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标题: DFT-D3优化含铯离子的超分子L502报错 [打印本页]

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 00:10
标题: DFT-D3优化含铯离子的超分子L502报错
卢老师好，附件是我用DFT-D3对一个含铯离子的超分子进行优化的输入文件和输出文件，这个分子的结构是我将他的实验晶体数据文件.cif文件用Mercury软件转换成.xyz文件得到的，可是加入em=gd3bj后计算时算不出来色散能量，导致L502算不出来该结构的电子能，可是老师我算这个就是想看我老师想的溶液体系色散能量的处理办法是否有效，需要使用DFT-D3。
想请问老师为什么会出现这个情况呢？我该如何解决这个问题呢？

作者
Author: wxsxjj 时间: 2023-7-8 00:18
本帖最后由 wxsxjj 于 2023-7-8 00:20 编辑

输出文件明明没算完。你用的全电子基，SCF收敛本就困难，收敛所需步骤肯定更多，报错也一般是SCF不收敛报错
而且“可是加入em=gd3bj后计算时算不出来色散能量，导致L502算不出来该结构的电子能”何来这么一说？
如果你只需要DFT-D3色散矫正能，用Grimme组的程序就可以了
起码先算完吧

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 00:47
本帖最后由 Eva 于 2023-7-8 00:53 编辑

谢谢老师的指导，我确实表达不准确，对不起。不过就算跑完结果跑完也是L502报错，因为从色散能量计算开始就没有能量，显示E=NaN，到了L502以后第一圈能量也是NaN。我不只需要能量，也需要色散矫正的几何结构，更希望能用DFT-D3进行优化，得到色散能量和色散矫正后的自由能。

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2023-7-8 08:42
第六周期的元素不用赝势吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:38
当前完全是瞎算，完全没全电子相对论计算的最基本常识。用给DKH优化的全电子基组，居然连相对论哈密顿都没用。
不懂全电子相对论计算就老老实实用赝势基组。

此外，G09 D.01的DFT-D3(BJ)做振动分析有bug，对opt freq目的要用也是用DFT-D3(0)。

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 09:38

alonewolfyang 发表于 2023-7-8 08:42
第六周期的元素不用赝势吗

现在很多人用赝势，在不涉及到配位场变形的情况下，我更相信全电子基组，其实不涉及到中心金属变价时，二者得到的结果具有可比性，但一到中心金属变价，赝势基组的描述还是值得考虑的，因为它只描述价电子，其余的是用参数定住了；全电子基组的理论性就更合理一些。不过我现在也没有想明白为什么全电子基组描述金的配位场描述不出来~

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:39

Eva 发表于 2023-7-8 09:38
现在很多人用赝势，在不涉及到配位场变形的情况下，我更相信全电子基组，其实不涉及到中心金属变价时，二 ...

你要用全电子基组起码用对了，用不对还不如老老实实用赝势基组

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 09:40

sobereva 发表于 2023-7-8 09:38
当前完全是瞎算，完全没全电子相对论计算的最基本常识。用给DKH优化的全电子基组，居然连相对论哈密顿都没 ...

我确实不懂考虑相对论效应的全电子基组，感谢老师的批评，我后面再多了解一下相关知识。只是这个问题和基组没有关系，谢谢老师的指导。

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 09:46

sobereva 发表于 2023-7-8 09:39
你要用全电子基组起码用对了，用不对还不如老老实实用赝势基组

我不要，这个问题不是因为基组用错了产生的，我只能说可以加强对基组的了解，我关注于解决色散问题。其实基组只要统一起来，大部分不会对计算产生决定性的影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 09:57

Eva 发表于 2023-7-8 09:46
我不要，这个问题不是因为基组用错了产生的，我只能说可以加强对基组的了解，我关注于解决色散问题。其实 ...

