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标题: 如何正确书写自定义溶剂 [打印本页]

作者
Author: 量化新人 时间: 2023-7-7 22:20
标题: 如何正确书写自定义溶剂
阅读帖子http://sobereva.com/327之后，有两个思路，在这里以HFIP溶剂为例作为描述，希望大家指导，看看我的理解是否正确，若不正确，请指正。
一、只考虑极性部分贡献，不需要考虑非极性部分
scrf(read,SMD,solvent=generic)

eps=16.7
epsinf=1.6256

二、需要考虑非极性部分
scrf(read,SMD,solvent=generic)

eps=16.7
epsinf=1.6256
HBondAcidity=
HBondBasicity=
SurfaceTensionAtInterface=
CarbonAromaticity=
ElectronegativeHalogenicity=

Abraham酸度和碱度该怎么去找呢？

要是找高斯内置溶剂替代的话，用哪种溶剂呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:48
1 只考虑极性部分根本没必要用SMD。也不需要写solvent=generic

2 看Abraham的文章。看SMD原文中的引用

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-7-9 22:03

eps=16.70
epsinf=1.6256
HBondAcidity=0.771
HBondBasicity=0.16
SurfaceTensionAtInterface=16.14
CarbonAromaticity=0
ElectronegativeHalogenicity=0.6

复制代码

这是我使用的HFIP溶剂的参数

作者
Author: yanyifei 时间: 2023-7-9 23:18

ZZU_SCU 发表于 2023-7-9 22:03
这是我使用的HFIP溶剂的参数

这个氢键碱度应该是从https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.1c00749这个综述里拿到的吧。但感觉这里面的氢键碱度不是所要的Abraham氢键碱度啊。而且后面这个表面张力数据，估计这个数据里的单位是dyn/cm，但从内置溶剂的打印结果来看，单位更像是cal/mol/A^2。

以上仅个人观点

作者
Author: ZZU_SCU 时间: 2023-7-10 08:21

yanyifei 发表于 2023-7-9 23:18
这个氢键碱度应该是从https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.1c00749这个综述里拿到的吧。但感觉这里面的 ...

嗯嗯，有道理。氢键酸碱度是通过该文献得到的，没有考虑单位，我再查查看

作者
Author: 量化新人 时间: 2023-7-18 17:07
本帖最后由量化新人于 2023-7-18 19:28 编辑

对于一种全新溶剂，是没有严格办法考虑非极性部分参数的。在笔者来看，碰上这种情况时的相对最佳的做法是写比如scrf(read,SMD,solvent=AAA)，然后照常定义eps和epsinf，这里AAA是与你当前要用的溶剂特征最接近的自带的溶剂，这样非极性部分的参数就会借用AAA溶剂的凑合着。摘自“谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）”。

各位老师好，向各位老师请教一下，怎么判断两种溶剂特征最接近？

我想用的溶剂是全氟叔丁醇，已经找到它的介电常数和折射率，不知道选择哪种溶剂的非极性部分的参数作为全氟叔丁醇的代替，谢谢各位老师

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