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2016.07.30 07:29:21
Q:
sob老师，请问用PM6做出的过渡态、IRC和B3LYP/6-31G*做出的过渡态、IRC不一致，应相信那个
A:
当然信DFT的
Q:
PM6计算的过渡态，虚频、IRC都可以得到，但用DFT优化的时候，此过渡态都不存在，这算正常对么
A:
DFT如果死活找不到就说明那个PM6找到的过渡态是坑爹的
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2016.07.30 08:27:57
Q:
计算氧化态和原子电荷是不是并非一回事？有什么计算氧化态的波函数分析方法？
A:
LOBA方法在最新的Multiwfn中支持，见手册4.8.4节的例子
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2016.07.30 08:29:07
Q:
计算氧化态和原子电荷是不是并非一回事？有什么计算氧化态的波函数分析方法？
A:
不一回事。有一些算氧化态的方法：
[图片]
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2016.07.30 18:15:28
Q:
请问对于GPU加速，GTX960显卡（900MHz），1G显存会不会成为性能瓶颈？
非公版的，有很多种
A:
视程序而定，有的要求显存高，有的要求低
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2016.07.30 18:25:59
Q:
老师您好，用MP2和PBE0 方法做态密度图那个方法更准确啊？
A:
MP2根本就不可能做态密度图，已经脱离了单电子近似
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2016.07.30 20:32:20
Q:
老师请问一下[图片]这是我的输入文件，请问哪个地方有问题呢，输出文件是错误的
[图片]这是输出文件
[图片]这个是打开高斯时的错误信息
A:
@ ★snail★ 去掉弥散或者用E.01版
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2016.07.31 00:57:01
Q:
有人在电场下算过单点么？为什么算单点还是会说不收敛？
在gaussian里面
[图片]
[图片]
输入和输出文件
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
电场越大收敛越难
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2016.07.31 01:18:21
Q:
[图片]
opt的时候，请问这是什么情况
[图片]
如果放大看，是这个样子的
A:
看结构轨迹来分析
Q:
是在优化可能存在的过渡态，虽然没找到，不过结构轨迹感觉合理，没有太大问题
能量跳到0是什么原因呢，不止一次遇到了
A:
仔细看输出文件考查原因
Q:
寻找过渡态的时候，需要做很多尝试，PM6可以很快的找到过渡态和IRC，但是有时它找到的过渡态DFT不承认，如果每次寻找过渡态的时候都用b3lyp/6-31G*的话，就太昂贵了；能否推荐一个实用的DFT寻找过渡态的基组，比如b3lyp/6-21G什么的
即：先用一个粗糙的基组，找到一个合理的粗糙的过渡态，之后再用更好的基组优化，这些粗糙的基组可以用哪些？
A:
用混合基组。关键区域不要用比6-31G*更低的
6-21G是渣
或者把体系简化，截掉无关区域的，找到过渡态后再套回原本体系
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2016.07.31 01:22:22
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不用管那个报错
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2016.07.31 01:22:22
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
非要去凑实验并无意义。完全可以自己把算出来的光谱进行平移来消除系统误差
也可以自己用IOp调HF成份
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2016.07.31 03:27:47
Q:
老师，利用multiwfn做AIM和RDG分析，发现aim得出电子密度和RDG vs sigma（λ2）ρ 中很坐标数值不一样，这是怎么回事？ @冰释之川
A:
没找对对应关系
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2016.07.31 04:54:45
Q:
我想问问谁知道怎样用高斯输出.wfn格式的文件，谁能教教我啊，我看说明书了，可是我没看懂，关于那个保存路径我没懂，麻烦老师给我说说具体操作行不？
A:
看multiwfn手册第四节开头，示例文件都有
Q:
我是远程提交任务的
[图片]
这个保存路径我不知道我保存到哪里去了
不能照抄照搬吧
A:
你想保存在哪就设哪啊
举一反三啊
Q:
我提交任务都不用设置我保存在哪里，然后输出文件就自动出现在我计算所在的文件夹里的
A:
...
Q:
实话我也不知道我的文件在远程服务器上是什么路径
在这里迷糊了很久了
就卡在我不知道我的路径该怎么写
[表情]
A:
试了会死星人
Q:
上次试了一下，结果错了，服务器都被我弄停了
[表情]
A:
索性用.fch文件instead
Q:
我要画color filled map of electeron density
看说明书要用.wfn文件
A:
说明书2.5节明确写了该怎么选择输入文件，这里也写明了
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
[图片]
Q:
那次我闯祸了被批评了，然后说我把服务器差点弄坏
A:
于是每个用.wfn文件的例子还都得再写一遍改用.molden、.fch、.wfx的情况？
年轻人，多google好好学点linux基础
Q:
那我那个任务用.fch也可以画出来是不？
A:
just try
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2016.07.31 05:45:29
Q:
请问下出现 Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.11360531D+03 以及 Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is 0.70285974D-01这对结构优化有影响么？
A:
没影响
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2016.07.31 05:46:30
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：用B3LYP优化氢转移的中间体，6-31G**只能优化到转移之前的中间体，转移之后的中间体找不到；用6-31G*两个中间体都可以找到，是不是6-31G*结果更可靠？6-31G**结果不对？
A:
没这回事
氢转移问题氢必须加极化
要想进一步确证就用TZVP，能优化出什么就是什么，前提是优化方式和初猜合适
Q:
前辈您好！B3LYP是不是不能算氢转移的中间体和过渡态？
A:
没这回事
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2016.07.31 05:58:35
Q:
[图片] 这是怎么回事？我用的是Pop=savenlmos
A:
做NLMO分析时，如果碰上 Highest occupied NBOs are not at the beginning of the NBO list;
The NLMO program is not currently set up to handle this.
调换输入文件里的原子顺序，以使得占据数最高的NBO涉及到的原子处在最前面。或者用NBO5、6
例如，1 1用B3LYP/6-31G*:lanl2dz计算
Cu 0.00000000 0.00000000 0.00000000
C 0.00000000 0.00000000 1.94000000
O 0.00000000 0.00000000 3.05540000
提示这个错误，看NBO占据数发现
Molecular unit 1 (COCu)
1. BD ( 1)Cu 1 - C 2 1.99494 -0.77726 38(v),50(g)
2. BD ( 1) C 2 - O 3 1.99993 -0.7090
8
3. BD ( 2) C 2 - O 3 1.99993 -0.70908
4. BD ( 3) C 2 - O 3 1.99968 -1.52337 29(g)
因此把Cu挪到最后头即可，之后显示
1. BD ( 1) C 1 - O 2 1.99993 -0.70908
2. BD ( 2) C 1 - O 2 1.99993 -0.70908
3. BD ( 3) C 1 - O 2 1.99968 -1.52337 20(g)
4. BD ( 1) C 1 -Cu 3 1.99494 -0.77726 29(v),49(g)
----------------------------------------------------
2016.07.31 08:28:40
Q:
热力学校正项可能为负数吗
A:
自由能热校正量可能为负，内能和焓不可能
Q:
ABC络合物的单点能-A单点能-B单点能-C单点能<0
（ABC络合物的单点能+吉布斯校正）-（A单点能+吉布斯校正）-（B单点能+吉布斯校正）-（C单点能+吉布斯校正）>0
这合理吗
A:
如果ABC已经优化过，且其单点能比起A+B+C低得不是很多，你这种情况挺多见，说明热力学上难以形成三聚体
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2016.07.31 12:18:44
Q:
话说高斯中用来组装G矩阵不知道用了什么算法，我就算把双电子积分放到内存依然和它差太多太多。
A:
默认是incremental Fock
可以比较scf=noincfock的速度
Q:
这是什么算法？
A:
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)里面有介绍
每一轮迭代只近似计算Fock矩阵的增量，而不完整构建Fock矩阵，可以有效减少每轮迭代的时间
但导致不收敛的概率增加
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2016.07.31 18:14:46
Q:
Sobereva老师，推荐几个比M06-2X/Def2-TZVP精度更高的方法和基组[表情]，我的体系中有I原子，就在M06-2X/Def2-TZVP的level下优化的，然后想用更高精度的方法算个单点。麻烦您推荐几个[表情][表情]
A:
要想更高就用双杂化。基组当前级别够高了
----------------------------------------------------
2016.07.31 19:28:24
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：做NBO计算出现如下错误，请问如何解决？
[图片]
# m06l/genecp scrf=(smd,solvent=benzene) pop=nboread
alkene_3
0 1
O -0.743936 -0.200834 1.157083
C 2.957122 -1.907928 0.128193
C 0.517746 2.196639 -0.458061
C -0.573124 -3.201760 0.475510
H -1.406576 -2.777594 -0.090333
