请问一下，因为模拟离子液体是的密度误差在5.6%左右，加水后误差更大，在12%了，于是我进行了水的模拟，其中结构文件是通过自画的水分子，利用packmol生成pdb,再用gromacs自带命令转化为.gro生成的,但是进行能量最小化时出现如图上的问题writing lowest energy coordinates.，在模拟离子液体时是没出现过的，求问哪个步骤出了问题嘛 (, 下载次数 Times of downloads: 17)
老师，在这个之前显示了如下警告，我看到之前是说具有内在不合理性，但是水的话我感觉画出结构不合理的可能性较低
step 15: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates