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标题: 请问如何对对接的蛋白和多肽，进行限制性的MD，不会在top里定义itp的位置？ [打印本页]

作者
Author: BobXu 时间: 2023-7-10 11:10
标题: 请问如何对对接的蛋白和多肽，进行限制性的MD，不会在top里定义itp的位置？
我是对接的蛋白和多肽，然后对接的结果用spdbview补全了一下，因为是蛋白和多肽，所以就直接用的pdb2gmx生成了top文件，就自动生成了以下2个文件，A和G分别是蛋白和多肽
(, 下载次数 Times of downloads: 14) (, 下载次数 Times of downloads: 9)
在正式MD前需要限制，但我不知道如何限制A和G 这2条链的位置，让它在能量最小化后，后面的NVT,NPT过程中，能一直保持着限制，就是在这个top文件中，不知道该如何书写。
我看到过解释，说限制时限制前面的分子类型，所以要放在对应的moleculer type下，
写  Include Postion restraint file
   #ifdef POSRES
   #include  "posre_Protein_chain_G"
   #endif
但这条命令只限制了G，如何一起限制A和G呢？又该放到top文件的哪一条呢？（下图时top文件的详细信息）请问各位老师，哪里有比较详细的写top的限制文件该如何写，规则是什么呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: BobXu 时间: 2023-7-10 17:05
可能我说的各位老师不太理解，如图中所示，我如果限制G，它就能正常运行，我限制A或者同时限制A和G，它就不能同时运行。但我不知道该怎么修改

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-7-11 11:07

BobXu 发表于 2023-7-10 17:05
可能我说的各位老师不太理解，如图中所示，我如果限制G，它就能正常运行，我限制A或者同时限制A和G，它就不 ...

限制信息写到各自的itp文件末尾

作者
Author: BobXu 时间: 2023-7-11 17:07

dzdhp 发表于 2023-7-11 11:07
限制信息写到各自的itp文件末尾

老师您好，在使用pdb2gmx这个命令时，生成的itp文件末尾已经有限制信息了（下面这种在itp文件末尾的）。
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"
#endif
我看一些网络资料显示，限制时还要在top文件里引用限制信息。就是把这个限制信息放在对应的moleculetype下面。就比如说我的top文件里的chain A

; Include chain topologies
#include "complex_Protein_chain_A.itp"

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"
#endif

其实我也知道这种写法对不对，也没看到比较系统讲这一块的资料

，

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-7-12 09:25

BobXu 发表于 2023-7-11 17:07
老师您好，在使用pdb2gmx这个命令时，生成的itp文件末尾已经有限制信息了（下面这种在itp文件末尾的）。
...

哎呀你搞错了，限制信息是带posre的，你下面发的那个放在mileculetype下面的，并不是限制信息，他是蛋白质的信息文件，里头包括原子名称、类型、电荷、键、键角等信息。你把他们文件打开对比一下就知道了，posre文件里的信息极少。光靠网上搜索到的部分很容易误导你，有的还是错误的，建议报一下sob老师的分子动力学培训班，里面很多东西都讲的特清楚。

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-7-12 09:34

BobXu 发表于 2023-7-11 17:07
老师您好，在使用pdb2gmx这个命令时，生成的itp文件末尾已经有限制信息了（下面这种在itp文件末尾的）。
...

你把你的文件上传，我改了发给你，描述有点不清楚

作者
Author: BobXu 时间: 2023-7-12 10:21
好的，老师，我传百度盘里，看您是否方便查看。我是不知道top文件该如何写合适。需要限制A和G两条链
链接：https://pan.baidu.com/s/1ISwOYNuJQZthM1U1M67GPg
提取码：i7x9

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