对所有计算以同样错误的方式使用基组，不要以为误差就能抵消，根本就不是系统性的。视具体问题而定，造成的误差的严重性可能远高于带不带色散校正的问题。

你当前的计算属于定性错误，别把计算常识不当回事

前面我都明确说了该用DFT-D3(0)，居然还被你给无视了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 10:04
另外，你对变价问题的描述根本就是错误的
从你的目的上来看，根本没有丝毫理由用全电子基组
我想你更是不知道Gaussian里用相对论哈密顿的时候连解析梯度都没有，此时你这个体系做opt freq根本都做不动。

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 10:04

sobereva 发表于 2023-7-8 09:57
对所有计算以同样错误的方式使用基组，不要以为误差就能抵消，根本就不是系统性的

你当前的计算属于定 ...

对不起老师，不过我还是想说，我没有不当回事，我很重视这个问题，一直在学习。您说的很对，不是所有误差都是系统性的，只是我做的是测试，测试需要好结果，也需要坏结果对不，我现在就是想把这个色散做不出来的问题解决掉。其实刚才您和我说完以后，之前我以为基组我能看懂基组信息的模板内容和他擅长的领域就好了，我还不知道相对论全电子基组这还需要引入相关算符，真的很感谢，我后面再了解一下。不过我们不是在瞎做，基组不是我们要研究的方向，相比较于DKH，我门更关注TZP。

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 10:08

sobereva 发表于 2023-7-8 10:04
另外，你对变价问题的描述根本就是错误的
从你的目的上来看，根本没有丝毫理由用全电子基组
我想你更是不 ...

做的动的~做了很多，就是这个结构出现了问题，我只是想解决色散问题，非要说色散问题就是基组问题。我接受您的建议，但是这个不能解决我的问题，谢谢老师。

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 10:26
本帖最后由 Eva 于 2023-7-8 10:31 编辑

sobereva 发表于 2023-7-8 10:04
另外，你对变价问题的描述根本就是错误的
从你的目的上来看，根本没有丝毫理由用全电子基组
我想你更是不 ...

我的描述我不觉得有错误，对不起啊老师，我再去找一找相关的资料

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 10:28

sobereva 发表于 2023-7-8 09:57
对所有计算以同样错误的方式使用基组，不要以为误差就能抵消，根本就不是系统性的。视具体问题而定，造成 ...

我没有无视，只是不知道该说什么，就是阻尼函数的不同，对我想要做的东西没有影响，我也不知道为什么您会这样说，我需要自己找一找原因。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 10:32

Eva 发表于 2023-7-8 10:28
我没有无视，只是不知道该说什么，就是阻尼函数的不同，对我想要做的东西没有影响，我也不知道为什么您会 ...

你怎么咬定就没有影响？
难道D3(BJ)的实现有bug，D3(0)就一定也有bug？
你连试都不带试的，我说完用DFT-D3(0)在你的回复里一句回应都没有
更何况我明确说了，D3(BJ)在G09 D.01里做freq本来就有bug，还不赶紧改成D3(0)？

先把已知明确有问题的地方改了，再说别的

作者
Author: Eva 时间: 2023-7-8 10:50

sobereva 发表于 2023-7-8 10:32
你怎么咬定就没有影响？
难道D3(BJ)的实现有bug，D3(0)就一定也有bug？
你连试都不带试的，我说完用DFT ...

我不要，我已经解决了，问题不在这，是原子对没有找到导致的，换基组，换阻尼函数都没有用，谢谢老师百忙之中抽出时间看我的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 10:56

Eva 发表于 2023-7-8 10:50
我不要，我已经解决了，问题不在这，是原子对没有找到导致的，换基组，换阻尼函数都没有用，谢谢老师百忙 ...

上来就一句“我不要”是非常不礼貌的
本来你的计算就是严重不合理的，无论有没有色散校正能为NaN的问题。什么叫不要？难道还要带着已知错误计算？知错不改？将错就错？
好在是出现了NaN问题导致你发帖求助，要不然你的计算存在致命问题你都浑然不知、依然蒙在鼓里。

此帖已关，好好反思

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