计算化学公社

标题: 求助学术版CASTEP优化后的结构如何处理得到cif文件 [打印本页]

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-7-9 09:38
标题: 求助学术版CASTEP优化后的结构如何处理得到cif文件
各位前辈大家好。
我使用Linux学术版castep几何优化后得到的输出文件（.castep .geom）如何通过其它软件处理得到晶体结构cif文件呀。
目前已经折腾过ASE软件，能够打开.geom文件，但没有发现能够导出cif文件。
crystalmaker能够打开.castep，但导出的cif文件是未优化的结构。
恳请前辈们指教，谢谢。

作者
Author: corei70715 时间: 2023-7-9 10:17
OVITO (https://www.ovito.org/) 可打开CASTEP的.cell和.geom并输出xyz

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-7-9 10:39

corei70715 发表于 2023-7-9 10:17
OVITO (https://www.ovito.org/) 可打开CASTEP的.cell和.geom并输出xyz

感谢回复！
已经下载了软件顺利获取xyz文件得到了原子坐标，如何便捷地得到晶体结构cif文件呀

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-9 15:41
本帖最后由乐平于 2023-7-9 15:51 编辑

你已经安装了 Python ASE，那么可以用 ASE 转换成 cif 格式的文件。

ASE 支持的格式可以在下面的链接查看
https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/io/io.html#module-ase.io

ASE 格式转换的命令的格式是

ase convert -i xxx -o yyy INPUT_FILENAME OUTPUT_FILENAME

复制代码

其中, -i 代表输入文件的格式占位符，也就是你现有的文件，比如你的 castep 文件的类型，xxx 代表具体的格式，比如你的 castep-geom 格式；
-o 代表输出文件的格式占位符，也就是你希望转换成为的文件，比如你希望转换成 cif 文件；
INPUT_FILENAME 代表你的你现有的文件名称，包括后缀名；
OUTPUT_FILENAME 代表你你希望转换成为的文件名，包括后缀名。

假设，你现有的文件名是 ABC.geom，你希望转化成 ABC.cif 文件。那么

ase convert -i castep.geom -o cif ABC.geom ABC.cif

复制代码

不过，请注意，ABC.geom 是轨迹文件吧？里面应该不是单个结构，我不确定这样转换能否成功，也不确定转换之后保存的是否为最后一帧的结构。

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-7-9 17:00

乐平发表于 2023-7-9 15:41
你已经安装了 Python ASE，那么可以用 ASE 转换成 cif 格式的文件。

ASE 支持的格式可以在下面的链接查 ...

您好！多谢回复。

通过命令没能转换起来，提示出错。

但通过ASE的图形界面转换起来了，打开最后一个结构“Save” 手动输入文件名为“xxx.cif”即可得到cif文件。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-9 17:02

lwang2016 发表于 2023-7-9 17:00
您好！多谢回复。

通过命令没能转换起来，提示出错。

嗯，应该就是我上面提到的 geom 是轨迹文件（包含大量结构），直接 convert 的话，可能命令不知道你需要转换的到底是哪个结构。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-7-10 00:28

乐平发表于 2023-7-9 17:02
嗯，应该就是我上面提到的 geom 是轨迹文件（包含大量结构），直接 convert 的话，可能命令不知道你需要 ...

也许可以这样：
ase convert [轨迹文件] -n 第几帧 [结构文件]
如果一些结构不在默认的扩展名，需要通过-i和-o分别指定输入输出是何种格式，比方说DMol3的arc，则需要
ase convert -i dmol-arc XXX.arc -n -1 XXX.json
细节上可以看ase convert --help.

作者
Author: corei70715 时间: 2023-7-10 13:17

lwang2016 发表于 2023-7-9 10:39
感谢回复！
已经下载了软件顺利获取xyz文件得到了原子坐标，如何便捷地得到晶体结构cif文件呀

我是xyz手动改的，再用mercury可以导出cif。楼上已有更好的方法

作者
Author: lwang2016 时间: 2023-7-10 14:06

corei70715 发表于 2023-7-10 13:17
我是xyz手动改的，再用mercury可以导出cif。楼上已有更好的方法

手动修改也折腾了半天了，但是结构出错。

通过ASE的图形界面成功导出cif了。

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