H -0.785198 -3.038567 1.534492
H -0.569857 -4.285762 0.298923
C 2.483046 -1.789833 -1.215785
C 0.742235 -2.596945 0.073110
C -1.438081 0.307104 0.147257
C 1.111538 -2.207593 -1.244579
C 1.868249 -2.384906 0.930252
C 2.305384 2.006935 1.138067
C 3.042744 2.097665 2.447653
H 4.040415 1.654504 2.387713
H 2.502616 1.594277 3.257652
H
# m06l/genecp scrf=(smd,solvent=benzene) pop=nboread
alkene_3
0 1
O -0.743936 -0.200834 1.157083
C 2.957122 -1.907928 0.128193
C 0.517746 2.196639 -0.458061
C -0.573124 -3.201760 0.475510
H -1.406576 -2.777594 -0.090333
H -0.785198 -3.038567 1.534492
H -0.569857 -4.285762 0.298923
C 2.483046 -1.789833 -1.215785
C 0.742235 -2.596945 0.073110
C -1.438081 0.307104 0.147257
C 1.111538 -2.207593 -1.244579
C 1.868249 -2.384906 0.930252
C 2.305384 2.006935 1.138067
C 3.042744 2.097665 2.447653
H 4.040415 1.654504 2.387713
H 2.502616 1.594277 3.257652
H 3.164368 3.144703 2.757128
C 1.934596 -2.718926 2.399812
H 2.208002 -3.770698 2.558982
H 0.973699 -2.557991 2.898995
H 2.683939 -2.114638 2.922153
C 2.878132 1.833602 -0.143406
C -0.633729 0.855651 -0.856716
H -1.050673 1.094670 -1.828720
C 4.386711 -1.777181 0.587039
H 4.459962 -1.397988 1.611352
H 4.964090 -1.105769 -0.052861
H 4.891839 -2.752819 0.570265
C 0.881641 2.184196 0.993556
C 1.827050 1.838065 -1.120881
C 4.348194 1.763349 -0.449824
H 4.727390 2.762202 -0.706802
H 4.564750 1.116377 -1.304306
H 4.932806 1.403028 0.400492
C 2.009797 1.925842 -2.613573
H 1.996214 2.967409 -2.968375
H 1.215436 1.396072 -3.152735
H 2.962598 1.494788 -2.933449
C -0.260797 3.409614 -0.984562
H -0.472673 3.319100 -2.054164
H 0.335796 4.318195 -0.832626
H -1.212398 3.526306 -0.458325
C 3.321327 -1.504246 -2.433347
H 4.213950 -0.921428 -2.191691
H 2.764080 -0.955582 -3.197716
H 3.665591 -2.439832 -2.894798
C 0.257523 -2.346807 -2.476498
H 0.358815 -3.347562 -2.918143
H -0.801266 -2.192050 -2.251584
H 0.536762 -1.622116 -3.246793
C -0.053434 2.674342 2.063550
H -0.156927 3.769646 2.043069
H -1.056593 2.252035 1.943636
H 0.296178 2.402321 3.064523
C -2.904483 0.155945 0.160604
C -3.723889 0.763538 -0.803932
C -3.528382 -0.635463 1.148205
C -5.106511 0.584762 -0.806320
H -3.276194 1.395477 -1.564836
C -4.902156 -0.816293 1.160649
H -2.908266 -1.105556 1.903255
C -5.704623 -0.211647 0.179832
H -5.703472 1.071133 -1.568966
H -5.384610 -1.425447 1.918515
O -7.043983 -0.455575 0.275147
C -7.902862 0.119850 -0.695474
H -8.911891 -0.205165 -0.436656
H -7.861667 1.216680 -0.675236
H -7.661170 -0.227745 -1.708391
Zr 1.205443 -0.052719 0.228163
Zr 0
sdd
****
C H O 0
6-311++G**
****
Zr 0
sdd
$NBO BNDIDX NLMO $END
3.164368 3.144703 2.757128
C 1.934596 -2.718926 2.399812
H 2.208002 -3.770698 2.558982
H 0.973699 -2.557991 2.898995
H 2.683939 -2.114638 2.922153
C 2.878132 1.833602 -0.143406
C -0.633729 0.855651 -0.856716
H -1.050673 1.094670 -1.828720
C 4.386711 -1.777181 0.587039
H 4.459962 -1.397988 1.611352
H 4.964090 -1.105769 -0.052861
