计算化学公社

标题: 求助cp2k跑动力学突然体系MD速度降低接近5倍以上 [打印本页]

作者
Author: chen0201 时间: 2023-7-9 22:16
标题: 求助cp2k跑动力学突然体系MD速度降低接近5倍以上
请问各位老师，同学，我现在用cp2k跑二维材料的MD，前面步数时间正常，到4300步的时候突然运算时间大大提高，有时候甚至达到一千多s才跑一步，我看了结构没有什么显著变化和不合理的地方，请问这种问题出在哪里呢?怎么解决呢？输入文件是multiwfn产生的，输出cp2k.out文件和cp2k.ener文件已提供

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-10 08:50
后来SCF每一轮的时间比之前大为提升，可能运行环境出了特殊情况，诸如CPU被其它任务占了，要么就是CP2K编译得有问题，重新编一个2022或2023再试。
如果基于restart文件续跑时发现速度又正常了，就更说明是编译可能存在问题。

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-7-10 08:58

sobereva 发表于 2023-7-10 08:50
后来SCF每一轮的时间比之前大为提升，可能运行环境出了特殊情况，诸如CPU被其它任务占了，要么就是CP2K编译 ...

借楼问下卢老师，我用cp2k的GFN1-Xtb跑Si表面的MD，也会出现这种情况，耗时增多，温度激增，三个原子突然聚集，然后结构就越来越乱了，请问有什么方式可以改善嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-10 09:04

1138711019 发表于 2023-7-10 08:58
借楼问下卢老师，我用cp2k的GFN1-Xtb跑Si表面的MD，也会出现这种情况，耗时增多，温度激增，三个原子突然 ...

耗时增加不止一种原因
一种情况是MD过程中结构突然变得很烂，SCF难收敛导致；另一种是运行环境、程序编译导致，分清楚情况

你当前说的问题，尝试不同参数，如果确信是GFN1-xTB描述不好这种体系，就改成DFT就完了（或者尝试PM6、SCC-DFTB）

作者
Author: chen0201 时间: 2023-7-10 09:14

sobereva 发表于 2023-7-10 08:50
后来SCF每一轮的时间比之前大为提升，可能运行环境出了特殊情况，诸如CPU被其它任务占了，要么就是CP2K编译 ...

老师，基于restart文件续跑时发现速度仍然不正常

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-7-10 09:21

sobereva 发表于 2023-7-10 09:04
耗时增加不止一种原因
一种情况是MD过程中结构突然变得很烂，SCF难收敛导致；另一种是运行环境、程序编 ...

之前尝试过将MD轨迹退回到跑乱前，重新写入restart文件，但是跑一阵以后还是会跑乱，几乎是同样的情况，可以说明是GFN1-xTB描述不好这种体系了吧

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 10:32

1138711019 发表于 2023-7-10 09:21
之前尝试过将MD轨迹退回到跑乱前，重新写入restart文件，但是跑一阵以后还是会跑乱，几乎是同样的情况， ...

这也分理论方法原因和程序实现原因
对于后者，恰当调节计算设置也许能避免
证明理论方法存在问题需要谨慎的测试

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 10:32

chen0201 发表于 2023-7-10 09:14
老师，基于restart文件续跑时发现速度仍然不正常

仔细看看最后一部分轨迹，看有没有结构变得离谱之类的情况。并且在当前机子状态下重新跑一下原本的输入文件，看看速度是不是还是正常的。

作者
Author: 1138711019 时间: 2023-7-11 14:38

sobereva 发表于 2023-7-11 10:32
这也分理论方法原因和程序实现原因
对于后者，恰当调节计算设置也许能避免
证明理论方法存在问题需要谨 ...

好的，我再调一下参数看看，谢谢老师~

作者
Author: chen0201 时间: 2023-7-11 15:55

sobereva 发表于 2023-7-11 10:32
仔细看看最后一部分轨迹，看有没有结构变得离谱之类的情况。并且在当前机子状态下重新跑一下原本的输入文 ...

谢谢老师回复，查看机器内存发现确实是CPU被其它任务占了，并且本身cp2k编译也有点问题

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