计算化学公社

标题: 求助:gromacs报错Invalid order for directive atomtypes [打印本页]

作者
Author:
打豆豆的灰鸭    时间: 2023-7-8 11:06
标题: 求助:gromacs报错Invalid order for directive atomtypes
老师,我想写一个锂原子的itp文件,电荷为0,但是gromacs报错Invalid order for directive atomtype,我在其他网站看到解决方法,但是问题也没解决。
(其中peo.itp和tfsi.itp中都没有[ atomtypes ]部分,都是可以正常运行的)
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作者
Author:
sobereva    时间: 2023-7-8 11:23
你连forcefield.itp都没include
作者
Author:
Arkin    时间: 2023-7-8 17:33
一个标准的 top 文件的 directive order 是:

; be in first
[defaults]    ; combination rule, must

; be in second, can be multiple, following orders does not matter
[atomtypes] ; must
[bondtypes] ; optional
[angletypes] ; optional
[dihedraltypes] ; optional
[constrainttypes] ; optional
; be in third place, must be in order, can be multiple
[moleculetype] ; must
[atoms] ; must
[bonds] ; optional
[angles] ; optional
[dihedrals] ; optional
;; types constraints
;; types exclusions

; be in fourth
[system] ; must
[molecules] ; must

你按着这个顺序整理,比如你用了类似C定义的 "#include", top 文件,就能知道哪里出问题了。


作者
Author:
打豆豆的灰鸭    时间: 2023-7-10 09:10
sobereva 发表于 2023-7-8 11:23
你连forcefield.itp都没include

老师,问题已解决




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