H 4.891839 -2.752819 0.570265
C 0.881641 2.184196 0.993556
C 1.827050 1.838065 -1.120881
C 4.348194 1.763349 -0.449824
H 4.727390 2.762202 -0.706802
H 4.564750 1.116377 -1.304306
H 4.932806 1.403028 0.400492
C
2.009797 1.925842 -2.613573
H 1.996214 2.967409 -2.968375
H 1.215436 1.396072 -3.152735
H 2.962598 1.494788 -2.933449
C -0.260797 3.409614 -0.984562
H -0.472673 3.319100 -2.054164
H 0.335796 4.318195 -0.832626
H -1.212398 3.526306 -0.458325
C 3.321327 -1.504246 -2.433347
H 4.213950 -0.921428 -2.191691
H 2.764080 -0.955582 -3.197716
H 3.665591 -2.439832 -2.894798
C 0.257523 -2.346807 -2.476498
H 0.358815 -3.347562 -2.918143
H -0.801266 -2.192050 -2.251584
H 0.536762 -1.622116 -3.246793
C -0.053434 2.674342 2.063550
H -0.156927 3.769646 2.043069
H -1.056593 2.252035 1.943636
H 0.296178 2.402321 3.064523
C -2.904483 0.155945 0.160604
C -3.723889 0.763538 -0.803932
C -3.528382 -0.635463 1.148205
C -5.106511 0.584762 -0.806320
H -3.276194 1.395477 -1.564836
C -4.902156 -0.816293 1.160649
H -2.908266 -1.105556 1.903255
C -5.704623 -0.211647 0.179832
H -5.703472 1.071133 -1.568966
H -5.384610 -1.425447 1.918515
O -7.043983 -0.455575 0.275147
C -7.902862 0.119850 -0.695474
H -8.911891 -0.205165 -0.436656
H -7.861667 1.216680 -0.675236
H -7.661170 -0.227745 -1.708391
Zr 1.205443 -0.052719 0.228
163
Zr 0
sdd
****
C H O 0
6-311++G**
****
Zr 0
sdd
$NBO BNDIDX NLMO $END
各位前辈好！能不能请教一个问题：计算NBO出现L607错误，如下信息
[图片]
A:
贴关键词
Q:
# 5d 7f
# m06l/6-311++g** scrf=(smd,solvent=benzene) pop=nboread
alkene_3
0 1
C -2.612066 2.042663 -0.301584
C -1.343607 2.507869 -0.719071
C -0.426589 2.326352 0.361550
C -1.139052 1.759080 1.457928
C -2.495515 1.584673 1.048303
$NBO BNDIDX NLMO $END
A:
去掉弥散
甭没事老加弥散，这里专门批了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
sob前辈您好！我的nbo是在溶剂中算的，所以用的基组和溶剂中单点一致，在溶剂中计算nbo不加弥散可以吗？
A:
可以不加
弥散对NBO的影响几乎为0
----------------------------------------------------
2016.07.31 23:31:40
Q:
请问一下IEF-PCM和SMD两种模型，用那个能量会更准确一点呢？[表情]
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
老师，我想问一下，我一个体系都是用IEF-PCM，后面发现文献是用SMD模型，我能不能用IEF-PCM算出结构，用SMD算能量呢。
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.08.01 00:27:08
Q:
老师，我想问一下，SDD和lanl2dz基组，对能量的影响大吗？
就是选用哪种基组更好呢？
A:
显然SDD比lanl2DZ强
----------------------------------------------------
2016.08.01 01:23:50
Q:
请问，使用 oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst)=mk 这样的关键词，并且分子说明中QM原子不定义电荷，那么gaussian程序是使用QM区 b3lyp/6-31g(d) 计算生成的mulliken电荷来计算 MM区（MM区原子电荷在分子说明中定义）与QM之间的静电相互作用（极化嵌入）吗？
A:
不是。而且MK和mulliken电荷完全是两回事
----------------------------------------------------
2016.08.01 04:20:54
Q:
算氢键相互作用，体系含有, Pb, I, H2O等，
已经用b3lyp/def2-tzvp跑一遍了，进一步工作用下面的方法是否适合？
b3lyp/def2-tzvpd empiricaldispersion=gd3
其中的 def2-tzvpd是否需要改为 def2-tzvppd ?
谢谢！
体系含有阴离子和阳离子。
A:
阴离子用ma-def2-TZVP
色散校正可以那么加
Q:
谢谢！看到了。这个基组是相对比较小是吗？The ma-TZVP basis set is the def2-TZVP basis set with the s and p diffuse basis functions on non-hydrogenic atoms. The "ma" stands for "minimally augumented".
