计算化学公社

标题: 使用multiwfn分析CP2K输出过渡态结果的问题？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2023-7-9 09:31
标题: 使用multiwfn分析CP2K输出过渡态结果的问题？
想针对一个几十个原子的体系进行CP2K过渡态计算，根据前人介绍multiwfn的经验（参考：http://sobereva.com/587），设置了CP2K的输入文件，能够顺利计算出过渡态结果。但是，输出了一堆文件，不知道分析过渡态能量变化如何下手。具体问题分解如下，敬请指教：

第一个疑问：使用multiwfn的设置了过渡态搜索（-1：过渡态搜索；然后，7：searching transition state (dimer algorithm)），我期望的是类似于类似于高斯的ts1计算方式，所以inp输入文件中并没有设置产物的结构。这样是否可行？

第二个疑问：我在multiwfn文件中设置了-2：Toggle exporting .molden file for Multiwfn，最后的结果是输出了很多1_1. molden; 1_2.molden...，总共过渡态计算了114步，出现的文件是114个，这么多molden文件，我怎么用multiwfn分析呢？同时，最后出现一个name-restart.wfn，请问这是什么文件？难道不是用molden分析吗？

第三个问题很重要：想展示随着过渡态的计算，体系能量随着过渡态构型的变化，这个可有分析案例可供参考？需要multiwfn打开哪几个文件？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 09:53
1 本来此时inp里就只需要给过渡态初猜结构，没产物的事

2 最后一次输出的molden文件就是最终结构下的波函数文件，其它的都不用管。.wfn是CP2K记录波函数信息的文件，类似于Gaussian的chk的用处。别把此wfn跟下文说的wfn文件搞混，完全是两码事
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

3 用grep直接从输出文件中提取就完了。

作者
Author: lao7 时间: 2023-7-9 10:41

sobereva 发表于 2023-7-9 09:53
1 本来此时inp里就只需要给过渡态初猜结构，没产物的事

2 最后一次输出的molden文件就是最终结构下的波 ...

谢谢指导！第三个问题，关于grep提取，可否有详细的教程？比如提取过渡态能量的命令？提取过渡态结构的展示？是从哪个输出文件里面提取？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-9 10:44

lao7 发表于 2023-7-9 10:41
谢谢指导！第三个问题，关于grep提取，可否有详细的教程？比如提取过渡态能量的命令？提取过渡态结构的展 ...

显然是CP2K输出文件（屏幕上输出的信息，通常都重定向到文本文件里）
从头看一遍输出文件，弄清楚CP2K在哪里都输出了什么，自然知道怎么用grep根据关键字符串提取需要的行。之后可以再结合awk提取特定行里面特定的数值。不清楚的话google了解点grep和awk的用法，这是做计算的人必备技能。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)