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标题: 关于将RESP.sh写出pbs脚本类型如何自定义小分子净电荷后的问题 [打印本页]

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-8 13:32
标题: 关于将RESP.sh写出pbs脚本类型如何自定义小分子净电荷后的问题
大家好，想请教一个问题，就是最近我想使用RESP.sh懒人脚本，但是由于我们实验室的服务器的原因，工程师只让我们提交pbs脚本。然后他给我写了一个RESP.pbs脚本用来运行RESP.sh（脚本如下）。但是现在我有一个问题，就是我应该怎么自定义小分子的电荷呢？如果直接使用RESP.sh，我看到Sob老师的教程是用./RESP.sh NAP.mol2 1 这样的方式来将NADP+的电荷自定义为+1，但是现在我只能用这个pbs来提交RESP任务，我想请问这种情况下，我应该怎么来自定义NADP+的电荷呢？我看到RESP.sh里面有几句代码是关于定义电荷的，但是不知道应该怎么修改可以满足我自定义电荷的要求。希望可以的到前辈的指导，谢谢。下图是将RESP.sh转化为RESP.pbs后的脚本。截图的后面命令跟RESP.sh的命令是一样的，不一样的地方就是在PBS脚本里前面加了一些PBS作业提交系统需要添加的东西。就是想知道应该修改什么地方才可以是的这个RESP.pbs脚本可以用于拟合净电荷为+1的小分子的电荷。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-8 13:38
if [ $3 ];then那行前面加一行，写上比如chg=1就代表计算+1电荷状态

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-8 14:33

sobereva 发表于 2023-7-8 13:38
if [ $3 ];then那行前面加一行，写上比如chg=1就代表计算+1电荷状态

谢谢卢老师的指导！！

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-8 14:47
不好意思，还得打扰下老师。我加了一行chg=1，但是运行报错。想请问这是因为什么呀，谢谢卢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 03:55

ShineZhu 发表于 2023-7-8 14:47
不好意思，还得打扰下老师。我加了一行chg=1，但是运行报错。想请问这是因为什么呀，谢谢卢老师！

看中间产生的Gaussian输出文件判断

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-9 07:53
老师可以麻烦您再帮忙看下gau.out最后提示这个错误是为什么吗，谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 09:24

ShineZhu 发表于 2023-7-9 07:53
老师可以麻烦您再帮忙看下gau.out最后提示这个错误是为什么吗，谢谢您。

信息不充分。得有输入文件和完整出输出文件

作者
Author: ShineZhu 时间: 2023-7-9 10:07
老师这些是相关的输入和输出文件，如果可以的话，还想麻烦老师可以帮忙看下，多有打扰，谢谢卢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 10:12

ShineZhu 发表于 2023-7-9 10:07
老师这些是相关的输入和输出文件，如果可以的话，还想麻烦老师可以帮忙看下，多有打扰，谢谢卢老师。

输出文件可看到
Structure from the checkpoint file: "gau.chk"
FileIO operation on non-existent file.

说明当前gau.chk不在默认目录下，没法读取。
PBS我不清楚，实在搞不定就干脆手动用Gaussian做优化，然后用Multiwfn算RESP电荷。

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