A:
倒也不是比较小，只是说是个在def2-TZVP上加弥散的比较普适的做法
而def2-TZVPD的弥散函数是转为极化率计算优化的，虽然用在其它需要弥散函数的情形也能用，但终究有点偏向性
----------------------------------------------------
2016.08.01 05:41:02
Q:
the most negative surface electrostatic potential and the lowest surface average local ionization energy,最小表面静电势和最小表面局域离子化能，想要这两个参数的计算公式，还是只能给出表面静电势和局域离子化能的计算公式呢，刚刚看了手册，不知道该用哪一个，请老师指教@Sobereva
A:
手册里有静电势和ALIE的公式
表面上找它们的最小值显然用不着什么额外的公式
Q:
老师，手册里给出了好几个，有总的，核的电子的，应该用总的吗
而且，这些公式里面的参数又要其他的公式，我需要全部给出，还是只给一个总的？
A:
当然用总的
那些最基本的，比如rho，是个搞计算的人就知道怎么算，列出无用
----------------------------------------------------
2016.08.01 05:50:51
Q:
sob，请问一下，我做fragment molecular orbital analysis and the charge decomposition analysis ，把一个结构分解成金属中心和底物两个片段，我这样用HOMO和 LUMO来描述合适吗？（图中左右分别是两个片段）
[图片]
感觉用HOMO 和LUMO 描述有点牵强，毕竟这两个片段是没有优化的结构。不算是一个分子。
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.08.01 17:37:28
Q:
请问下大家，在计算TD的时候，direct关键词是有什么作用？
A:
没用，默认就是
----------------------------------------------------
2016.08.01 17:54:05
Q:
各位老师，请问高斯可以做聚合物热分解的仿真吗？可以的话使用周期性建模还是直接多画几个单元？
A:
多个单元。
或许能做，但必须自己设计分解路径算一步步的TS，或者做AIMD考察
----------------------------------------------------
2016.08.01 18:06:06
Q:
老师：1、对于寻找液相反应（比如极性分子反应）过渡态采用什么级别的隐式模型都是可以的吗？那么相应的溶剂半径选择呢？计算反应活化能时，为计算准确，是否一定要采用M05-2X/6-31G*/smd来计算？2、采用隐式+显式在Gaussian中的实现，是否就是在反应主体周围加上一定个数的水分子，再结合隐式溶剂模型？加的位置和个数有什么判段标准呢？谢谢！
A:
就用SMD，半径用它默认的。
溶解自由能那部分应当在那个级别来计算
若无特殊必要甭用显式水，否则加在什么位置、朝向如何等等不好确定。
----------------------------------------------------
2016.08.01 18:21:31
Q:
咨询一下，这个g09E比这个D，主要提升的有哪一块？计算激发态频率，有提升吗？谢谢
A:
性能没任何提升。改进在官网上都写着，release note里
----------------------------------------------------
2016.08.01 18:28:53
Q:
各位老师：[图片]
我的图的说明：NBO isosurface (0.04) (a) Slp → σ*S−Cl, (b) back donation Slp → σ*S−Cl ，这句话准确吗？没见过类似的文献。
用卢天老师的Multiwfn和VMD结合在一起画的
A:
也没什么问题。但donation是相互的，也没有明确谁是给体谁是受体，back可以不说
----------------------------------------------------
2016.08.01 18:42:36
Q:
老师，我现在用B3LYP/6-311G**做的结构优化，想用高精度的方法或者基组做解离能计算，能不能推荐一下？我用B3LYP/aug-cc-pVTZ做单点可以提高精度吗？@Sobereva
A:
aug-cc-pVTZ给DFT纯粹是浪费时间
提升基组算单点看具体是什么体系，一般def2-TZVP足矣，看此文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
弥散能不加就不加
方法可以用双杂化泛函，高斯里诸如B2PLYP-D3，如果是ORCA建议PWPB95-D3
----------------------------------------------------
2016.08.01 19:02:01
Q:
老师你好，结合VMD画静电势图的时候，[图片]这个中间的模型选择用的棍棒模型，能否选择其中一个原子显示为球形呢？比如我需要将图中的三个氧原子换成球形，在VMD中应该如何操作？非常感谢老师
A:
新建个representation，selected atoms里输入比如serial 2 5就选中2 5原子了，然后再改显示方式
新建个representation，selected atoms里输入比如serial 2 5就选中2 5原子了，然后再改显示方式
----------------------------------------------------
2016.08.01 19:13:12
Q:
计算pop=npa费时间吗？
A:
耗时相对于SCF过程几乎为0
----------------------------------------------------
2016.08.01 20:51:28
Q:
请问可以下载ORCA的网址是？
ORCA论坛网址是？
老师，我再思想家公社下载了ORCA，windows版本的，解压后电极orca.exe无法运行，请问是为什么呢？
A:
最基本的用法这里都说了：大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2016.08.01 23:30:42
Q:
老师，为什么优化pi-pi堆积的时候，用的Pople基组，一加弥散函数，算到后来就会报错，无论是用b3lyp-d3还是m062x-d3,还是ωb97xd都是如此，只要把弥散函数去掉就不会出错。Gaussian版本是09D.01。计算的体系是两个咔咗的共轭体系
A:
看报错提示
SCF不收敛的话按此文解决
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.08.02 01:37:42
Q:
请问，如果只输出最外面几条轨道的话，参数是什么。谢谢
A:
如果要组合系数，Gaussian的话，要最接近HOMO、LUMO的几条轨道用pop=reg
----------------------------------------------------
2016.08.02 02:32:29
Q:
sob老师，我用orca做计算，windows系统下载cmd中运行 orca aa.inp，运行不了，请问是为啥
C:\Users\PN>orca aa.inp
*****************
* O R C A *
*****************
--- An Ab Initio, DFT and Semiempirical electronic structure package ---
#######################################################
# -***- #
# Department of molecular theory and spectroscopy #
# Directorship: Frank Neese #
# Max Planck Institute for Chemical Energy Conversion #
# D-45470 Muelheim/Ruhr
#
# Germany #
# #
# All rights reserved #
# -***- #
#######################################################
Program Version 3.0.3 - RELEASE -
With contributions from (in alphabetic order):
Ute Becker : Parallelization
Dmytro Bykov : SCF Hessian
Dmitry Ganyushin : Spin-Orbit,Spin-Spin,Magnetic field MRCI
Andreas Hansen : Spin unrestricted coupled
pair/coupled cluster methods
Dimitrios Liakos : Extrapolation schemes; parallel MDCI
Robert Izsak : Overlap fitted RIJCOSX, COSX-SCS-MP3
Christian Kollmar : KDIIS, OOCD, Brueckner-CCSD(T), CCSD density
Simone Kossmann : Meta GGA functionals, TD-DFT gradient, OOMP2, MP2 Hessian
Taras Petrenko : DFT Hessian,TD-DFT gradient, ASA and ECA modules, normal mode analysis, Resonance Raman, ABS, FL, XAS/XES, NRVS
Christoph Reimann : Effective Core Potentials
Michael Roemelt : Restricted open shell CIS
Christoph Riplinger : Improved optimizer, TS searches, QM/MM, DLPNO-CCSD
Barbara Sandhoefer : DKH picture change effects
Igor Schapiro : Molecular dynamics
Kantharuban Sivalingam : CASSCF convergence, NEVPT2
Boris Wezisla : Elementary symmetry handling
Frank Wennmohs : Technical directorship
We gratefully acknowledge several colleagues who have allowed us to
interface, adapt or use parts of their codes:
Stefan Grimme, W. Hujo, H. Kruse, T. Risthaus : VdW corrections, initial TS optimization,
DFT functionals, gCP
Ed Valeev : LibInt (2-el integral package), F12 methods
Garnet Chan, S. Sharma, R. Olivares : DMRG
Ulf Ekstrom : XCF
un DFT Library
Mihaly Kallay : mrcc (arbitrary order and MRCC methods)
Andreas Klamt, Michael Diedenhofen : otool_cosmo (COSMO solvation model)
Frank Weinhold : gennbo (NPA and NBO analysis)
Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar : smd solvation model
Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
For citations please refer to: http://libint.valeyev.net
This ORCA versions uses:
CBLAS interface : Fast vector & matrix operations
LAPACKE interface : Fast linear algebra routines
Cannot open input file: aa.inp
Cannot open input file: aa.inp
C:\Users\PN>orca aa.inp
A:
大抵aa.inp不在C:\Users\PN里
----------------------------------------------------
2016.08.02 03:39:15
Q:
请问老师，molpro运行时出现“13858.767 MB (compressed) written to integral file ( 42.7%)”这个错误应该如何处理啊
A:
谁说这是错误？
----------------------------------------------------
2016.08.02 04:06:59
Q:
需要用气象的结构，再加溶剂化能。因为自由能矫正都是在气象中才有意义
A:
仔细看此文，了解溶剂下体系自由能是怎么算的
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
仔细看此文，了解溶剂下体系自由能是怎么算的
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
----------------------------------------------------
2016.08.02 04:18:33
Q:
请问wfn文件里的轨道占据数在把primitives组合成轨道的时候用得到吗？为啥自己组合出来的轨道都偏胖呢....
A:
不用。计算轨道波函数和占据数无关，牵扯到算具体性质的时候才用得到占据数。
----------------------------------------------------
2016.08.02 05:09:46
Q:
这个群没有管理员，受累了！
找几个群管理吧
A:
验证消息发一次就完了，不要发好N次，不可能管理员24小时都在屏幕前随时可以审核
管理员只能有一个
----------------------------------------------------
2016.08.02 05:29:44
Q:
老师，我用linux的dushin计算外重组能，用的是Linux计算出来的.log文件，用的泛函分别是pbe38和pbepbe，结果都出现这样的错误[图片][图片]，但我用balyp测试的时候是可以的，这是什么原因呢
是内重组能，不好意思，打错了
老师的例子.out可以运行，但fchk没法运行
您指的这个初始化模块错误怎么解决呢
A:
一点点试，先算博文的例子，能跑之后再逐渐加上scrf、加上IOp用自己设的泛函
死活不行就自己读代码改代码，还没辙就联系作者
Q:
好的，谢谢老师，我测试了博文的例子，结果是这样的：B3lyp加scrf是没问题的，我只换了一下泛函就失败了，我看了它的原始文章，用的是b3lyp,是不是因为不支持其他泛函的原因，所以失败
A:
你先换个其它自带的泛函诸如PBE1PBE
Q:
老师，您所说的自带的泛函是指高斯自带的泛函还是dushin所带泛函
A:
dushin根本没有自带泛函
----------------------------------------------------
2016.08.02 05:37:34
Q:
[图片]谢谢老师，是用这些表达式吗？
忽略掉前面的归一化系数
A:
归一化系数已经体现在.wfn的组合系数里了
建议看看此文
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
Q:
恩，我是直接乘了各个primitive的展开系数，没再计算一遍归一化系数。但是画出来还偏胖。形状是对的，细节有点差。我再看看[表情]
A:
顶多也就是稍微改改源码的事，easy
----------------------------------------------------
2016.08.02 06:02:03
Q:
老师，我用的B3LYP/gen （6-311+g(d,p)对CHON等元素，ECP对金属Fe）对我的体系做溶解自由能计算，按照老师博客文章的方法，就是用加了scrf的单点能减去不加scrf的单点能，我的溶解自由能大多数情况下都是合理的，但是对于有几个高自旋态的结构算出来的结果很离谱，请问这种情况下我该怎么办？要用# M052X/6-31G* 重新算吗？
[图片]在五重态的结构下的溶解自由能和正常值差别太大了
A:
靠SMD算溶解自由能当然要用M052X/6-31G*，这不是几重态的事，不管几重态，拿那个基组算出来的误差都要比6-31G*更大
Q:
好的好的，那我就用M052X/6-31G*把所有的溶解自由能再重新计算一遍
再用M052X/6-31G*算溶解自由能的时候，我可不可以同时加关键字GD3算一下diffusion energy
A:
毫无意义
Q:
为什么呢？因为MX05 本身就包括了这个能量吗？
A:
两个结构都一样，校正能因此也一样，相减就抵消了
----------------------------------------------------
2016.08.02 06:02:26
Q:
fortran的语句一时半会还有点看不太明白，但是感觉我的计算过程跟这个是一样的
[图片]
[图片]
还想问一下老师，选box和划分格点的时候有什么特别需要注意的吗？我把盒子扩大到原子坐标上下限以外6A范围。遵循你博文里讲的cube的格式，格点都是等距划分的。其他有什么特别需要注意的吗？
A:
没什么注意的
----------------------------------------------------
2016.08.02 06:14:52
Q:
老师，我用molpro、turbomole和高斯计算同一化合物的单点能，ccsd(t)/aug-cc-pVTZ,高斯和molpro得到的能量一致，turbomole确不一样，有没有这个可能啊？
A:
先对比HF能量是否一样。如果一样，可能冻核设定不同所致
----------------------------------------------------
2016.08.02 06:19:36
Q:
[图片]，请教这两类熵怎么计算？
老师，那我该如何计算校正能？重新用DFT-GD3优化我的结构吗？
A:
校正能就是指DFT-D3色散校正
仅依赖于几何结构
算溶解自由能的时候用的都是之前已经优化完的结构，气相和液相下结构相同，显然求差获得溶解自由能的时候根本没D3色散校正的事
改改Multiwfn代码，增加一个新的自定义函数就能算，看手册2.7节的说明
----------------------------------------------------
2016.08.02 19:34:26
Q:
老师您好！我用multiwfn主功能的3，画图和输出数据时发现输出的数据里有五列，前三列为坐标，第五列为ESP值（我算的是静电势），那么第四列数据代表什么呢？而且发现画图的时候好像用的是第四列数据作为横坐标。还有，第五列的ESP数据为什么都为正值呢？应该有负值才对吧?这里计算一条线上的ESP和计算平面的ESP有不一样的地方吗？不明白什么意思，看了手册也没有说明。还是得请教老师您了，谢谢老师！
[图片]
A:
每一列是什么含义屏幕上都有提示
离原子核较近的区域静电势必然都是正值，外围才可能有负值
----------------------------------------------------
2016.08.02 21:33:00
Q:
之前计算有关带有I原子的体系，您建议I元素用LANL08d基组，我现在想将体系扩展，比较其他卤素的效应，那么Cl和Br也有LANL08d基组基组可用，但是F没有，如果F用其他基组，结果是否有可比性？
我现在在考虑一个问题：要么考虑F，同意用def2-TZVP，要么干脆不考虑F，只比较Cl,Br和I
意思是：相对于LANL08d，你更推荐def2-TZVP？
那我就考虑F, Cl,Br,I，统一用def2-TZVP
我要做的是优化结构，吸收光谱和你所擅长的超极化率
上次忘了，def2-TZVP和def2-TZVPD在高斯里是有第一的还是没有？
A:
几何优化def2-SVP，单点计算def2-TZVP。都统一起来省事
----------------------------------------------------
2016.08.02 21:55:40
Q:
金属氧化物与小分子反应，200个原子左右，用什么计算方法好?
能算反应机理，过渡态吗？
oniom比如需要研究跨越较大尺寸的电荷转移怎么办?
A:
如果体系无论如何也简化不了，ONIOM对当前问题用着又很别扭，要么用混合基组，要么用半经验
----------------------------------------------------
2016.08.02 22:57:51
Q:
请问，gamess有官方的讨论论坛，或者技术支持信箱么？
A:
http://groups.google.com/group/gamess
Q:
[表情]非常感谢。提交gamess的多个SCF进程一起读取电子积分，就都卡住了。比单个进程速度慢了10倍左右。这个有办法解决么？（direct做，进程之间彼此就不打架了，但是暂时不能用。）
@Sobereva
A:
应该没办法
Q:
好的。就算是往内存上写，进程之间也会卡在输入输出吧？
A:
也会有资源竞争，毕竟内存带宽有限，但比读写硬盘好得多得多得多
----------------------------------------------------
2016.08.02 23:06:37
Q:
各位老师好，请问MS可以计算生成热吗？
用哪个模块算呢？
A:
要说清楚是什么体系
----------------------------------------------------
2016.08.03 00:09:28
Q:
大家好，有人用vasp 算过constrained md吗？
A:
完全不一回事
----------------------------------------------------
2016.08.03 00:17:01
Q:
sob前辈您好！能问一下： the advice about building my own reaction coordinate from the displacement of the animated vibration in GView, rather than using IRC (very flat landscape around the TS) has worked!这句话对吗？
A:
根据虚频方向，只能获得IRC最开始的那个点
所以明显不对
----------------------------------------------------
2016.08.03 00:58:02
Q:
各位老师：变形密度差：某个体系的密度减去组成它的各个原子在自由状态下的密度。例如AB作用，用ＡＢ的－Ａ的－Ｂ的。如何保证坐标一致。这不同于片段间的。
A:
直接用multiwfn做变形密度图，自动就保证了这一点
Q:
，哪个版本都能实现，对吗，老师
A:
对
----------------------------------------------------
2016.08.03 01:11:52
Q:
老师，我是看的输出的line.txt文件里的数据，它就是五列，而屏幕上并没有提示。
A:
[图片]
怎么没提示
----------------------------------------------------
2016.08.03 01:18:57
Q:
如果计算分子的吸收光谱和超极化率，卤素原子用def2-TZVP，其余都是CHON，用6-311G*,这样可以吧
A:
超极化率用这个当然不行
----------------------------------------------------
2016.08.03 03:36:00
Q:
sob老师您好，请教您用Multiwfn可以分析一个团簇中两个不相邻原子间的排斥作用大小吗？@Sobereva
A:
Multiwfn中靠RDG可以图形化表示
如果定量考察，用IQA方法，AIMALL可以做，不过耗时很高。Mayer能量分解也可以考虑使用。另外NBO支持steric分析也可以尝试。
----------------------------------------------------
2016.08.03 05:24:22
Q:
大神，您好！我现在用gamess-us做EDA，用blyp-d3/maug-cc-pvtz，但计算量太大；想改用blyp-d3/def2-QZVP基组（这一基组也是grimme拟合d3的基组），1）但这个基组和6-311++G(d,p)相比，不知道谁计算量更大？2）用这个基组做d3能量分解是不是最佳选择？谢谢！
A:
显然def2-QZVP大，大得多得多
你这个绝对算不动，比maug-cc-pVTZ更耗时
Q:
那我改成def2-tzvp来算？
A:
相对来说好点。如果还算不动，其实6-311+G**就够了
Q:
1）在条件许可的情况下，还是希望基组大一点，EDA最后结果也的确好一点。2)那maug-cc-pvtz再减小，也只能是变成maug-cc-pvdz了？
3）如果EDA能引入RI方法，就能解决上述问题了
Morokuma的方法大基组可能不稳定
--------我的看法恰好相反
A:
恩
不过与其用那个还不如6-311+G**。起码这是3-zeta
Q:
谢谢！那您认为blyp-d3/6-311++G**和blyp-d3/TZVP，blyp-d3/TZVP哪一个更好呢？
我用的是GKS-EDA，感觉小一点的基组，scf尽管收敛了，EDA也正常结束了，但结果明显不对；大一点的基组，则还没有出现这种情况
A:
前者。不过氢用不着弥散
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2016.08.03 06:58:39
Q:
请问一下，谁会用amber软件？通过amber软件生成的参数文件和结构文件的后缀是什么？
你指定它是什么就是什么。。。
我用一个软件自动生成的amber的文件是top后缀，这个在另一个软件里不识别为结构文件
A:
amber常用拓扑文件后缀是prmtop，或者top
Q:
谢谢/抱拳，请问参数文件和结构文件的后缀是什么？
A:
LiYuanhe(133063300) 22:59:27
你指定它是什么就是什么。。。
后缀随意
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